Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Archive for the ‘openscience’ Category

Research Blogging Icon

Posted by dalloliogm su novembre 11, 2007

Avete intenzione di utilizzare il vostro blog per commentare un articolo scientifico appena pubblicato, per scambiare impressioni e commenti su di esso con altri ricercatori via Internet? Oppure, state cercando un blog che parli in maniera seria del vostro argomento di ricerca preferito, come microbiologia, bioinformatica o predizione dello splicing alternativo nei basidiomycota?

Se é così, quella di ‘Research Bloggin Icon‘ é una iniziativa che vi tornerà molto utile.

Come funziona? E’ molto semplice: ogni volta che scrivete un post a proposito di un articolo scientifico, in italiano o in inglese, ricordatevi di inserire l’icona mostrata qui sotto copiando questo codice e seguendo queste linee guida.

In questo modo, i vostri lettori saranno in grado di capire immediatamente che state scrivendo un post serio e interessante; e cosa piu’ importante, sara’ piu’ facile trovare il vostro post, cercando su technorati o su un altro motore di ricerca e filtrando tutti i post che contengono un link a quella immagine.

L’idea che gli autori di bpr3.org si sono messi in testa e’ proprio quella di creare una collezione di tutti i post scritti per commentare articoli scientifici pubblicati su riviste peer-reviewed, e sicuramente si tratta di una invenzione interessante.

Il servizio al momento e’ ancora in fase di sviluppo, e non e’ ancora possibile navigare la lista dei blog se non utilizzando appunto la ricerca via technorati: intanto pero’, il mio consiglio e’ quello di iscriversi ai feeds del loro sito, e dare un’occhiata ad alcuni dei blog che hanno gia’ risposto all’iniziativa, come quelli descritti qui.

Ci sono gia’ un po’ di post scritti in lingua spagnola… quindi mi raccomando, datevi da fare per passare parola e per dare qualche piccolo contributo dalla blogosfera italiana :P

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Refactoremycode.com

Posted by dalloliogm su novembre 8, 2007

L’altro giorno leggevo  un articolo su ossblog a proposito di refactoremycode.com, un ennesimo tool in stile web 2.0, in questo caso un servizio per aiutare i programmatori a ricevere feedback e commenti per migliorare il proprio codice.

reactoremycode.com logo

Funziona così: se avete scritto uno programma o uno script del quale non siete convinti, e volete ricevere il giudizio di un programmatore più esperto, potete postare il codice su quel sito web 2.0 e sperare che qualcuno in gamba lo veda e vi dia dei suggerimenti, secondo lo spirito del free-software.

Si possono anche proporre pezzi di tutorial o template per aiutare gli altri a imparare, a me per esempio é piaciuto molto questo (un template che illustra come scrivere una classe e come usare pydoc, che io non ancora ho imparato).

Io credo che una idea del genere sarebbe molto comoda in bioinformatica, perché é un campo in cui ancora molta gente lavora con scripts e programmi corti e in cui ci sono molti biologi che cercano di imparare a programmare per conto proprio.
E’ qualcosa che si trova a metà strada tra un forum e una chat IRC o un progetto su sourceforge, e potrebbe essere molto utile, magari anche solo creandone una versione ristretta alla bioinformatica, o per utilizzarlo internamente ad un gruppo di ricerca in modo da aiutare i meno esperti a scrivere codice più correttamente.

Voi che ne pensate?
Buona notte!

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Come citare un blog su un articolo o una tesi

Posted by dalloliogm su ottobre 26, 2007

A quanto pare da ora in poi, se volete citare un post su un blog scientifico nella vostra tesi, vi sono delle linee guida su come farlo:

La notizia viene fuori da una discussione aperta su nodalpoint (e tra l’altro iniziata da un collega italiano :) ), e, tra le risposte interessanti che sono state date, vi vorrei far notare quella in cui si citano le linee-guida dell’ncbi:

e la risposta di uno degli scienziati del network UsefulChem, un circuito di openscience che si occupa di ricerca su farmaci contro malattie tropicali:

Vi invito a dare un’occhiata a link postati in quest’ultimo commento, perché si cita la tesi di master scritta da una ragazza che ha utilizzato un wiki e un blog e molti altri strumenti moderni per aiutarsi nella scrittura.

Poi naturalmente, tra milioni di persone solo io potevo porre una domanda stupidissima… e i post scritti su un forum specializzato di biologia online, come si possono referenziare? :)

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Ancora su Video Scientifici per Ricercatori

Posted by dalloliogm su ottobre 26, 2007

Sul network nodalpoint é stato pubblicato un articolo simile al mio di qualche tempo fa sui video scientifici per ricercatori:

Lo riporto perché é un po’ più completo del mio e contiene qualche link e qualche discussione in più.

Il messaggio, comunque, in parole povere rimane lo stesso: usare dei video per illustrare i passaggi di un esperimento, per commentare articoli pubblicati o per illustrare un protocollo.

I siti che al momento mettono a disposizione questo servizio sono principalmente due: Jove, che é impostato come una vera rivista scientifica peer-reviewed, e Scivee, che é più simile a youtube e invita gli utenti a commentare articoli via video.

Vi lascio anche io con il video stupido di scienziati che é segnalato sul post di nodalpoint:

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openbiosource.org: progetto bioinformatico italiano

Posted by dalloliogm su ottobre 17, 2007

Diamo il benvenuto ad un altro progetto che si propone di creare un luogo di incontro e di discussione per i bioinformatici e biologi italiani: openbiosource.org.

Si tratta di un progetto decisamente innovativo e interessante, che mette a disposizione un forum e diversi link utili a chiunque abbia bisogno di discutere di problematiche relative all’uso dei computer per fare ricerca scientifica.

Il tutto condito da un perfetto spirito opensource: ovvero quello di condividere le proprie conoscenze e le proprie risorse, in modo da poter crescere e imparare più velocemente.

Un po’ di competizione per noi di molecularlab forse :)…. ma non é un problema, visto che contribuisce a migliorare al livello della ricerca nel nostro Paese e in generale.

In bocca al lupo! :)

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PS3grid.net: utilizzare la PlayStation per eseguire calcoli scientifici

Posted by dalloliogm su agosto 24, 2007

Nella mia avventura qui a Barcelona mi sono imbattuto in PS3GRID.net, il progetto di un ricercatore italiano (Gianni De Fabritiis) , che sta investigando la possibilità di utilizzare il processore delle playstation al posto di quello dei PC per eseguire calcoli scientifici (specialmente modeling molecolare).

Secondo quanto afferma, infatti, e dimostrato in un articolo pubblicato sulla rivista ‘Computer Physics Communications’ (link all’articolo), il processore della PS3 può essere ottimizzato per eseguire i calcoli necessari fino a 16 volte più velocemente del PC.


(la playstation puo` essere fino a 16 volte più veloce di un pc per eseguire calcoli scientifici)

Io non ho una PS3 a casa purtroppo, ma, se volete verificare di persona, potete partecipare al progetto installando GNU/Linux sulla vostra consolle (istruzioni), e utilizzando il client BOINC che sono sicuro molti di voi conosceranno già.

Mi chiedo come girino giochi come tremolous e Unreal 2007 sulla PS3 con Linux :D, e se la diatriba tra Linus Torvalds e Con Kolivas tra l’SD e il CFS (referenza a caso) porterà ad ulteriori vantaggi su questo fronte.

Nel frattempo, mi hanno fatto sapere che stanno cercando traduttori italiani o stranieri per l’home page del progetto, in modo da aumentare il numero di partecipanti.
Se c’è qualcuno interessato seriamente, può scrivere a ps3grid at gmail.com.

Link al progetto: PS3GRID.net

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Datemi una mano su Synaptic Leap, per fare un po’ di ricerca nel tempo libero

Posted by dalloliogm su giugno 19, 2007

Qualche settimana fa mi sono iscritto su The Synaptic Leap, il network di openscience di cui parlavo nell’altro post.

Ho passato un po’ di tempo a studiarmi i vari progetti disponibili sul sito (qui maggiori informazioni su come iniziare) ma visto che non trovavo niente alla mia portata e compatibile con il mio tempo libero, ho pensato di aprire direttamente un topic per presentarmi e chiedere come potessi aiutare.

synaptic leap open science

Ecco qui il mio messaggio:

Allora vediamo brevemente, i due progetti a cui mi e’ stato proposto di partecipare sono:

  • aiutare nello sviluppo di un sistema ispirato a Flickr, grazie al quale la comunita’ di synaptic leap possa mettere in comune i propri dati e gestire i risultati e i task da portare avanti per ogni laboratorio/partecipante (maggiori informazioni)
  • partecipare a UsefulChem, un altro progetto di OpenScience correlato a Synaptic Leap, per svolgere alcuni task. In particolare la pagina dei progetti disponibili e’ questa. Su UsefulChem scrivero’ degli altri post perche’ e’ un progetto interessante sul quale si sono svolti altri esperimenti per l’integrazione tra web 2.0 e scienza (ossia, hanno utilizzato un wiki per coordinarsi ed una ragazza ha ricevuto feedback per la sua tesi descrivendola su un blog).

Il vero motivo per cui sto scrivendo questo post e’ per vedere se qualcuno e’ interessato a dare una mano… quindi coraggio, continuate a leggere sotto!

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Posted in Bioinformatica, openscience, Progetti, Web2.0 | 4 Comments »

The Synaptic Leap e il progetto di Tropicaldisease.org

Posted by dalloliogm su giugno 16, 2007

Conoscete questo simbolo:

?

beh é piuttosto bruttino, però é il logo di the synaptic leap, una comunità di ricercatori che impegnano il loro tempo libero per sviluppare dati e possibili farmaci contro la malaria e altre malattie poco considerate dalle case farmaceutiche perché diffuse in aree del terzo mondo.

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