Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Archivio per la categoria ‘Bibliografia’

Un repository di modelli per openoffice in italiano

Pubblicato da dalloliogm su dicembre 2, 2007

Questa notizia ha solo marginalmente a che fare con la biologia, ma sulla mailing list di openoffice si sta discutendo della possibilità di creare un repository di modelli per openoffice in italiano:

l’idea é molto interessante ma per il momento é ancora in fase di organizzazione, e probabilmente le discussioni continueranno sul wiki dedicato.

Creare un repository di modelli liberamente utilizzabili, per chi non lo sapesse, vuol dire creare un sito in cui sia possibile scaricare (e condividere) template per documenti riutilizzabili da tutti e rilasciati secondo una licenza libera, come la Gnu-GPL o una Creative Commons.

Poi vi ricordo che openoffice é anche un prodotto modulare che supporta l’aggiunta di estensioni (come firefox), che potete trovare elencate qui. Ne esiste persino una per zotero, ma é ancora in via di sviluppo e non sono mai riuscito a farla funzionare :(.

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Research Blogging Icon

Pubblicato da dalloliogm su novembre 11, 2007

Avete intenzione di utilizzare il vostro blog per commentare un articolo scientifico appena pubblicato, per scambiare impressioni e commenti su di esso con altri ricercatori via Internet? Oppure, state cercando un blog che parli in maniera seria del vostro argomento di ricerca preferito, come microbiologia, bioinformatica o predizione dello splicing alternativo nei basidiomycota?

Se é così, quella di ‘Research Bloggin Icon‘ é una iniziativa che vi tornerà molto utile.

Come funziona? E’ molto semplice: ogni volta che scrivete un post a proposito di un articolo scientifico, in italiano o in inglese, ricordatevi di inserire l’icona mostrata qui sotto copiando questo codice e seguendo queste linee guida.

In questo modo, i vostri lettori saranno in grado di capire immediatamente che state scrivendo un post serio e interessante; e cosa piu’ importante, sara’ piu’ facile trovare il vostro post, cercando su technorati o su un altro motore di ricerca e filtrando tutti i post che contengono un link a quella immagine.

L’idea che gli autori di bpr3.org si sono messi in testa e’ proprio quella di creare una collezione di tutti i post scritti per commentare articoli scientifici pubblicati su riviste peer-reviewed, e sicuramente si tratta di una invenzione interessante.

Il servizio al momento e’ ancora in fase di sviluppo, e non e’ ancora possibile navigare la lista dei blog se non utilizzando appunto la ricerca via technorati: intanto pero’, il mio consiglio e’ quello di iscriversi ai feeds del loro sito, e dare un’occhiata ad alcuni dei blog che hanno gia’ risposto all’iniziativa, come quelli descritti qui.

Ci sono gia’ un po’ di post scritti in lingua spagnola… quindi mi raccomando, datevi da fare per passare parola e per dare qualche piccolo contributo dalla blogosfera italiana :P

Pubblicato in: Bibliografia, Bioinformatica, Divulgazione Scientifica, openscience, Web2.0 | Commenti disabilitati

Come citare un blog su un articolo o una tesi

Pubblicato da dalloliogm su ottobre 26, 2007

A quanto pare da ora in poi, se volete citare un post su un blog scientifico nella vostra tesi, vi sono delle linee guida su come farlo:

La notizia viene fuori da una discussione aperta su nodalpoint (e tra l’altro iniziata da un collega italiano :) ), e, tra le risposte interessanti che sono state date, vi vorrei far notare quella in cui si citano le linee-guida dell’ncbi:

e la risposta di uno degli scienziati del network UsefulChem, un circuito di openscience che si occupa di ricerca su farmaci contro malattie tropicali:

Vi invito a dare un’occhiata a link postati in quest’ultimo commento, perché si cita la tesi di master scritta da una ragazza che ha utilizzato un wiki e un blog e molti altri strumenti moderni per aiutarsi nella scrittura.

Poi naturalmente, tra milioni di persone solo io potevo porre una domanda stupidissima… e i post scritti su un forum specializzato di biologia online, come si possono referenziare? :)

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Così scriverò la mia tesi con strumenti moderni

Pubblicato da dalloliogm su agosto 13, 2007

Ecco come scriverò la mia tesina di specialistica con strumenti moderni.

  • Editor di Testi: per scrivere, utilizzerò uno tra google/docs e Zoho, ovvero utilizzerò un editor di testi collaborativo ad accesso gratuito.
    In questo modo, metterò i vari documenti in condivisione con il mio capo, che al momento è in vacanza, e potrà fare le sue correzioni anche da casa senza intreccicarci ed in tempo reale.
    Finora ho usato google/docs, ma mi sembra ancora molto grezzo: per esempio, si possono usare solo tre stili per gli header, e non ho capito come definirne altri; e non mi piace come viene gestita l’impaginazione.
    Sono venuto a conoscenza di questo zoho per caso e mi sembra uno strumento piú completo: credo che vi passerò definitivamente a meno di non trovare qualcosa di meglio o qualche buona estensione/script di greasemonkey per firefox.
    Per ora ho rimandato il mio primo appuntamento con LateX :(
  • Gestione Bibliografia: al momento ho una doppia libreria, una su web su Connotea e un’altra in locale con zotero.
    Mi piacerebbe che questi due progetti iniziassero a parlarsi e a mettersi d’accordo per supportarsi a vicenda, ma temo che per questo si dovrà aspettare qualche anno.
    Intanto, la maggior parte del lavoro la faccio con zotero, che si integra facilmente sia con google/docs che con zoho (vedi questo video), e che è comodo perché mi permette di avere a portata di mano i .pdf.
  • ¿Que mas? Che altro? Beh come spiegato nei post precedenti, utilizzerò UML per descrivere i dettagli del mio esperimento.
    Credo sia tutto per ora..

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Un database di database bioinformatici

Pubblicato da dalloliogm su luglio 24, 2007

su bioinformatics.org e’ apparso un annuncio che pubblicava la nascita di questa directory:


Si tratta di un piccolo database che intende annotare tutti i database di interesse bioinformatico: proteine, sequenze, eventi di splicing alternativo, inteine, RNA interference, pesci, annotazioni, articoli, pathways metabolici, tabelle di utilizzo di codoni, geni coinvolti nel cancro, risultati di microarray, database di informazioni mediche, mutazioni puntiformi, blocchi di allineamento, polimorfismi nucleotidici, pesi di cervello di ratto, linee cellulari, retrovirus, RNA non codificanti, primers per RT-PCR, strutture di proteine, cluster di geni, informazioni filogenetiche, risorse sul web utili per un ricercatore, modelli di markov, cataloghi di reagenti, protocolli, batteri, farmaci, malattie, testi, modelli di interazione, siti di binding, proteine di membrana, coefficenti di velocità di reazione, etc…

Ecco l’annuncio originale:

Ed il link diretto (potete cliccare anche sull’immagine in questo post):

E’ una buona iniziativa, anche se al momento mi sembra ne manchino ancora alcuni sullo splicing (una volta avevo una lista di almeno 20 o 30 db solo sullo splicing alternativo).

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In arrivo la beta di MyExperiment!

Pubblicato da dalloliogm su luglio 22, 2007

myExperiment é un progetto di cui si parla da un po’ di tempo, che si propone di mettere a disposizione della comunità scientifica uno strumento simile a quello che é mySpace.

Ovvero, un luogo in cui un ricercatore possa iscriversi e creare un proprio profilo, descrivere i propri interessi e il proprio curriculum, poter interagire con altri ricercatori impegnati nello stesso campo, e poter scambiare commenti e opinioni sui propri esperimenti.

L’idea é interessante e tra l’altro arriva dagli stessi creatori di taverna, un software di cui ho parlato qualche volta e che serve per descrivere una analisi bioinformatica tramite un workflow.

Finalmente dopo alcuni anni di preparazione, é stata annunciata una versione beta funzionante a partire dal prossimo 1 agosto, aperta a tutti coloro che vogliano fare da tester.
Ecco l’annuncio ufficiale:

Devo ammettere che nemmeno a me é molto chiaro il modo in cui questo esperimento funzionerà.. per adesso, mi sono iscritto alla beta e aspetterò il 1 agosto per vedere come funzionerà.

Un in bocca al lupo agli sviluppatori di MyExperiment!! :)

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Un consiglio su come assistere a seminari scientifici

Pubblicato da dalloliogm su luglio 3, 2007

Se si e’ abbastanza fortunati da lavorare in una Universita’ o in un centro scientifico abbastanza grande, e’ molto probabile che vi offrino/obblighino ad assistere a molti seminari o a cicli di seminari (per esempio, qui ne abbiamo uno di bioinformatica ogni giovedi’).

Volevo dare un piccolo consiglio su questo proposito:

  • Se sapete in anticipo che vi tocchera’ assistere ad un seminario, leggetevi l’ultimo articolo o una review del presentatore per prepararvi.

I seminari possono sembrare lunghi e noiosi ma se assistete sistematicamente ad essi senza capirci mai niente diventano una grande perdita di tempo… cosi’ tanto vale prepararsi un poco in anticipo in modo da ricavarci qualcosa.

Provo a darvi un paio di consigli (abbastanza banali) su come prepararsi al meglio questa cosa.

una ricerca su hubmed per la query “Dayhoff M AND review[ptyp]”

(un esempio di ricerca sui migliori articoli di Margaret Dayhoff)

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Ti piace questo blog? Iscriviti ai suoi RSS Feeds!

Pubblicato da dalloliogm su aprile 17, 2007

Bene,

con questo blog mi sono promesso di fare del mio meglio per migliorare la conoscenza delle tecnologie informatiche nel mondo della ricerca scientifica italiana!! ;)

Io ho sempre avuto l’impressione che la maggior parte degli scienziati non siano molto capaci nei confronti dei mezzi informatici: per esempio, ci sono professori che a malapena sanno usare un computer, molto spesso si perde tempo a fare cose a mano solo perché si ha paura ad utilizzare metodi più tecnologici, e nemmeno nei corsi di biologia si insegnano le cose giuste, spesso si fa qualcosa di programmazione o sui tool più utilizzati come blast o ncbi, ma niente che abbia a che fare su come potrebbe essere usata Internet e su molte cose utili.

Poi arrivano le supernazionali come la Microsoft e amici ad approfittarsi della situazione :(.

rss_notification2.pngmugshot5.png

(suggerimento: continuate a leggere che dopo lo sproloquio c’è la parte interessante! ;)

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Zotero, finalmente un’estensione per mantenere una bibliografia con firefox!

Pubblicato da dalloliogm su aprile 14, 2007

Finalmente ho trovato un sistema decente per mantenere una bibliografia con firefox, senza smanettare tra Jabref, Liferea per i feeds, hubmed, BibTeX e files pdf.

Si chiama ZOTERO:

https://addons.mozilla.org/it/firefox/addon/3504
http://www.zotero.org/

che serve per creare e gestire bibliografie per articoli e risorse al volo su Internet (il nome deriva da una parola albanese che sta per ‘cercare’).

zotero6

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