Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Archive for the ‘Aggiornamenti’ Category

Questo sito si sposta: bioinfoblog.it

Posted by dalloliogm su gennaio 11, 2008

Ho fatto un piccolo sforzo e ho comprato un dominio a parte per questo blog, per cui da ora in poi continuerò a scrivere su:

-> http://bioinfoblog.it

devo ancora decidere quale tema grafico utilizzare e finire di giocare con i plugins e personalizzazioni, ma in linea di massima il nuovo sito dovrebbe essere già pronto.

Certo che registrare un dominio .it é una fatica :) tra la burocrazia e i fax da mandare, però il nuovo dominio mi piace.

Ci vediamo lì! :)

—–

I am moving this blog to: http://bioinfoblog.it

Please update your bookmarks and see you there!! :)

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Aggiornato il Blogroll, finalmente!

Posted by dalloliogm su dicembre 5, 2007

Finalmente ho trovato il tempo per una cosa che volevo fare da tanto: aggiornare i link nel blogroll di questo sito.

Ho aggiunto 5 blog di bioinformatica in italiano: chiedo scusa agli autori per rompere così tanto le scatole :).

Ho anche creato un feed RSS con Yahoo-Pipes (é l’ultimo feed nel riquadro a sinistra) per tentare di aggregare i post di bioinformatica in italiano. Date un’occhiata al sorgente del Pipe se volete, non sono sicuro di averlo scritto correttamente.

Ho aggiunto un link a qualche blog di giornalisti scientifici che leggo, e ad ai blog del progetto di molecularlab.

Tra i link in inglese, vi ricordo che il sito migliore per entrare nella blogosfera bioinformatica inglese é nodalpoint, che tra l’altro ospita una lista di blog scientifici molto più estesa della mia. Un altro buon punto di partenza é Bio::Blogs, una rassegna dei migliori post sull’argomento pubblicata mensilmente.

Fatemi sapere se mi sono scordato qualcuno, o se preferite non ricevere il link. Sono sicuro di aver dimenticato qualcosa…

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Un repository di modelli per openoffice in italiano

Posted by dalloliogm su dicembre 2, 2007

Questa notizia ha solo marginalmente a che fare con la biologia, ma sulla mailing list di openoffice si sta discutendo della possibilità di creare un repository di modelli per openoffice in italiano:

l’idea é molto interessante ma per il momento é ancora in fase di organizzazione, e probabilmente le discussioni continueranno sul wiki dedicato.

Creare un repository di modelli liberamente utilizzabili, per chi non lo sapesse, vuol dire creare un sito in cui sia possibile scaricare (e condividere) template per documenti riutilizzabili da tutti e rilasciati secondo una licenza libera, come la Gnu-GPL o una Creative Commons.

Poi vi ricordo che openoffice é anche un prodotto modulare che supporta l’aggiunta di estensioni (come firefox), che potete trovare elencate qui. Ne esiste persino una per zotero, ma é ancora in via di sviluppo e non sono mai riuscito a farla funzionare :(.

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Emboss in Ubuntu & etch: ancora un po’..

Posted by dalloliogm su ottobre 17, 2007

Con un paio di messaggi sulla ml di emboss mi hanno spiegato il futuro di questo pacchetto su debian etch e ubuntu.

Per dirla in parole povere: emboss 5.0 non verrà mai supportato ufficialmente da debian etch, ma soltanto su sid e le distribuzioni successive; mentre su Ubuntu, al momento non é presente su Gutsy, ma ci si sta lavorando.

Ecco i due messaggi di riferimento:

Non é un problema difficile da risolvere.

Leggi il seguito di questo post »

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Cambiano le specificazioni del formato PDB, a partire da domani (1 agosto)

Posted by dalloliogm su luglio 31, 2007

Attenzione a tutti i colleghi bioinformatici strutturali: ho appena appreso dal mio blog gemello spagnolo (su questo post) che a partire da domani verrà lanciata una nuova versione del formato PDB, quello utilizzato dalle banche dati wwPDB e RCSB per descrivere la struttura di una molecola ottenuta tramite cristallografia o predizione.

La notizia è importanteda segnalare perchè alcuni di questi cambiamenti non saranno compatibili con le versioni precedenti del formato.
Questo vuol dire che vi potrebbe capitare di non poter essere in grado di leggere correttamente i nuovi files con i software attuali, finchè questi non si adegueranno e voi non li aggiornerete (già mi immagino i casini nelle sale studio).


(il formato .pdb è quello che puó essere letto da programmi come rasmol o pymol
per dare queste belle rappresentazioni strutturali di proteine in 3D)

Per fortuna, dando un’occhiata alle FAQs (pdf), pare che non ci saranno grossi cambiamenti nelle procedure per inviare nuove strutture e che il passaggio sarà gestito in maniera automatica.
E’ certo che il formato PDB ha da sempre sofferto di specificazioni poco precise, e che è fatto ben conosciuto che la banca dati RCSB è piena di strutture con errori di sintassi e di definizioni (cosa che il database wwPDB si propone appunto di correggere).

Purtroppo io mi occupo di un altro campo di ricerca bioinformatica, quindi non vi so dare molte altre informazioni a riguardo; quindi per maggiori dettagli vi lascio all’articolo del mio collega e alle tre referenze che ha indicato:

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Hello world!

Posted by dalloliogm su aprile 13, 2007

Hola a todo el mundo!!
Dopo un paio di esperimenti miseramente abbandonati, mi sono deciso a gestire un blog seriamente.

Di che cosa voglio parlare in questo spazio?

- innanzitutto di bioinformatica, che é il campo in cui lavoro e la materia che più mi piace in assoluto;

- di quello che mi succede qui, vorrei descrivere l’esperienza che sto facendo di lavorare in un centro di bioinformatica a Barcellona, di tutte le persone che ho conosciuto qui e di quelle che ho salutato in Italia, sperando di rivederle presto;

- di quello che penso del mondo, perché a forza di andare a fare improbabili tirocini all’estero e leggere libri impegnati, di curiosare negli angoli più oscuri di Internet, e di parlare con persone diverse, ho capito di non sapere niente di tutto quello che c’è fuori dal mio paese e mi sono venute in mente un sacco di domande.

Ho deciso di usare wordpress perché ho letto che é rilasciato sotto Gnu/GPL e perché ho visto che esistono alcuni plugins dedicati ai ricercatori per seguire i propri esperimenti, e che vorrei provare prima o poi.

Quindi benvenuto/a nel mio blog, se vedi che lascio passare troppo tempo senza scrivere niente, mandami una mail per svegliarmi!! ;)

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