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Piano di studi bioinformatici

Posted by dalloliogm su luglio 12, 2007

In questo post indicherò tutti gli argomenti che mi piacerebbe approfondire per migliorare le mie capacità di bioinformatico🙂

Esistono diversi corsi per studiare bioinformatica: master, lauree specialistiche, triennali, dottorati; ma nonostante tutto non si esce mai dall’Universita’ completamente preparati e bisogna essere capaci di studiare e di approfondire altri argomenti al di fuori del corso di studi.

Magari se siete anche voi studenti bioinformatici o aspiranti tali, questo post vi potrà dare un’idea di cosa rimane da studiare dopo una specialistica. Si tratta di un programma molto personale, perché ogni individuo ha un suo percorso differente, e io in particolare mi concentro molto sulla programmazione in python e sull’uso di banche dati, mentre é possibilissimo essere bioinformatici senza dover saper programmare o in altri modi differenti.


(ecco il mio piano di studi per diventare un super-bioinformatico… per poi conquistare il mondo… per poi poter ridere ogni giorno così: BUWAHAHAHAAHAHAHA!!!!!)

Ecco il mio piano di studi:

  • mi serve urgentemente qualche linguaggio come UML o Scufl per descrivere i vari passaggi dei miei progetti di ricerca, dai protocolli che utilizzo, alla documentazione dei formati che uso, ai programmi che scrivo, alle risorse alle quali faccio riferimento su Internet (database, tools..).
    Conosco già dei sistemi che si avvicinano a questo, in particolare la piattaforma di myExperiment.org dalla quale viene taverna, e altre che si trovano su Internet.
    Ma questi sistemi non sono facili da utilizzare, e necessitano un po’ di studio… purtroppo si tratta di cose ancora poco diffuse nella comunità scientifica ed e’ difficile sia trovare documentazione che buoni seminari o tutorial che insegnino ad utilizzarli velocemente.
  • Devo migliorare la mia capacita’ di programmare con oggetti.
    Per questo mi sto avvicinando all’UML e al momento mi trovo abbastanza a mio agio in python, riesco a organizzare i miei dati in oggetti e moduli abbastanza facilmente; pero’ mi manca ancora una buona esperienza e un buon confronto con programmatori più esperti.. spero di poter imparare abbastanza iniziando ad utilizzare l’UML e i moduli di BioPython come Seq e SeqRecord.
  • per python, vorrei imparare ad utilizzare il modulo epydoc e a saper scrivere le stringhe di documentazione correttamente. Sono curioso anche verso un programma, pylint, che serve per giudicare lo stile di formattazione di uno script.
  • Unita’ di Test: insieme con la buona documentazione, devo ancora prendere confidenza con le unita’ di test per controllare la correttezza dei miei programmi, e per poter essere sicuro di scrivere delle cose riutilizzabili.
  • BioPython: ormai lo utilizzo da un po’ di tempo e ho capito come funzionano le classi più importanti… però mi piacerebbe capire meglio come funzionano le features di Bio.Seq (sto mandando avanti delle discussioni su altre ML..), e mi piacerebbe iniziare a partecipare alla scrittura di qualche modulo.
  • Mi manca ancora una buona manualita’ di statistica: i corsi seguiti all’Universita’ mi sono stati molto utili e mi hanno fatto capire cosa e’ un modello di markov, e come si approssimino dei dati tramite interpolazione e metodi dei minini quadrati.
    Ma non ho ancora un livello di indipendenza statistica.. non sarei in grado di scegliere i test migliori per i dati con cui lavoro (a parte i test piu’ comuni), e non capisco ancora correttamente un articolo con troppa statistica😦
  • Systems Biology: mi piacerebbe capire perlomeno di cosa si tratta😦. Ho sentito parlare di teorie pi-greco e altri nomi curiosi.. mah :9
    In ogni caso le idee alla base della systems biology, ossia di descrivere tramite equazioni e modelli fenomeni biologici come la reazione di un organismo ad un farmaco oppure il movimento di un batterio, mi piacciono molto.
  • Gestire un database di letteratura scientifica: al momento sto provando ad usare Connotea (insieme ad altri membri del mio lab), e zotero, per gestire le mie collezioni di articoli scientifici.
    Però nessuno di questi sistemi é perfetto..
  • Wiki e Blog: mi piacerebbe imparare ad utilizzare almeno la sintassi di MediaWiki o similare per tenere traccia dei miei dati su un wiki.
  • Intelligenza artificiale: più che altro per sfizio, mi piacerebbe sapere qualcosa di più sui sistemi di analisi della letteratura automatici e sulle teorie sul linguaggio naturale. O magari capire se le possa utilizzare per il mio lavoro sullo splicing alternativo nei funghi..
  • Comunita’ di OpenScience: mi piacerebbe capire meglio come funzionano UsefulChem e SynapticLeap, frequentare di più openwetware (chi ha tempo..), e sapere se esistono altre comunità del genere.
  • [edit] imparare ad usare CVS o subversion o qualche software simile;
  • [edit] imparare ad utilizzare i database oltre che i flat files, come discusso in questo topic su nodalpoint: http://www.nodalpoint.org/2007/05/02/database_or_flat_text_file

Che mi sono dimenticato? Se non capite qualcosa don’t worry, spiegherò tutto meglio nei topic successivi.

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