Anche se quando me l’aveva spiegata il mio professore di genomica, mi era sembrata una idea geniale: in fondo con un investimento non eccessivamente alto (a parte venter che se ne va con uno yacht), hai la possibilità di trovare specie non ancora conosciute.

Dipende dalla qualità del sequenziamento.
L’idea di affittare una nave e sequenziare in maniera randomica tutto quello che viene trovato in maniera randomica all’interno di un ambiente gigante come l’oceano è molto ma molto insana.

Primo: Non hai la minima possibilità di distinguere se il genoma è contaminato, idea di come riassemblarlo e la sicurezza di affermare da quale organismo proviene.
Secondo: Ammesso che hai tutti i dati disponibili (I dati dovrebbero essere già disponibili, e dovrebbero giaciere su una branch del Db e nessuno sa, per ora, cosa fare.)

Integrare questi dati ed abbassare drammaticamente la qualità del database?

L’approccio shotgun ha funzionato perchè il consorzio internazionale aveva iniziato con l’approccio walk on, e questi dati sono stati utilizzati come info per allineare le parti + ostiche ottenute attraverso la tecnologia shotgun. (Parlo delle sequenze ripetute)

Per quanto riguarda il personal genome, credo che + la gestione dei dati saranno le possibili applicazioni relative alla privacy che devono essere analizzate in maniera chiara.

Credo che la bottleneck sia la qualità dei dati in entrata e come valutare questi, il numero di dati in entrata invece credo che possa scalare in maniera abbastanza tranquilla.

my two cents