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Nuova interfaccia di NCBI-Blast rilasciata domani!

Posted by dalloliogm su aprile 15, 2007

Dopo l’off-topic del messaggio precedente vi do’ una buona notizia: domani mattina quando ci sveglieremo, troveremo una nuova interfaccia web per ncbi-BLAST!

Dopo anni passati a sudare davanti alla vecchia interfaccia, finalmente i ricercatori del centro americano NCBI si sono decisi a progettarne una nuova, più intuitiva da usare e più in linea con le tecnologie attuali.

Per i profani che non lo conoscessero, blast é il programma più utilizzato nella storia della comunità scientifica, é l’equivalente di google per le sequenze nucleiche/proteiche.*

Vediamo qualche screenshot.
Innanzittutto, ecco le due versioni dell’home page del programma, a sinistra (la prima) c’è la versione vecchia:

ncbi-blast - vecchia homepage ncbi-blast - nuova homepage

Come vedete, la nuova é nettamente migliore e più chiara: i collegamenti alle varie varianti di blast (nucleotide, psi, etc..) sono indicati con caratteri più grandi e sono più leggibili; anche la selezione dei database da utilizzare é più intuitiva, ed inoltre la nuova home page é finalmente a tutto schermo, mentre la versione vecchia risale ad un epoca in cui la maggior parte dei browser giravano a risoluzioni di 800×640 (quanti ricordi! ;)) e i webmaster avevano la brutta abitudine di scrivere siti a dimensione fissa, usando delle tabelle.

Diamo un’occhiata anche alle interfaccie per lanciare il programma:

ncbi-blast - vecchio interfaccia ncbi-blast - nuova interfaccia interfaccia

anche in questo caso ci sono stati dei miglioramenti, soprattutto verso la leggibilità delle pagine.

Ma sono state aggiunte anche delle funzionalità utili rispetto alla versione precedente, per esempio ora vi é una interfaccia decente per gestire la history dei risultati e per salvare le proprie ricerche:

ncbi-blast - nuova interfaccia, con history dei risultati

Oltre a questo, vi sono delle modifiche anche a livello delle API, per quelli che lanciano Blast tramite BioPerl o BioPython, o in ogni caso tramite programmazione.

E’ da vedere se ci saranno problemi nel passaggio alla nuova versione: basicamente, tutti gli scripts che si basano sulle vecchie API andranno cambiati, e bisognerà capire quanto ci metterranno i vari progetti Bio* ad aggiornarsi (ricordo che BioPython, BioPerl e tutti i Bio* sono progetti opensource, quindi potete provare a dare una mano! ;)).
In ogni caso, sarà sempre possibile utilizzare l’interfaccia vecchia per evitare problemi.

I due link:
Interfaccia Vecchia
Interfaccia Nuova

Fonti di riferimento per questa notizia:

http://bioinformatics.org/forums/forum.php?forum_id=5232
http://nodalpoint.org/2007/04/02/new_blast_design_to_bereleased_on_april_16
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=3418 (post su molecularlab)

* Volevo dire: vi prometto che prossimamente preparerò una buona guida per spiegare cosa é blast, con tutte le sue versioni e i programmi alternativi/complementari.

3 Risposte to “Nuova interfaccia di NCBI-Blast rilasciata domani!”

  1. […] si risparmia tempo, si ha a disposizione codice sempre aggiornato (cosi’ se per esempio l’interfaccia di blast viene cambiata, qualcun altro si preoccupera’ di aggiornare il codice al posto vostro), si impara ad […]

  2. sasa said

    vorrei sapere mio padre e’ stato operato ad un adenoma ipofisario poi dopo l’operazione circa un mese dopo e stato rioperato d’urgenza x un ematoma celebrale ma dopo un mese e stato ancora rioperato sempre x un ematoma vorrei sapere se stato uno sbaglio dei dott durante il primo intervento o pure no.Grazie x la risp vi prego risp al piu’ presto.GRAZIE

  3. sasa said

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