Emboss in Ubuntu & etch: ancora un po’..

Con un paio di messaggi sulla ml di emboss mi hanno spiegato il futuro di questo pacchetto su debian etch e ubuntu.

Per dirla in parole povere: emboss 5.0 non verrà mai supportato ufficialmente da debian etch, ma soltanto su sid e le distribuzioni successive; mentre su Ubuntu, al momento non é presente su Gutsy, ma ci si sta lavorando.

Ecco i due messaggi di riferimento:

• http://lists.open-bio.org/pipermail/emboss/2007-October/003117.html
• http://lists.open-bio.org/pipermail/emboss/2007-October/003121.html

Non é un problema difficile da risolvere.

Per installare emboss su debian etch, vi basta aggiungere il repository backports come indicato nel messaggio; per ubuntu, invece, secondo me potete tranquillamente utilizzare il .deb per debian sid.

Perchè mi sto prendendo tanto a cuore le sorti di questo pacchetto di programmi bioinformatici?
Niente, semplicemente mi sembra un buon insieme di programmi per iniziare a smanettare con la bioinformatica, e in rare occasioni può essere comodo da usare via shell.

E poi, credo che il maledetto tutorial ‘come installare emboss‘ presente sul sito ufficiale di sourceforge, che invita i possessori di sistemi Linux a compilare, sia una delle cose peggiori che possano capitare ad un novizio.

Ancora mi sveglio la notte pensando a tutte le fatiche che ho fatto per compilarlo la prima volta, quando ancora ero decisamente imbranato, e non sapevo nemmeno usare yum/apt per installare le librerie -dev. E leggendo i post che vengono inviati sulla ml, pare che ci siano ancora molte persone che installano emboss in questo modo!

Buenas noches… e mi raccomando, non compilate mai emboss a mano!