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Un esperimento di Psicologia sui Bioinformatici e i Workflow – cercasi cavie

Posted by dalloliogm su maggio 11, 2007

myExperiment e’ un progetto opensource che si propone di creare un ambiente in cui ricercatori e bioinformatici possano facilmente scambiarsi workflows e dettagli su come condurre esperimenti, un po’ nello stile di mySpace (?), e di molti altri servizi web 2.0.

Il passo piu’ importante per creare un servizio del genere e’ quello di avere un linguaggio comune per descrivere gli esperimenti, graficamente o testualmente.

Per esempio, vi e’ mai capitato di progettare il vostro lavoro su carta prima di cominciare a metterci le mani sopra?
E nel caso lo abbiate fatto, che cosa avete scritto esattamente? Avete usato dei diagrammi per rappresentare le varie fasi, o semplicemente una lista di tutti i punti da eseguire cronologicamente? Siete stati molto sintetici nel descrivere ogni passo oppure prolissi? Avete usato dei colori o dei disegni con delle forme ben definite, come parallelogrammi o rombi per le domande, rettangoli verdi per i passaggi di controllo, o meno?

Senza divulgarmi troppo sull’argomento (sul quale mi piacerebbe dedicare un post a parte), volevo segnalarvi che l’altro giorno mi e’ arrivata via mail una proposta per partecipare ad un piccolo esperimento per il network myExperiment riguardo alle convenzioni che si potrebbero utilizzare per modellare workflow bioinformatici (continua a leggere il seguito del post per i dettagli; se sei veramente interessato, la scadenza per partecipare e’ vicina).

esearch1png.png
(un workflow per rappresentare una ricerca con le eUtilities di Entrez, creato con Taverna)

La mail che mi e’ arrivata recita cosi’:

[….] Also for myExperiment, we are currently trying
to understand how bioinformaticians discover and re-use workflows. We have
designed a number of exercises to help find this out, based on workflows
created by twelve authors [3]. The exercises involve combining workflows
based on their diagram and curated information. Maybe you could help out.
Participants would need to: (i) edit workflows by drawing circles and arrows
and (ii) understand bioinformatics workflow diagrams, e.g.
http://www.cs.man.ac.uk/~goderisa/example.pdf

Given the results from a pilot study, the exercise should take about two and
a half hours in total. To keep the overview, workflow combinations are laid
out on A1-sized posters. We are sending people a big tube containing the
posters (including return postage) around the middle of May. Afterwards, we
will give acknowledgments and let people know how they compare to the other
participants.

Hope you can help. Many thanks,

Quindi si tratta di inviare una mail per confermare l’adesione, e nel giro di qualche settimana vi arrivera’ a casa un tubo con dei posters contenenti degli esercizi.
Tutta la procedura vi dovrebbe prendere circa 2 ore e mezza, e consiste nel cercare di capire il funzionamento di alcuni workflows preparati da altri e forse disegnarne alcuni anche voi.

A dire la verita’ non ho idea di come fare per farvi partecipare.. non ho chiesto l’autorizzazione per postare l’indirizzo mail dal quale mi e’ arrivata questa proposta e non trovo una pagina di riferimento sul loro portale… se pero’ vi interessa sul serio, potete contattarmi via mail (dalloliogm at gmail punto com) o lasciare un commento qui, e inoltrero’ il vostro messaggio.

Hasta pronto!

Una Risposta to “Un esperimento di Psicologia sui Bioinformatici e i Workflow – cercasi cavie”

  1. Federica said

    Salve,
    mi scusi se la disturbo ma sono una studentessa di Biological Sciences di un paese vicino Macerata. Stiamo studiando i workflows in taverna e il nostro professore ci fa fare un workflow per gruppi.Il problema è che ce l’ha spiegato due volte in tutto e sinceramente non abbiamo molto ben capito come si usa e come si costruisce. Per di più dobbiamo eseguire i services:remap,plotorf e sixpack.Guardi per noi è arabo. Mi può aiutare? Grazie

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