Ho fatto un piccolo sforzo e ho comprato un dominio a parte per questo blog, per cui da ora in poi continuerò a scrivere su:

-> http://bioinfoblog.it

devo ancora decidere quale tema grafico utilizzare e finire di giocare con i plugins e personalizzazioni, ma in linea di massima il nuovo sito dovrebbe essere già pronto.

Certo che registrare un dominio .it é una fatica tra la burocrazia e i fax da mandare, però il nuovo dominio mi piace.

Ci vediamo lì!

—–

I am moving this blog to: http://bioinfoblog.it

Please update your bookmarks and see you there!!

Stavo pensando che nel 2007 ho letto un sacco di libri! Potrei dire che sia l’anno in cui ho letto più libri in assoluto.

Io credo che l’ultimo anno della specialistica, quello in cui si fa il tirocinio, sia il migliore.
Infatti io mi ricordo di aver sgobbato come un pazzo negli anni precedenti, soprattutto alla triennale; invece, nella specialistica, con la scusa che avevo praticamente finito gli esami e che dovevo fare un po’ di pratica con l’inglese e lo spagnolo, ho avuto un sacco di tempo libero da dedicare ad una cosa che non facevo da tanto tempo, leggere!!

Ecco la lista dei libri che ho letto:

Libri che vi consigli di leggere se volete andare in Spagna o in un Paese a lingua latina:

• Eduardo Galeano: Las vienas abiertas de America Latina. Questo é un gran ben libro se avete intenzione di conoscere gente che venga dal centro o sud america. In alcuni stati dell’america latina lo insegnano addirittura come libro di testo: é un racconto giornalistico che descrive la storia dell’america latina, da Colombo fino ai tempi più recenti, in maniera molto avvicente, e denunciando i molti soprusi che sono stati commessi dalle multinazionali del petrolio fino a qualche tempo fa. E’ stato scritto nel 1971 e si vede, perché parla ottimisticamente del governo di Salvado Allende .
• Eduardo Galeano: Amares. E’ un altro libro di questo autore. Se volete fare un bel regalo a qualcuno, vi consiglio ‘Il libro degli abbracci’, o ‘A testa in Giù’, di Eduardo Galeano.
• Javier Cercas: Soldados de Salamina. Questo é il primo libro che ho letto per cercare di avvicinarmi alla storia recente della Spagna. Se volete venire a Barcellona, é uno dei libri consigliati.
• Eduardo Mendoza: sin noticias de Gurb. Anche questo é un bel libro se volete andare a Barcellona .

Libri che parlano di altri Paesi:

• Xavier Reverte: El sueño de África, Vagabundo en África e Los caminos perdidos de África. Questi sono 3 bei libri che vi raccontano di lunghi viaggi in Africa: dal Kenya (purtroppo devastato dalla guerra civile in questi giorni) a Uganda, Tanzania, Congo, Etiopia, Sudan (Paese in cui tutt’ora esiste la schiavitu’), Egitto.
• Xavier Reverte: El corazón de Ulises: dello stesso autore di prima, ma in Grecia, Turchia ed Egitto.
• Chen Guidi e Wu Chuntao: Può la barca affondare l’acqua (Vita dei contadini cinesi). Di questo ne avevo già parlato qui.

Altri:

• Robert M. Pirsing: Lo zen e l’arte della manutenzione della motocicletta. Che dire… Bellissimo questo libro, sia per la trama che per i contenuti. Dovete leggerlo almeno una volta nella vita.
  
• Francis Scott Fitzgerald: Il Gran Gatsby.
• Haruki Murakami: Tokyo Blues.
• Niccolo’ Ammaniti: Io non ho Paura.
• Ben Jellou, Tahar: Il Razzismo spiegato a mia figlia.
• Suad: Bruciata Viva.
• Antonio Tabucchi: La testa perduta di Damasceno Monteiro.
• Gabriel Garcia Marquez: Crónica de una muerte anunciada.
• Harry Potter 7 (purtroppo )
• Beppe Severgnigni: Un italiano in valigia.

Spero di non averne dimenticato nessuno.

Bene, il senso di questo post é… se state ancora affrontando i primi anni di università, tenete duro, perché l’inizio é tosto ma prima o poi arriva un po’ di tempo libero .

Bene, ho trascurato il blog per un paio di settimane.. Ma tra tante cose, laurea (sì mi sono laureato.. tutto ok ), viaggi di ritorno, feste, contratti di connessione a scatti di fastweb, non ho avuto tempo per aggiornarlo.

