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Emboss impacchettato in Debian! E Biopython/Bioperl in Fedora!

Posted by dalloliogm su aprile 26, 2007

Ieri sera é stato aggiunto ai repository di Debian/Experimental un pacchetto che molti aspettavano da tempo, Emboss 4.1:

Emboss é una suite di programmi da terminale per bioinformatici mantenuti dall’EBI, l’Istituto Europeo di Bioinformatica.
Maggiori dettagli su di esso li potete trovare qui:

I programmi di emboss permettono di realizzare diverse operazioni di analisi al volo, dal calcolare il filamento complementare di una sequenza fino a plottare il suo contenuto in GC, dal farne predizioni sulla struttura secondaria fino al lanciarne allineamenti singoli o multipli, tutto da linea di comando.
E’ probabile che abbiate utilizzato qualcuno dei programmi di emboss senza accorgervene, perché si trova alla base di vari servizi a interfaccia web per l’analisi di sequenze ben quotati su google:

Così se qualche volta avete cercato su Internet un programma per ‘tradurre una sequenza in proteina’ o per calcolare primers é possibile che vi siate imbattuti su di lui.

Un’altra notizia che viene dalla corrispondente mailing list é quella di un’uscita di alcuni pacchetti per Fedora per biopython e bioperl (continua)

L’annuncio della notizia lo potete trovare qui:

Biopython e Bioperl sono due progetti per creare delle librerie (degli scripts e dei moduli riutilizzabili facilmente) per bioinformatici, in questi due linguaggi che sono tra i più utilizzati nel nostro campo di ricerca.

I vantaggi di utilizzare delle librerie standard scritte da altri invece che scriversele per proprio conto sono parecchi: per esempio, si risparmia tempo, si ha a disposizione codice sempre aggiornato (cosi’ se per esempio l’interfaccia di blast viene cambiata, qualcun altro si preoccupera’ di aggiornare il codice al posto vostro), si impara ad utilizzare la documentazione e a leggere i programmi degli altri, e si impara a migliorare il proprio codice confrontandosi con lo stile di programmazione di persone più esperte.

Il problema é che mentre lo stato di sviluppo di Bioperl é abbastanza avanzato (un po’ come CPAN), quello di biopython é più indietro, forse a causa di un minore numero di utilizzatori e di una comunità un po’ meno vivace.
In ogni caso, si tratta sempre di progetti sviluppati secondo un modello di sviluppo aperto, ognuno é libero di partecipare… l’unica cosa che si rischia é di imparare qualcosa!😉

Ci sarebbe anche da discutere su quale sia la migliore distribuzione per un bioinformatico. Mentre Fedora é più diffusa nei laboratori grazie anche alla sponsorizzazione di Red Hat, Debian si difende e gode dell’aiuto di Ubuntu.
A mio parere non ci sono motivi per preferire l’una o l’altra per fare bioinformatica: l’uscita di questi due pacchetti, visto che emboss mancava sotto forma di .deb e biopython e bioperl sono già impacchettati per Debian, é un bel passo per migliorare le cose, ed eliminerà qualche impiccio per i principianti che si avvicinano a GNU/Linux😉.

3 Risposte to “Emboss impacchettato in Debian! E Biopython/Bioperl in Fedora!”

  1. kOoLiNuS said

    grazie per i link …. tu normalmente li utilizzi ? su quale piattaforma software ?

    io sto valutando una implementazione su CentOS, release 5 … anche se ho visto che gran parte della comunità scientifica è “ferma” sulla release 4.* di RedHat e derivate …

  2. dalloliogm said

    Ciao!
    Complimenti per il blog, credo che faro’ qualcuno di quei test!🙂

    Per quello che mi riguarda io uso sia emboss che biopython abbastanza frequentemente, su una Ubuntu Gutsy, e fino a poco tempo fa lo facevo su una debian sid.
    non ti so dire molto su CentOS perche’ e’ tanto tempo che non uso distro basate su rpm.. puoi chiedere su openbiosource se qualcuno sa qualcosa in piu’.

    Nell’istituto dove lavoro utilizziamo fedora, ma la versione di emboss installata e’ veramente vecchia..

    Per biopython ti consiglio di scaricare da cvs, perche’ e’ da poco uscita la versione 1.44 e credo che i pacchetti non siano ancora pronti.

    Leggi anche qua:
    https://dalloliogm.wordpress.com/2007/10/17/emboss-in-ubuntu-etch-ancora-un-po/
    http://filippom.altervista.org/blog/2007/10/linux-e-la-ricercaquale-distro-parte-2.html

  3. kOoLiNuS said

    si, ora mi sto spulciando piano piano i vari post😀

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