Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Ti piace questo blog? Iscriviti ai suoi RSS Feeds!

Posted by dalloliogm su aprile 17, 2007

Bene,

con questo blog mi sono promesso di fare del mio meglio per migliorare la conoscenza delle tecnologie informatiche nel mondo della ricerca scientifica italiana!!😉

Io ho sempre avuto l’impressione che la maggior parte degli scienziati non siano molto capaci nei confronti dei mezzi informatici: per esempio, ci sono professori che a malapena sanno usare un computer, molto spesso si perde tempo a fare cose a mano solo perché si ha paura ad utilizzare metodi più tecnologici, e nemmeno nei corsi di biologia si insegnano le cose giuste, spesso si fa qualcosa di programmazione o sui tool più utilizzati come blast o ncbi, ma niente che abbia a che fare su come potrebbe essere usata Internet e su molte cose utili.

Poi arrivano le supernazionali come la Microsoft e amici ad approfittarsi della situazione😦.

rss_notification2.pngmugshot5.png

(suggerimento: continuate a leggere che dopo lo sproloquio c’è la parte interessante!😉

Ok la finisco qui di lamentarmi… lasciatemi solo dire che secondo me é un gran peccato, perché imparare a comunicare via Internet é una cosa per la quale vale la pena spendere tempo, e la comunicazione é importante nella comunità scientifica.

Tutto questo discorso per arrivare al punto: imparate ad usare i feed RSS se vi piace questo blog (o qualsiasi altro), per seguirlo più comodamente!!

Cosa sono i Feed RSS?

Gli Rss sono una tecnologia che é stata inventata affinché i gestori di un sito, di un blog, di un forum o di qualsiasi servizio su Internet potessero comunicare ai propri utenti ogni aggiornamento nei contenuti, in maniera automatica e senza obbligarli a controllare il sito manualmente.

Faccio un esempio: immaginate di voler seguire le notizie di una rivista qualsiasi, facciamo per esempio sciencedaily, oppure molecularlab in italiano così faccio un po’ di pubblicità ad Atreliu😉

A questo punto ci sono due possibilità:
– la prima é quella di controllare l’home page ogni giorno, oppure ogni ora, per controllare se ci sono cambiamenti;
– la seconda invece é che potete iscrivervi agli RSS Feeds del sito, e leggerli con un programma come firefox, liferea, google/reader, thunderbird, etc.. facendo in modo che vi appaia una finestra di notificazione sul desktop o qualcosa di simile ogni volta che vi sono nuove notizie.

Utilizzando gli RSS é possibile seguire un numero maggiore di siti, e non parlo solo di riviste e giornali, ma anche blog, aggiornamenti di programmi, mail, e anche articoli scientifici e upgrade di database e servizi per ricercatori (es.: nuove release di ensembl).

Come funzionano?

Fate caso ai siti che presentano questo simbolo:

48px-feed-iconsvg.png

da qualche parte nella loro homepage.
Se usate firefox o qualsivoglia browser moderno e navigate in un sito che offre feed, vi dovrebbe comparire questo simbolo anche sulla barra degli indirizzi, vicino al pulsante ‘vai’.
Cliccate su questo link e vi ritroverete in una pagina un po’ strana, con un aspetto differente a seconda del programma che state utilizzando per navigare.
A questo punto, potete seguire le istruzioni che vi ritroverete davanti oppure copiare ed incollare l’indirizzo della pagina dei feed in un qualsiasi programma che gestisca i feed: ve ne sono alcuni che funzionano su Internet, per esempio google/reader, oppure potete usare un client di posta come thunderbird, o ancora, un programma scritto appositamente allo scopo come liferea (quello che preferisco io).

Prossimamente, vi prometto una guida su come usare i feeds per trovare articoli e risorse scientifiche, che é un campo molto interessante e divertente😉.

Intanto, per approfondire potete vedere la presentazione che avevo postato qui.

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9 Risposte to “Ti piace questo blog? Iscriviti ai suoi RSS Feeds!”

  1. Edo said

    Ciao, scusa ma dall’immagine vedo che usi linux sul tuo pc: volevo chiederti se i vari programmi che potrei utilizzare in un corso di bioinformatica esistono anche per il pinguino (tieni conto che per me questa è una materia ancora oscura, si tratta solo di capire se posso eliminare windows dal mio portatile senza rimpianti). 🙂

  2. dalloliogm said

    @Edo: ciao!!
    Innanzitutto grazie per essere stata il primo a lasciare un commento in questo blog😉.

    Ti avviso che sono di parte, sono un linuxero convinto! }:-)
    Per quello che posso dire io, la bioinformatica vera si fa meglio con un sistema Unix pieno di programmi GNU, come Linux; anche se é possibile che qualche professore universitario si spinga a far utilizzare nel suo corso qualche programma windowsiano, giusto per dare l’impressione di fare delle lezioni più accessibili.

