vi raccomando sia di aggiungere suicyte tra i vostri blog di bioinformatica preferiti, che di dare un’occhiata al post e ai suoi commenti, dove si parla di metagenomica e in generale dei problemi derivati dalle tecniche di sequenziamento di massa.
La metagenomica essenzialmente é una tecnologia che prevede analizzare contemporaneamente il genoma di tutti i micro-organismi presenti un in particolare ambiente, alla ricerca di nuove specie o per creare un profilo: forse avete sentito dell‘idea di Craig Venter di affittare uno Yacht e mandarlo in crociera nei mari tropicali per trovare nuove specie di microrganismi brevettabili. (beati a quei ricercatori) Leggi il seguito di questo post »
I sequence logos sono un sistema inventato una decina di anni fa per rappresentare graficamente motivi e allineamenti di piccole sequenze di DNA o proteine; per esempio, potreste aver gia’ visto una figura del genere, che rappresenta i segnali di splicing piu’ conservati in uomo:
Posso confermare che questo tipo di rappresentazione torna molto utile in una varieta’ di situazioni in bioinformatica, dal dimostrare quali sono gli aminoacidi piu’ conservati in un dominio proteico, a quando si vogliono confrontare due motivi regolatori coinvoltiin un evento di regolazione o di trascrizione in due diversi organismi e capire quale e’ il piu’ conservato.
In questo post vi segnalo alcune delle risorse piu’ utili per creare e confrontare i vostri sequence logos.
Vi segnalo una idea simpatica che e’ venuta in mente ad uno degli utenti di molecularlab (hola Domenico!): la tavola periodica degli aminoacidi.
Beh non credo ci sia molto da spiegare… e’ semplicemente una tavola periodica, adattata agli aminoacidi e alle loro cariche piuttosto che agli elementi.
Io rientro nel numero di quegli sciagurati bioinformatici che non e’ in grado di ricordarsi quali sono gli aa idrofobici e quelli idrofilici… mamma mia, se mi sentisse la mia prof :).
Cmq credo che questa tavola possa essere utile sia per fini didattici, e che sia una buona idea stamparsela e attaccarsela da qualche parte in laboratrio (o sulla vostra scrivania).
Sul forum di mb e’ nata una discussione a proposito, quindi se avete suggerimenti (annotazioni che vorreste aggiungere / colori che non vi piacciono / traduzioni che volete proporre / etc..) potete scrivere direttamente li’.
Volevo partecipare anche io a questa iniziativa che ho trovato su divulgazionescientifica.it, anche se a dire la verità, neppure io credo che possa essere efficace, ma che almeno é fatta con buone intenzioni:
L’idea é quella di sensibilizzare l’opinione pubblica italiana sulla situazione dei nostri centri di ricerca, perché in giro vi sono troppi luoghi comuni sbagliati (i ricercatori italiani sono troppi, la produzione scientifica é scarsa, i prodotti ogm sono il male e gli scienziati vogliono conquistare il mondo, etc..), a cui la gente comune finisce per credere.
Visto che sono in vena di segnalare petizioni, vi segnalo questa dell’ADI che si propone di chiedere una soglia minima di 1000 euro al mese per le borse di studio di dottorato italiane:
Purtroppo dubito che anche questa raccolta firme sia in grado di risolvere granché… però, la ragazza nel poster é carina e l’idea in ogni caso é simpatica.
Scusate per questo post di spam… ma mi sono sembrate due iniziative piuttosto affidabili.
Lo riporto perché é un po’ più completo del mio e contiene qualche link e qualche discussione in più.
Il messaggio, comunque, in parole povere rimane lo stesso: usare dei video per illustrare i passaggi di un esperimento, per commentare articoli pubblicati o per illustrare un protocollo.
I siti che al momento mettono a disposizione questo servizio sono principalmente due: Jove, che é impostato come una vera rivista scientifica peer-reviewed, e Scivee, che é più simile a youtube e invita gli utenti a commentare articoli via video.
Vi lascio anche io con il video stupido di scienziati che é segnalato sul post di nodalpoint:
Un video può essere un mezzo di comunicazione molto efficace per spiegare i dettagli di un esperimento scientifico.
Vi segnalo due servizi che, sulla scia di questo pensiero, sono stati proposti recentemente: Jove (Journal of Visualized Experiments), e Scivee (pubblicizzato come ‘lo Youtube della scienza’).
(clicca per aprire un video scelto a caso su Journal of Visualized Experiments)
Journal of Visualized Experiments si propone come una vera e propria rivista scientifica: i video inviati vengono sottoposti ad un processo di review (non è molto chiaro se si tratti di peer review o qualcos’altro) prima di essere accettati, vi sono degli editoriali, la pubblicazione avviene mensilmente, ed è possibile citare i video come fossero articoli di rivista.
Scivee invece è più simile a Youtube: è possibile inviare qualsiasi tipo di video, i contenuti sono più eterogenei, ma gli sviluppatori hanno avuto la grande idea di creare il concetto di ‘Video Pubcast’, ovvero un filmato che viene realizzato dagli autori di un articolo già pubblicato e che funge da materiale supplementare.
Mi piacciono molto questi due siti: certo è noioso sedersi ad ascoltare qualcuno che parla di un esperimento scientifico per mezz’ora, ma credo che si tratti di materiale didattico molto utile, specie per quelli che lavorano nella biologia classica (quella al bancone, per intenderci).
In particolare, mi sembrano molto utili le sezioni dei ‘protocolli’ di entrambi i siti: così uno può imparare autonomamente a realizzare una PCR o una elettroforesi (esperienza traumatica per i tirocinanti, in genere).
si possono trovare i genomi di Craig Venter e di James Watson, i due protagonisti della corsa al sequenziamento del genoma umano nei primi anni di questo secolo.
La storia del sequenziamento del genoma umano ci insegna tante cose: sui dati prodotti da consorzi pubblici e resi disponibili gratuitamente, su chi ne approfitta per scopi commerciali, e su come si possa ragionare intelligentemente per arrivare alla stessa soluzione inventando una tecnica diversa.
Casomai foste all’oscuro di questa storia, e vi andasse di leggere un po’ su Internet, vi consiglio di cominciare dalla pagina di wikipedia:
myExperiment é un progetto di cui si parla da un po’ di tempo, che si propone di mettere a disposizione della comunità scientifica uno strumento simile a quello che é mySpace.
Ovvero, un luogo in cui un ricercatore possa iscriversi e creare un proprio profilo, descrivere i propri interessi e il proprio curriculum, poter interagire con altri ricercatori impegnati nello stesso campo, e poter scambiare commenti e opinioni sui propri esperimenti.
L’idea é interessante e tra l’altro arriva dagli stessi creatori di taverna, un software di cui ho parlato qualche volta e che serve per descrivere una analisi bioinformatica tramite un workflow.
Finalmente dopo alcuni anni di preparazione, é stata annunciata una versione beta funzionante a partire dal prossimo 1 agosto, aperta a tutti coloro che vogliano fare da tester.
Ecco l’annuncio ufficiale:
Devo ammettere che nemmeno a me é molto chiaro il modo in cui questo esperimento funzionerà.. per adesso, mi sono iscritto alla beta e aspetterò il 1 agosto per vedere come funzionerà.
Un in bocca al lupo agli sviluppatori di MyExperiment!!
Qualche tempo fa avevo aperto un post sull’idea di utilizzare un blog come diario di laboratorio.
Vorrei riprendere l’idea e continuare a spiegarla… questa volta però facendo un piccolo passo indietro, e spiegando alcune cose che mi sono reso conto che non sono banali per tutti.
In questo numero, signore e signori, verranno risolti in maniera definitiva tutti i vostri dubbi rispetto alle domande:
Cosa é un blog?
In quali e quanti modi una mente contorta potrebbe pensare di utilizzare un blog come supporto per la propria attività di ricerca?
Se si e’ abbastanza fortunati da lavorare in una Universita’ o in un centro scientifico abbastanza grande, e’ molto probabile che vi offrino/obblighino ad assistere a molti seminari o a cicli di seminari (per esempio, qui ne abbiamo uno di bioinformatica ogni giovedi’).
Volevo dare un piccolo consiglio su questo proposito:
Se sapete in anticipo che vi tocchera’ assistere ad un seminario, leggetevi l’ultimo articolo o una review del presentatoreper prepararvi.
I seminari possono sembrare lunghi e noiosi ma se assistete sistematicamente ad essi senza capirci mai niente diventano una grande perdita di tempo… cosi’ tanto vale prepararsi un poco in anticipo in modo da ricavarci qualcosa.
Provo a darvi un paio di consigli (abbastanza banali) su come prepararsi al meglio questa cosa.
(un esempio di ricerca sui migliori articoli di Margaret Dayhoff)
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![una ricerca su hubmed per la query “Dayhoff M AND review[ptyp]”](http://dalloliogm.files.wordpress.com/2007/07/review_dayhoff.png)
