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Reactome e Kegg/Pathways

Posted by dalloliogm su maggio 19, 2007

Ad un ricercatore può essere utile avere a disposizione un buon diagramma che illustri con cura i passaggi di un metabolismo o di una reazione biochimica complessa, per studiarla o per mettere a punto un progetto di ricerca.

Che io sappia, esistono almeno due database sui quali é possibile trovare diagrammi del genere: KEGG Pathways (dall’istituto di bioinformatica giapponese), e Reactome (dall’EBI).

I due siti adottano approcci leggeremente differenti. Innanzitutto guardate queste due figure:

keggpathways_tca1.gifreactome_tca1.png
(il ciclo del TCA visto su Kegg-pathways (sinistra) e Reactome (destra))

Il database KEGG-Pathways annota informazioni relative a diversi pathways e le rappresenta tramite diagrammi come quello che vedete nella prima immagine, rispettando un sistema di rappresentazione ben definito (vedi il loro help).

Anche il progetto Reactome di EBI annota informazioni relative a pathways, ma lo fa in maniera più discorsiva e senza un sistema di illustrazione pre-definito.

I due database hanno una copertura di reazioni annotate più o meno equivalente, anche se reactome ha un target più generico (per esempio, il ciclo di vita del virus HIV, la fotosintesi, etc..), mentre KEGG é rivolto a spiegare i passaggi delle reazioni biochimiche vere e proprie.

2 Risposte to “Reactome e Kegg/Pathways”

  1. Al di la’ dell’interesse specifico che uno puo’ avere per determinati pathway, l’uso di questi DB torna estremamente utile se si lavora con dati di microarray di espressione(come il sottoscritto). come Manoli e collaboratori hanno mostrato l’uso di test di gruppo su pathway con algoritmi piu’ svariati come il test di Fisher o la GSEA risulta piu’ efficace che non confrontare i dati di geni differenzialmente espressi, che variano anche molto considerando i metodi di analisi.

    Inoltre esistono fior di programmi per misurare l’arricchimento in pathway di una data lista di geni confrontata con un dato background.

  2. dalloliogm said

    Gia’, infatti si possono fare un sacco di cose ganze con questi database!

    L’idea di postare questo articolo mi e’ venuta proprio dopo aver assistito il seminario di questo tizio: http://www.lsi.upc.es/~valiente/, che proponeva di un metodo matematico per studiare come cambiare alcune vie metaboliche partendo dal materiale disponibile su Kegg-pathways.

    Grazie per l’articolo, mi piacciono le robe piene di matematica astrusa!🙂

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