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I genome browser attuali fanno schifo!!

Posted by dalloliogm su maggio 15, 2007

Il modo in cui rappresentiamo i dati genomici e proteomici sul web fa schifo!

Non sono io a dirlo: infatti, questa frase é la traduzione del titolo di un articolo pubblicato su Nascent, uno dei prestigiosi blog professionali gestiti dal gruppo di Nature:

Dite la verita’, ma chi di voi, dopo aver visto per la prima volta l’interfaccia di un genome-browser come quello di ucsc, non ha esclamato ‘che?’

ucsc_schifo1.png

E dire che il genome browser dell’UCSC, imparando ad usarlo correttamente, é uno strumento completo, e permette di integrare annotazioni personalizzate, numerosi algoritmi di predizione, e un’infinità di informazioni su una stessa pagina.

L’unica cosa che non si capisce é perché UCSC debba avere questo aspetto così brutto, con una interfaccia che non é nemmeno a tutto schermo, e con font sgranati: queste sono le cose che spaventano la gente comune dalla bioinformatica (continua….)


(una sistema di rappresentazione alternativo per descrivere il motivo ‘GATC’🙂
Chissa’ se i genome-browser del futuro saranno cosi’?
La foto e’ tratta dall’articolo originale nel quale sono stati presentati i sequence logo, nel 1998)

(continua)

L’autore del post segnalato fa delle riflessioni molto semplici ma decisamente importanti:

  • esistono metafore migliori per rappresentare un genoma rispetto al sistema di rettangoloni utilizzato attualmente?

Lavorando nel campo dello splicing alternativo, mi é capitato di vedere un paio di rappresentazioni più gradevoli per rappresentare le varie isoforme di splicing:

alternative_splicing_gallery1.png splicing_graph_modules.png

Questi sono già meglio.. credo che già prestare una migliore cura nella rappresentazione, per esempio utilizzando colori differenti o box più grandi e delle immagini a tutto schermo, possano essere un buon passo in avanti.

Altra domanda é:

  • perché é tutto statico? perché per ogni cambiamento devo ricaricare la pagina? Non sarebbe meglio qualcosa di dinamico, in cui poter spostare cromosomi, aprire annotazioni, aggiungere note, senza dover ricaricare?

ed effettivamente, come dice sempre l’autore dell’articolo, un buon programmatore AJAX potrebbe tirare fuori un genome-browser da brivido con poca fatica.

Un esempio di sforzo in questo caso é il prototipo del nuovo GBrowse (http://genome.biowiki.org/gbrowse/yeast_chr1/prototype_gbrowse.html), un programma opensource che, non so se avete usato, ma viene impiegato da risorse come fungalgenome.org per fornire un browser con una interfaccia abbastanza semplice da utilizzare, seppure scomoda.
Ma si tratta solo di un prototipo, nemmeno attivamente sviluppato a quanto sembra.

Questo é uno degli aspetti che meno mi piace della bioinformatica: spesso si rimane incollati a tecnologie e sistemi vecchi, e molta programmazione é effettuata in maniera scombinata e difficile da aggiornare.

Fortuna che, se esistono post come questo su Nature-Blogs, vuol dire che qualcuno ci pensa a questi problemi.

Un saluto a tutti, credo di postare qualcosa di nuovo entro 3-4 giorni!

2 Risposte to “I genome browser attuali fanno schifo!!”

  1. dalloliogm said

    (scusate ho cambiato il titolo di questo post dopo averlo caricato: non lo faccio piu’🙂 )

  2. Semplice, perche’ mettere in AJAX un genome browser (se non ricordo male l’originale e’ scritto in Perl…) non da’ luogo a pubblicazioni di alcun tipo. E con l’ottica del “publish or perish” questo significa che molte cose di questo tipo vengano ignorate.

    Potrei lanciarmi in una filippica su quanto molto software bioinformatico in generale faccia schifo, ma e’ un’altra storia…

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