Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Utilizzare un blog come diario di laboratorio – 1

Posted by dalloliogm su aprile 18, 2007

Ultimamente mi sono fissato molto sulla domanda: come faccio a organizzare il lavoro per il progetto di ricerca che sto seguendo qui? Che programmi/strumenti posso utilizzare per tenere traccia di tutti gli articoli, i database, i protocolli che sto utilizzando?

Da qualche giorno sto provando ad utilizzare un blog, in particolare, ho installato wordpress sul mio portatile e lo sto usando in locale.

Non ho esperienza con gli altri template per blog però al momento wordpress mi sembra all’altezza.. é molto facile da installare e permette di scrivere delle pagine statiche (tipo quella ‘about’ in questo blog) che possono essere utili.

Per esempio, pensavo di creare delle pagine fisse per la descrizione del progetto e per i dataset utilizzati e poi usare il blog come scrathpage per scrivere le cose da riordinare dopo (tipo come nello screenshot qui in basso)

yeastsplicing1.png


nota bene: attenzione! quello che sto per scrivere adesso potrebbe spaventare coloro che hanno poca confidenza con il computer! Se volete provare ad utilizzare un blog per seguire il vostro progetto di ricerca potete iscrivervi qui su wordpress, é gratuito ma non é altrettanto divertente come avere un blog sul proprio computer ;)!

Come si installa wordpress sul proprio computer?

Io ho fatto così su Debian:

– il software wordpress e tutto ciò che é necessario si trovano già nei repo ufficiali, quindi basta dare da linea di comando:
sudo apt-get install wordpress apache2 mysql
oppure utilizzare synaptic o qualche altro software grafico.

– così il sistema operativo avrà installato una copia (non attiva) del codice di wordpress nella cartella /usr/share/wordpress (date un’occhiata anche su /usr/share/doc/wordpress) e avrà installato e fatto partire apache e mysql.
Se non volete che apache e mysql partano ad ogni avvio del computer dovete toglierli dall’avvio automatico, per fare questo vi consiglio di usare il programma bum (apt-get install bum).

– configurate il database mysql in modo da aggiungere un utente e un database per il blog.
Per aiutarvi in questo, vi consiglio di utilizzare il software mysql-admin (sempre da apt).
I parametri di accesso di default di un database mysql appena installato sono root/root.

– copiate la cartella /usr/share/wordpress all’interno di /var/www/apache2-default:
cp -r /usr/share/wordpress /var/www/apache2-default
(io a dire la verità, preferisco utilizzare la direttiva user_dir in modo da avere i files nella mia home personale)

– copiate il file di configurazione wp-config-sample.php in wp-config.php e modificatelo all’interno, per aggiungere l’username e la password del database che avete creato.

– a questo punto vi basta aprire un browser (tipo firefox) e andare all’indirizzo http://localhost/wordpress e seguire un paio di istruzioni, in pochi secondi vi ritroverete con il vostro bel blog in locale!

Vi prometto che proverò a tenere questo blog come esperimento e vi terrò informati sui risultati.
ciao!

7 Risposte to “Utilizzare un blog come diario di laboratorio – 1”

  1. Ciao Giovanni,

    Mi piace il tuo blog di bioinformatica. Penso che un blog per diem di laboratorio è molta utile. Anche wordpress è facile usare e installare.

  2. dalloliogm said

    Hi!
    Thank you very much for the congratulations about the blog!!😉

    I often read yours, bioinformaticszen, and I’m very happy to receive a comment from you.
    I’m sure I will link some of your posts in this blog some day, since they are very interesting😉.

    p.s.: congratulations for your italian😉

    Grazie mille per i complimenti per il blog!!

    Leggo spesso il tuo, bioinformaticszen, e sono molto onorato di ricevere un tuo commento!
    Sono sicuro che prima o poi recensirò qualcuno dei tuoi post su questo blog, perché sono molto interessanti!

    Complimenti per il tuo italiano, non sapevo che lo parlassi!😉

    ciao!

  3. fuliggians said

    ciao,
    io mi son chiesto la stessa cosa tempo fa, e ho optato felicemente per moinmoin desktop version.
    Funziona molto bene come diario di laboratorio. Invece di usare pagine statiche e blog, uso una struttura wiki che mi permette di nidificare molto velocemente i contenuti.

    Dario

  4. dalloliogm said

    Hola!
    Non so se ti ricordi, ci siamo sentiti sul forum di molecularlab!

    Diciamo che per adesso sto facendo un po’ di esperimenti: al momento, vado avanti utilizzando un blog basato su wordpress per tenere conto delle attivita’ giornaliere, ed un wiki basato su pmwiki per tutto il resto.

    Effettivamente il supporto di un wiki e’ essenziale: per definire i formati, tenere traccia dei risultati, stabilire quali dataset utilizzare, etc.
    Pero’ da parte sua un blog e’ piu’ immediato da utilizzare, si integra piu’ facilmente con altri siti simili, ed e’ piu’ simile nella struttura ad un diario di laboratorio, cosi’ puoi vedere piu’ chiaramente cosa hai fatto in ogni giorno del tuo esperimento e vedere dove avresti potuto commettere degli eventuali errori.

    In ogni caso credo che sia un buon periodo per fare esperimenti di questo tipo, visto che in molti blog e siti specializzati in bioinformatica se ne parla, e che stanno uscendo delle nuove tecnologie veramente interessanti.

    Quindi niente… io provo a commentare su questo sito come va con questo sistema, giusto per non perdermi da solo: se ci fossero problemi avro’ sempre tempo per cambiare😉.

    Grazie per il contributo! Ciao!

  5. dalloliogm said

    p.s. – piccola nota: forse ti potrebbe interessare questo post: http://www.bioinformaticszen.com/2007/04/use-a-hyperlinked-document-as-a-bioinformatics-lab-book/

  6. fuliggians said

    grazie, ho proverò istiki giusto per curiosità. Grazie della dritta.
    Comunque hai ragione che con il sistema blog si tiene bene memoria di cosa si fa giorno per giorno
    ciaoooo

  7. […] Recenti fuliggians su Utilizzare un blog come diario di laboratorio – 1dalloliogm su Utilizzare un blog come diario di laboratorio – 1dalloliogm su Utilizzare un blog come […]

Sorry, the comment form is closed at this time.

 
%d blogger cliccano Mi Piace per questo: