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Scoperta la scimmia più piccola del mondo: 0.1 micrometri (metagenomica)
Posted by dalloliogm su dicembre 2, 2007
Volevo segnalare questo bel post pubblicato su suicyte, un blog di bioinformatica in inglese:
vi raccomando sia di aggiungere suicyte tra i vostri blog di bioinformatica preferiti, che di dare un’occhiata al post e ai suoi commenti, dove si parla di metagenomica e in generale dei problemi derivati dalle tecniche di sequenziamento di massa.
La metagenomica essenzialmente é una tecnologia che prevede analizzare contemporaneamente il genoma di tutti i micro-organismi presenti un in particolare ambiente, alla ricerca di nuove specie o per creare un profilo: forse avete sentito dell‘idea di Craig Venter di affittare uno Yacht e mandarlo in crociera nei mari tropicali per trovare nuove specie di microrganismi brevettabili. (beati a quei ricercatori)
Il concetto alla base di questa tecnica é quello di andare in un particolare ecosistema, come uno stagno o un mare, prendere un campione, e sequenziare tutti i genomi che vi si trovano dentro, in genere tramite una tecnologia di sequenziamento a shot-gun, la stessa utilizzata da Venter per sequenziare il genoma umano nel secolo scorso.
E’ una cosa revoluzionaria perché permette di avere informazioni sulle specie che popolano un ambiente senza doverle osservare o far crescere in laboratorio: infatti, fino ad adesso, il numero di microrganismi che noi siamo in grado di studiare e che siamo capaci di coltivare in vitro é molto limitato rispetto al numero di specie esistenti, e credo che non esista ancora un mezzo di cultura efficace per far crescere organismi marini.
Ma si tratta di una tecnica molto recente e della quale non si conoscono ancora limiti e problematiche.
L’esempio portato nell’articolo é significativo.. c’é sempre il rischio che qualcuno dei campioni raccolti venga contaminato, e non sempre é facile accorgersene.
Un altro problema evidenziato dai commenti é che effettivamente é difficile capire cosa fare di tutti i dati provenienti da un esperimento di questo tipo: il sequenziamento shot-gun produce un numero elevato di sequenze di bassa qualità che devono essere riassemblate, e anche ammettendo di riuscire a ricostruire il genoma completo di alcuni organismi sconosciuti, non é immediato capire come questo venga trascritto e regolato e se contenga geni di particolare interesse, almeno per quello che é lo stato attuale delle nostre conoscenze sulla genomica.
Il problema di sapere cosa farsene di grande quantità di dati é il punto principale di tutta la bioinformatica: viviamo in un mondo in cui entro pochi anni sarà possibile sequenziare il genoma di un individuo in poche ore e in cui le banche dati scientifiche si riempiranno di dati in maniera esponenziale.
3 Risposte to “Scoperta la scimmia più piccola del mondo: 0.1 micrometri (metagenomica)”
Sorry, the comment form is closed at this time.
Bioinfo Blog! 
mattions said
Non sono d’accordo.
Dipende dalla qualità del sequenziamento.
L’idea di affittare una nave e sequenziare in maniera randomica tutto quello che viene trovato in maniera randomica all’interno di un ambiente gigante come l’oceano è molto ma molto insana.
Primo: Non hai la minima possibilità di distinguere se il genoma è contaminato, idea di come riassemblarlo e la sicurezza di affermare da quale organismo proviene.
Secondo: Ammesso che hai tutti i dati disponibili (I dati dovrebbero essere già disponibili, e dovrebbero giaciere su una branch del Db e nessuno sa, per ora, cosa fare.)
Integrare questi dati ed abbassare drammaticamente la qualità del database?
L’approccio shotgun ha funzionato perchè il consorzio internazionale aveva iniziato con l’approccio walk on, e questi dati sono stati utilizzati come info per allineare le parti + ostiche ottenute attraverso la tecnologia shotgun. (Parlo delle sequenze ripetute)
Per quanto riguarda il personal genome, credo che + la gestione dei dati saranno le possibili applicazioni relative alla privacy che devono essere analizzate in maniera chiara.
Credo che la bottleneck sia la qualità dei dati in entrata e come valutare questi, il numero di dati in entrata invece credo che possa scalare in maniera abbastanza tranquilla.
my two cents
nico said
Verissimo Mattions, ma ricordiamoci che Venter è un industriale, vuole fare notizia non importa se poi nessuno se ne farà molto dei dati da lui raccolti. Nel frattempo ha suscitato l’interesse della stampa e magari anche di qualcuno che ha anche intenzione di mettere $$$ in questo progetto…
dalloliogm said
Sì, in effetti anche io ho dei dubbi sull’utilità di questo metodo… si riempono i database di sequenze a bassa qualità e si ottengono dei risultati che sono molto difficili da replicare e analizzare.
Anche se quando me l’aveva spiegata il mio professore di genomica, mi era sembrata una idea geniale: in fondo con un investimento non eccessivamente alto (a parte venter che se ne va con uno yacht), hai la possibilità di trovare specie non ancora conosciute.