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Come creare un link ad una ricerca su NCBI – Entrez

Posted by dalloliogm su maggio 7, 2007

A volte vi potrebbe capitare di avere la necessita’ di linkare una ricerca eseguita sui database dell’NCBI, e di non riuscire a farlo.

Per esempio, immaginate di aver cercato tutte le sequenze proteiche correlate al gene COX2 nell’uomo: quando provate a crearvi un bookmark alla pagina dei risultati per ritrovarla piu’ tardi, vi rendete conto di non riuscirci, il preferito che viene creato non mantiene traccia della ricerca e quando ci cliccate sopra vi ritrovate alla pagina principale di NCBI con un form di ricerca vuoto.

Per fortuna la soluzione al problema e’ molto semplice: ci si puo’ arrangiare in pochi passaggi.

  • Innanzitutto, andate sul database che vi interessa, per esempio NCBI-Nucleotide;
  • Eseguite la vostra ricerca normalmente: per esempio, scrivete ‘cox2[GENE NAME] AND human[ORGANISM]’
  • A questo punto, selezionate l’url della pagina in cui vi trovate: dovrebbe essere qualcosa del tipo ‘http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=nucleotide’
  • Alla fine dell’url aggiungete questa stringa: ‘&term=’ , e subito dopo, copiate-incollate i termini della vostra ricerca:

URL del Database su NCBI + &term= + TERMINI di RICERCA = URL

=> esempio:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=nucleotide + &term= + cox2[GENE NAME] AND human[ORGANISM] = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=nucleotide&term=cox2[GENE NAME] AND human[ORGANISM] (database nucleotide)

  • Tutto qui: avete convertito la vostra richiesta su NCBI dal metodo POST a quello GET, e come tale siete in grado di linkare la ricerca facilmente.
(continua a leggere il post per la spiegazione tecnica) (coraggio che non é molto lunga!😉 )

Perche’ avviene questo? La spiegazione tecnica non e’ molto complessa, ma richiede un minimo di conoscenze su come funziona una richiesta HTTP: in breve, quando su una pagina web si esegue una ricerca (es.: su google, su entrez, o su qualsiasi form che possa essere compilato) esistono due metodi per passare ad una pagina web i valori del form che avete riempito: il metodo GET e quello POST.

Quando un motore utilizza il metodo GET per passare i parametri ve ne rendete conto perche’ li potete osservare dall’url della pagina; per esempio, leggete con attenzione questa ricerca con google:

Questa ricerca e’ composta da due parametri, hl (lingua dell’interfaccia) e q (termini ricercati).

NCBI invece utilizza il metodo POST per alcuni dei parametri delle ricerche, e questo rende scomodo creare degli url ai risultati di una ricerca.

Piu’ in generale potete notare che per creare il link ad una ricerca basta scrivere:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB= + DATABASE + &term= + TERMINI di RICERCA = URL

Non so bene perche’ Entrez utilizzi questo sistema (nel quale alcuni parametri, come ‘search’ e il nome del database, sono passati con un metodo e gli altri con POST), ma credo che si tratti di un problema temporaneo o di una dimenticanza dei programmatori, tanto piu’ che come state vedendo da questa guida le ricerche funzionano anche con il metodo GET.

In ogni caso, anche se il problema dovesse essere risolto prossimamente, la capacita’ di scrivere url di ricerca su database al volo e’ sempre una cosa utile se vi capita di eseguire ricerche frequentemente: specie se vi capita di scrivere programmi utilizzino ricerche su Internet o se avete voglia di caricare una pagina in meno :=).

Referenze:

2 Risposte to “Come creare un link ad una ricerca su NCBI – Entrez”

  1. Idetrorce said

    very interesting, but I don’t agree with you
    Idetrorce

  2. dalloliogm said

    Hi!
    well, can you please explain why you disagree?

    I wrote this post a few months ago, but it doesn’t look like the syntax has changed, at least for pubmed and nucleotide.

Sorry, the comment form is closed at this time.

 
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