Però porta male non fare gli auguri… nemmeno con un po’ di ritardo e quindi volevo dedicarvi alcune delle immagini più simpatiche che mi hanno inviato per fare gli auguri:

magari le potete riutilizzare l’anno prossimo. Inoltre, se volete un buon post di fine anno / riflessioni scientifiche vi into a leggere questo post su divulagazionescientifica.it. Tanti auguri!!

p.s. fonti delle immagini: [¹][²] [³]

Visto che in alcune occasioni su questo blog si e’ parlato di censura in determinati Paesi, riprendo dal blog di maestroalberto questa segnalazione su un blog contro la censura:

• http://advocacy.globalvoicesonline.org/

La censura e’ una bestia nera per chi, come noi bioinformatici, lavora con Internet e con tutte le risorse che sono raggiungibile tramite essa.

Pensate per esempio, che questo blog non e’ leggibile in turchia (naturalmente basta saper muoversi con proxy e tor per aggirare i controlli, ma non e’ questo il punto).

Come diceva anche fuliggians qualche tempo fa, io credo che, in quanto bioinformatici, abbiamo il dovere di controllare che l’informazione scientifica sia resa disponibile a tutti senza taboo e parzialita’: il fatto di poter essere liberi di fare ricerca in qualsiasi parte del mondo ci troviamo e senza costi eccessivi da sostenere, e’ un diritto da difendere nel nome di tutti.

E passo la notizia a Kijio che sicuramente scrivera’ un post sull’argomento .

Finalmente ho trovato il tempo per una cosa che volevo fare da tanto: aggiornare i link nel blogroll di questo sito.

Ho aggiunto 5 blog di bioinformatica in italiano: chiedo scusa agli autori per rompere così tanto le scatole .

• http://bioinfusion.wordpress.com/
• http://filippom.altervista.org/blog/
• http://www.molecularlab.it/insidebioinfo/
• http://mattions.wordpress.com/
• http://daweonline.wordpress.com/

Ho anche creato un feed RSS con Yahoo-Pipes (é l’ultimo feed nel riquadro a sinistra) per tentare di aggregare i post di bioinformatica in italiano. Date un’occhiata al sorgente del Pipe se volete, non sono sicuro di averlo scritto correttamente.

Ho aggiunto un link a qualche blog di giornalisti scientifici che leggo, e ad ai blog del progetto di molecularlab.

Tra i link in inglese, vi ricordo che il sito migliore per entrare nella blogosfera bioinformatica inglese é nodalpoint, che tra l’altro ospita una lista di blog scientifici molto più estesa della mia. Un altro buon punto di partenza é Bio::Blogs, una rassegna dei migliori post sull’argomento pubblicata mensilmente.

Fatemi sapere se mi sono scordato qualcuno, o se preferite non ricevere il link. Sono sicuro di aver dimenticato qualcosa…

Volevo segnalare questo bel post pubblicato su suicyte, un blog di bioinformatica in inglese:

• http://suicyte.wordpress.com/2007/11/20/smallest-primate-ever-discovered

vi raccomando sia di aggiungere suicyte tra i vostri blog di bioinformatica preferiti, che di dare un’occhiata al post e ai suoi commenti, dove si parla di metagenomica e in generale dei problemi derivati dalle tecniche di sequenziamento di massa.

La metagenomica essenzialmente é una tecnologia che prevede analizzare contemporaneamente il genoma di tutti i micro-organismi presenti un in particolare ambiente, alla ricerca di nuove specie o per creare un profilo: forse avete sentito dell‘idea di Craig Venter di affittare uno Yacht e mandarlo in crociera nei mari tropicali per trovare nuove specie di microrganismi brevettabili. (beati a quei ricercatori)

Il concetto alla base di questa tecnica é quello di andare in un particolare ecosistema, come uno stagno o un mare, prendere un campione, e sequenziare tutti i genomi che vi si trovano dentro, in genere tramite una tecnologia di sequenziamento a shot-gun, la stessa utilizzata da Venter per sequenziare il genoma umano nel secolo scorso.
E’ una cosa revoluzionaria perché permette di avere informazioni sulle specie che popolano un ambiente senza doverle osservare o far crescere in laboratorio: infatti, fino ad adesso, il numero di microrganismi che noi siamo in grado di studiare e che siamo capaci di coltivare in vitro é molto limitato rispetto al numero di specie esistenti, e credo che non esista ancora un mezzo di cultura efficace per far crescere organismi marini.

Ma si tratta di una tecnica molto recente e della quale non si conoscono ancora limiti e problematiche.
L’esempio portato nell’articolo é significativo.. c’é sempre il rischio che qualcuno dei campioni raccolti venga contaminato, e non sempre é facile accorgersene.
Un altro problema evidenziato dai commenti é che effettivamente é difficile capire cosa fare di tutti i dati provenienti da un esperimento di questo tipo: il sequenziamento shot-gun produce un numero elevato di sequenze di bassa qualità che devono essere riassemblate, e anche ammettendo di riuscire a ricostruire il genoma completo di alcuni organismi sconosciuti, non é immediato capire come questo venga trascritto e regolato e se contenga geni di particolare interesse, almeno per quello che é lo stato attuale delle nostre conoscenze sulla genomica.

Il problema di sapere cosa farsene di grande quantità di dati é il punto principale di tutta la bioinformatica: viviamo in un mondo in cui entro pochi anni sarà possibile sequenziare il genoma di un individuo in poche ore e in cui le banche dati scientifiche si riempiranno di dati in maniera esponenziale.

Questa notizia ha solo marginalmente a che fare con la biologia, ma sulla mailing list di openoffice si sta discutendo della possibilità di creare un repository di modelli per openoffice in italiano:

• http://www.mail-archive.com/utenti@it.openoffice.org/msg09608.html

l’idea é molto interessante ma per il momento é ancora in fase di organizzazione, e probabilmente le discussioni continueranno sul wiki dedicato.

Creare un repository di modelli liberamente utilizzabili, per chi non lo sapesse, vuol dire creare un sito in cui sia possibile scaricare (e condividere) template per documenti riutilizzabili da tutti e rilasciati secondo una licenza libera, come la Gnu-GPL o una Creative Commons.

Poi vi ricordo che openoffice é anche un prodotto modulare che supporta l’aggiunta di estensioni (come firefox), che potete trovare elencate qui. Ne esiste persino una per zotero, ma é ancora in via di sviluppo e non sono mai riuscito a farla funzionare .

I sequence logos sono un sistema inventato una decina di anni fa per rappresentare graficamente motivi e allineamenti di piccole sequenze di DNA o proteine; per esempio, potreste aver gia’ visto una figura del genere, che rappresenta i segnali di splicing piu’ conservati in uomo:

Posso confermare che questo tipo di rappresentazione torna molto utile in una varieta’ di situazioni in bioinformatica, dal dimostrare quali sono gli aminoacidi piu’ conservati in un dominio proteico, a quando si vogliono confrontare due motivi regolatori coinvoltiin un evento di regolazione o di trascrizione in due diversi organismi e capire quale e’ il piu’ conservato.

In questo post vi segnalo alcune delle risorse piu’ utili per creare e confrontare i vostri sequence logos.

Weblogo: creare un logo a partire da un set di sequenze

• http://weblogo.berkeley.edu/

Attualmente il mio strumento preferito per creare sequence logo e’ Weblogo, messo a disposizione dalla universita’ di Berkeley.

E’ molto semplice da usare: andate su questa pagina, inserite le vostre sequenze (tutte della stessa lunghezza) o uploadate un file, date un’occhiata a quali opzioni vi possano interessare, e avviate il programma.

In poco tempo vi ritroverete di fronte ad un logo come questo:

E’ un segnale presente in tutti i trascritti per indicare alla cellula di eseguire una particolare reazione (il capping) sul pre-mRNA, e si vede che le basi TGTGA e TCACANT sono conservate in alcune posizioni particolari e sono probabilmente implicate in qualche interazione importante per il riconoscimento.

TwoSampleLogo : Confronto tra due Sequence Logos simili

• http://www.twosamplelogo.org/examples.html

Puo’ essere molto utile confrontare due sequence logos: per esempio, potreste voler sapere in quali posizioni di un segnale di splicing differiscono due specie strettamente imparentate, per sapere se ci sono differenze interessanti.

Tanto per fare un esempio, nella mia tesi di specialistica abbiamo messo a confronto la conservazione dei segnali di splicing in due set di introni, quelli che avevano evidenze di intron retention (ehi, ma si capisce questa roba qua?), e quelli normali, e abbiamo visto che in alcuni casi la composizione cambiava significativamente.

Un esempio di confronto fra due sequence logo é questo:

nel quale vengono messe a confronto delle sequence in cui la Tyrosina (la Y in posizione centrale) viene fosforilata, con delle sequenze che contengono Tyrosina ma che non hanno evidenze sperimentali di fosforilazione.

Dal logo si vede chiaramente che le sequenze in cui la Tyrosina viene fosforilata contengono una sequenza consenso ricca di E a monte della Y, e che le Leucine potrebbero avere qualche ruolo nello sfavorire la fosforilazione (se non vi ricordate bene gli aminoacidi, come me, potreste dare un’occhiata a questo).

TAMO Framework: un modulo per Python per lavorare sui motivi e profili.

• http://fraenkel.mit.edu/TAMO/

Se programmate in Python (mi dispiace.. ma non mi intendo molto di librerie in Perl e Java, e C), potreste trovare molto utile questo framework scaricabile gratuitamente.

L’esempio piu’ semplice che potrei fare e’ quello della creazione di un motivo a partire da una sequenza; immaginate di avere a disposizione una lista di sequenze della stessa lunghezza: per creare un motivo che ne rappresenti il consensus, vi basta dare due righe di codice in python:

from TAMO.MotifTools import Motif
m = Motif([lista di sequenze])

e vi ritroverete con un oggetto python del quale potete stampare la matrice di frequenza/contenuto di informazione, e che potete utilizzare per cercarne occorrenze su altre sequenze e per confrontare con altri motivi (per maggiori informazioni, date un’occhiata al tutorial).

Se lo abilitate in fase di compilazione, potete usare TAMO per interrogare weblogo direttamente con un comando; e inoltre, potete realizzare la maggior parte delle cose che fa TwoSampleLogo, incluso applicare diversi criteri statistici per la comparazione dei due motivi, sebbene onestamente al momento non ho capito bene in che modo.

Anche sulla lista di BioPython si é discusso a proposito di aggiungere dei moduli per gestire motivi di sequenze: ma il fatto é che il framework TAMO, ad essere sinceri, é più che ben scritto e completo, e sarebbe più auspicabile che i due progetti si unissero piuttosto che creare del codice da capo.

Ora vi lascio con la stessa immagine degli scienziati che fanno gli stupidi per rappresentare un sequence logo con il loro corpo… il primo é una G degenerata, la seconda una A, e poi ci sono una T e una C un poco strana .

Avete intenzione di utilizzare il vostro blog per commentare un articolo scientifico appena pubblicato, per scambiare impressioni e commenti su di esso con altri ricercatori via Internet? Oppure, state cercando un blog che parli in maniera seria del vostro argomento di ricerca preferito, come microbiologia, bioinformatica o predizione dello splicing alternativo nei basidiomycota?

Se é così, quella di ‘Research Bloggin Icon‘ é una iniziativa che vi tornerà molto utile.

Come funziona? E’ molto semplice: ogni volta che scrivete un post a proposito di un articolo scientifico, in italiano o in inglese, ricordatevi di inserire l’icona mostrata qui sotto copiando questo codice e seguendo queste linee guida.

In questo modo, i vostri lettori saranno in grado di capire immediatamente che state scrivendo un post serio e interessante; e cosa piu’ importante, sara’ piu’ facile trovare il vostro post, cercando su technorati o su un altro motore di ricerca e filtrando tutti i post che contengono un link a quella immagine.

L’idea che gli autori di bpr3.org si sono messi in testa e’ proprio quella di creare una collezione di tutti i post scritti per commentare articoli scientifici pubblicati su riviste peer-reviewed, e sicuramente si tratta di una invenzione interessante.

Il servizio al momento e’ ancora in fase di sviluppo, e non e’ ancora possibile navigare la lista dei blog se non utilizzando appunto la ricerca via technorati: intanto pero’, il mio consiglio e’ quello di iscriversi ai feeds del loro sito, e dare un’occhiata ad alcuni dei blog che hanno gia’ risposto all’iniziativa, come quelli descritti qui.

Ci sono gia’ un po’ di post scritti in lingua spagnola… quindi mi raccomando, datevi da fare per passare parola e per dare qualche piccolo contributo dalla blogosfera italiana

L’altro giorno leggevo  un articolo su ossblog a proposito di refactoremycode.com, un ennesimo tool in stile web 2.0, in questo caso un servizio per aiutare i programmatori a ricevere feedback e commenti per migliorare il proprio codice.

Funziona così: se avete scritto uno programma o uno script del quale non siete convinti, e volete ricevere il giudizio di un programmatore più esperto, potete postare il codice su quel sito web 2.0 e sperare che qualcuno in gamba lo veda e vi dia dei suggerimenti, secondo lo spirito del free-software.

Si possono anche proporre pezzi di tutorial o template per aiutare gli altri a imparare, a me per esempio é piaciuto molto questo (un template che illustra come scrivere una classe e come usare pydoc, che io non ancora ho imparato).

Io credo che una idea del genere sarebbe molto comoda in bioinformatica, perché é un campo in cui ancora molta gente lavora con scripts e programmi corti e in cui ci sono molti biologi che cercano di imparare a programmare per conto proprio.
E’ qualcosa che si trova a metà strada tra un forum e una chat IRC o un progetto su sourceforge, e potrebbe essere molto utile, magari anche solo creandone una versione ristretta alla bioinformatica, o per utilizzarlo internamente ad un gruppo di ricerca in modo da aiutare i meno esperti a scrivere codice più correttamente.

Voi che ne pensate?
Buona notte!