    Io utilizzo la distribuzione GNU/Debian e mi trovo molto bene con il parco di programmi bioinformatici inclusi nei repository standard, il che significa che ci sono un sacco di applicazioni di interesse scientifico che si possono installare semplicemente con un click, mentre su Windows ci starebbe da perdere la pazienza.

    Per esempio, i maggiori linguaggi di programmazione utilizzati in bioinf, come python e perl, e java, R, sono già installati di default in quasi tutte le distribuzioni: anche le librerie scritte dalla comunità bioinformatica per questi linguaggi, come bioperl, biopython e gli altri bio*, si installano e si aggiornano facilmente.

    I programmi di visualizzazione di strutture terziarie di proteine, come rasmol, pymol, cn3d, swissViewer (non é il mio campo e non me ne intendo molto) girano tutti su Linux.

    I software per mantenere bibliografie e utilizzare Internet, come per esempio firefox, o i vari jabref, pybliographic, etc.., abbondano in Linux; l’unica eccezione é Endnote, che però é un prodotto a pagamento e può essere superato utilizzando alcuni servizi disponibili su Internet, tipo Connotea o CiteUlike, o zotero di cui parlavo nell’altro post.

    Inoltre su Linux c’è una cosa che a Windows manca, che é la shell insieme con tutti i programmi GNU per gestire grandi quantità di file in formato testo, come grep e gawk, che ti assicuro sono molto utili perché capita spesso di avere a che fare con molti file di questo tipo.
    Pensa per esempio a grep, che con una riga di comando ti permette di identificare tutti i files contenenti una stringa, oppure alla possibilità di dare comandi ricorsivi.

    Potrei andare avanti a lungo.. se vuoi puoi chiedere sul (forum di molecularlab), che mi trovi anche lì.

    In ogni caso, la scelta di passare a Linux dipende soltanto da te, e io non voglio forzare nessuno.. se decidi di fare il salto, benvenuto😉

  3. Edo said

    @dalloliogm
    grazie per la risposta, comunque ho già Ubuntu felicemente installato sul mio portatile!!! Dalla tua risposta posso dedurre che posso seppellire definitivamente windows senza rimpianti dunque! Beh meglio così allora!!!

  4. dalloliogm said

    Hola!
    Beh allora, molto bene!
    Io pensavo di tenere questo blog come un punto per chiaccherare di tutte le cose che si possono fare di bioinformatica, con Linux.
    Quindi se hai qualche buon consiglio o suggerimento, o vuoi scrivere tu qualcosa, non esitare a mandarlo!
    Goditi il piallamento del sistema operativo!!😉

  5. maria said

    Salve,
    ho studiato filosofia e mi sono occupata di biotecnologie da un punto di vista filosofico-politico. Potresti suggerirmi della bibliografia a riguardo la bioinformatica? in particolare vorrei capire bene la metodologia di lavoro e le applicazioni attuali. Se conosci anche dei testi di taglio filosofico o studi etici, meglio ancora.
    grazie molte!

  6. dalloliogm said

    Ciao Maria,
    accidenti che bella domanda!

    Personalmente dovrei pensarci un po’: la bioinformatica é una scienza recente (anche se non troppo), e quindi di discussioni sugli aspetti correlati ad essa ce ne sono poche; però se ne potrebbero fare.

    Appena ho tempo proverò a risponderti in modo adeguato… nel frattempo, se vuoi un consiglio puoi rivolgerti a qualche forum (quello di molecularlab é sicuramente più visitato di questo blog), o all’altro blog di bioinformatica, bioinfusion.

    Se hai voglia di provare su un sito in inglese, puoi chiedere su nodalpoint (un circuito dove puoi trovare molti guru della bioinformatica) o su openwetware; o ancora, sul forum di protocolonline.

  7. dalloliogm said

    Ah e volevo dire che se continui a leggere questo blog vedrai delle discussioni interessanti.

    Io sono moderatore da un paio d’anni del forum di molecularlab e ho visto molte cose sulle quali varrebbe la pena di discutere – la rete é un punto di incontro importante per molta gente comune verso la scienza, e specie per quello che riguarda il campo medico, si può trovare di tutto, da persone confuse ai ciarlatani, a persone oneste che cercano di fare informazione.

  8. […] https://dalloliogm.wordpress.com/2007/04/17/vi-piace-questo-blog-iscrivetevi-ai-suoi-rss-feeds/#comme… […]

  9. domi84 said

    [quote]
    Prossimamente, vi prometto una guida su come usare i feeds per trovare articoli e risorse scientifiche, che é un campo molto interessante e divertente😉.
    [/quote]
    quando questo?!Sono ansioso…XD!!!

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