Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Ampliato Harvester!

Posted by dalloliogm su aprile 27, 2007

Harvester e’ un motore di ricerca per trovare informazioni su geni, che permette di interrogare con una sola ricerca diversi database di annotazione, come Entrez Gene o OMIM, UNIPROT o STRING.
Con harvester, con una singola ricerca, potete scoprire quali proteine interagiscono con un vostro gene di interesse, se questo e’ collegato a malattie ereditarie o SNPs, il suo livello di espressione in vari tessuti, e altre cose.

harvester1.png

(Immagine tratta dal wiki di harvester)

Per essere piu’ precisi Harvester e’ un meta-motore di ricerca (metacrawler), ovvero un motore che, invece di eseguire le ricerche su un proprio database, interroga altri motori di ricerca e fornisce all’utente un riepilogo dei migliori risultati trovati.

Un po’ come dogpile o clusty (e giustamente, anche metacrawler) che permettono di lanciare contemporaneamente la stessa ricerca su google yahoo e amici, oppure come medlineplus.gov che raccoglie informazioni da diverse enciclopedie mediche e risorse per la salute in inglese; o come entrez per i database dell’NCBI.
Le tecnologie che stanno dietro ai meta-motori di ricerca sono molto interessanti perche’ utilizzano tecniche di intelligenza artificiale tutt’altro che banali: per esempio clusty, il mio preferito, e’ capace di organizzare automaticamente diverse pagine web in gruppi (cluster) in base alle parole chiave piu’ importanti per ognuna, senza bisogno di un intervento manuale da parte di utenti o amministratori (clusterizzazione non supervisionata).

(continua)

Harvester permette anche di interrogare iHOP, un servizio creato dal gruppo di Alfonso Valencia che consente di effettuare ricerche tramite data-mining su articoli scientifici (es. dato un gene, vedere in quali articoli si dice ‘questo gene interagisce con quest’altro’, etc.., fino a costruire cose fantascientifiche come mappe di interazioni e simili).

Harvester e’ stato recentemente spostato dal suo vecchio indirizzo su EMBL ad uno nuovo presso l’Universita’ di Karlsrhue (ci sono stato!), dove viene sviluppato.
Spero che questo spostamento non sia un brutto segno (non capisco perche’ lo stiano togliendo dall’EMBL), ma la novita’ importante e’ che nel frattempo sono state aggiunte due nuove specie, Arabidopsis e Zebrafish, mentre prima erano disponibili solo uomo, topo e ratto.

Una Risposta to “Ampliato Harvester!”

  1. […] l’acqua? Vita dei contadini cinesi. Tra quelli seri, invece mi e’ dispiaciuto che il topic su harvester non abbia avuto molto successo (avrei dovuto mettere piu’ […]

Sorry, the comment form is closed at this time.

 
%d blogger cliccano Mi Piace per questo: