Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Scoperta la scimmia più piccola del mondo: 0.1 micrometri (metagenomica)

Pubblicato da dalloliogm su dicembre 2, 2007

Volevo segnalare questo bel post pubblicato su suicyte, un blog di bioinformatica in inglese:

vi raccomando sia di aggiungere suicyte tra i vostri blog di bioinformatica preferiti, che di dare un’occhiata al post e ai suoi commenti, dove si parla di metagenomica e in generale dei problemi derivati dalle tecniche di sequenziamento di massa.

La metagenomica essenzialmente é una tecnologia che prevede analizzare contemporaneamente il genoma di tutti i micro-organismi presenti un in particolare ambiente, alla ricerca di nuove specie o per creare un profilo: forse avete sentito dell‘idea di Craig Venter di affittare uno Yacht e mandarlo in crociera nei mari tropicali per trovare nuove specie di microrganismi brevettabili. (beati a quei ricercatori)

Il concetto alla base di questa tecnica é quello di andare in un particolare ecosistema, come uno stagno o un mare, prendere un campione, e sequenziare tutti i genomi che vi si trovano dentro, in genere tramite una tecnologia di sequenziamento a shot-gun, la stessa utilizzata da Venter per sequenziare il genoma umano nel secolo scorso.
E’ una cosa revoluzionaria perché permette di avere informazioni sulle specie che popolano un ambiente senza doverle osservare o far crescere in laboratorio: infatti, fino ad adesso, il numero di microrganismi che noi siamo in grado di studiare e che siamo capaci di coltivare in vitro é molto limitato rispetto al numero di specie esistenti, e credo che non esista ancora un mezzo di cultura efficace per far crescere organismi marini.

Ma si tratta di una tecnica molto recente e della quale non si conoscono ancora limiti e problematiche.
L’esempio portato nell’articolo é significativo.. c’é sempre il rischio che qualcuno dei campioni raccolti venga contaminato, e non sempre é facile accorgersene.
Un altro problema evidenziato dai commenti é che effettivamente é difficile capire cosa fare di tutti i dati provenienti da un esperimento di questo tipo: il sequenziamento shot-gun produce un numero elevato di sequenze di bassa qualità che devono essere riassemblate, e anche ammettendo di riuscire a ricostruire il genoma completo di alcuni organismi sconosciuti, non é immediato capire come questo venga trascritto e regolato e se contenga geni di particolare interesse, almeno per quello che é lo stato attuale delle nostre conoscenze sulla genomica.

Il problema di sapere cosa farsene di grande quantità di dati é il punto principale di tutta la bioinformatica: viviamo in un mondo in cui entro pochi anni sarà possibile sequenziare il genoma di un individuo in poche ore e in cui le banche dati scientifiche si riempiranno di dati in maniera esponenziale.

About these ads

3 Risposte a “Scoperta la scimmia più piccola del mondo: 0.1 micrometri (metagenomica)”

  1. mattions ha detto

    Non sono d’accordo.

    Dipende dalla qualità del sequenziamento.
    L’idea di affittare una nave e sequenziare in maniera randomica tutto quello che viene trovato in maniera randomica all’interno di un ambiente gigante come l’oceano è molto ma molto insana.

    Primo: Non hai la minima possibilità di distinguere se il genoma è contaminato, idea di come riassemblarlo e la sicurezza di affermare da quale organismo proviene.
    Secondo: Ammesso che hai tutti i dati disponibili (I dati dovrebbero essere già disponibili, e dovrebbero giaciere su una branch del Db e nessuno sa, per ora, cosa fare.)

    Integrare questi dati ed abbassare drammaticamente la qualità del database?

    L’approccio shotgun ha funzionato perchè il consorzio internazionale aveva iniziato con l’approccio walk on, e questi dati sono stati utilizzati come info per allineare le parti + ostiche ottenute attraverso la tecnologia shotgun. (Parlo delle sequenze ripetute)

    Per quanto riguarda il personal genome, credo che + la gestione dei dati saranno le possibili applicazioni relative alla privacy che devono essere analizzate in maniera chiara.

    Credo che la bottleneck sia la qualità dei dati in entrata e come valutare questi, il numero di dati in entrata invece credo che possa scalare in maniera abbastanza tranquilla.

    my two cents

  2. nico ha detto

    Verissimo Mattions, ma ricordiamoci che Venter è un industriale, vuole fare notizia non importa se poi nessuno se ne farà molto dei dati da lui raccolti. Nel frattempo ha suscitato l’interesse della stampa e magari anche di qualcuno che ha anche intenzione di mettere $$$ in questo progetto…

  3. dalloliogm ha detto

    Sì, in effetti anche io ho dei dubbi sull’utilità di questo metodo… si riempono i database di sequenze a bassa qualità e si ottengono dei risultati che sono molto difficili da replicare e analizzare.

    Anche se quando me l’aveva spiegata il mio professore di genomica, mi era sembrata una idea geniale: in fondo con un investimento non eccessivamente alto (a parte venter che se ne va con uno yacht), hai la possibilità di trovare specie non ancora conosciute.

Al momento l'inserimento di commenti non è consentito.

 
Iscriviti

Ricevi al tuo indirizzo email tutti i nuovi post del sito.

%d blogger cliccano Mi Piace per questo: