- BIOINFORMATICA della Prof. Tramontano
- INTRODUZIONE ALLA BIOINFORMATICA dei prof. Valle, Citterich, Attimonelli, Pesole

Entrambi pubblicati da Zanichelli.

Ciao

Potresti trovare qualche diapositiva proveniente dai vari corsi di bioinformatica degli atenei italiani, se cerchi su google con parole chiave come ‘blast corso’ o ‘blast bioinformatica diapositive’.
Ma tutto dipende da cosa vuoi trovare: se una semplice guida che ti spieghi come si usa l’interfaccia sul sito dell’ncbi, o se vuoi installarlo in locale, o se vuoi sapere le differenze tra WU e NCBI e blast, e così via.

Se ti va bene del materiale in inglese ti consiglio due ottimi documenti:
- il capitolo su NCBI Handbook (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook.chapter.ch16)
- gli articoli su wikiomics/openwetware (http://wikiomics.org/wiki/BLAST , http://openwetware.org/wiki/Wikiomics:BLAST).

Però vorrei tenere come esempio ‘AAAAAAAAA’ anche se effettivamente non é molto appropriato con Blast. Il fatto é che mi sembra più semplice capire quale sia il problema nel calcolare la similarità di due sequenze se si vede che differiscono solo di un aminoacido.

Che oligonucleotide ci metto? Pensavo di lasciare AAAAAAAAA, perché se non mi sbaglio é la prima sequenza proteica sintetizzata artificialmente (o mi sbaglio? Non é uno dei primi esperimenti per studiare la traduzione proteica? Come si chiamava?)

ciao!

Un *pessimo* esempio. In Blast le sequenze ripetitive come quella dell’esempio (una bella coda di poliadenilazione..) vengono filtrate e nascoste PRIMA di efettuare la ricerca.

Idem per le matrici:

In parole povere, una matrice di sostituzione é una matrice in cui ad ogni possibile mutazione (per esempio, se troviamo una ‘T’ al posto di una ‘A’), viene associato un punteggio.

Le matrici di sostituzione di DNA sono molto povere, perche’ comprendono solo i valori 0 e 1 (non c’e’ motivo per cui una transizione debba avere un valore diverso da una trasversione).

Per il resto l’analogia e’valida, ma molto povera dal punto di vista biologico.

“-> noi inseriamo in blast la seq. ‘AAAAAAAA‘
-> nel database di ncbi esistono le seq. ‘AAAAGAAA‘ ‘AAAAAAAT‘ e ‘ACAAAAAA‘.”

Se non erro pam e blosum valgono per gli aminoacidi, dove si valuta non solo l’identità ma anche la similarità.
sei d’accordo?

Ho provato a fare questa analogia.. però fai attenzione, perché é più che altro una opinione personale e molti prof ti potrebbero storcere il naso a sentirla.

Ascolta bene il modo in cui il tuo prof ti spiegherà blast, che sicuramente lo farà meglio di me… questo modo di vedere blast ti potrebbe servire per avere un’idea alternativa su come utilizzarlo, giusto per inquadrarlo meglio.

ciauz!!

P.S. sì, sono lo stesso di MolecularLab…hai spammato talmente tanto che era impossibile non visitare il tuo blog e aggiungerlo fra i preferiti…