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Cambiano le specificazioni del formato PDB, a partire da domani (1 agosto)

Posted by dalloliogm su luglio 31, 2007

Attenzione a tutti i colleghi bioinformatici strutturali: ho appena appreso dal mio blog gemello spagnolo (su questo post) che a partire da domani verrà lanciata una nuova versione del formato PDB, quello utilizzato dalle banche dati wwPDB e RCSB per descrivere la struttura di una molecola ottenuta tramite cristallografia o predizione.

La notizia è importanteda segnalare perchè alcuni di questi cambiamenti non saranno compatibili con le versioni precedenti del formato.
Questo vuol dire che vi potrebbe capitare di non poter essere in grado di leggere correttamente i nuovi files con i software attuali, finchè questi non si adegueranno e voi non li aggiornerete (già mi immagino i casini nelle sale studio).


(il formato .pdb è quello che puó essere letto da programmi come rasmol o pymol
per dare queste belle rappresentazioni strutturali di proteine in 3D)

Per fortuna, dando un’occhiata alle FAQs (pdf), pare che non ci saranno grossi cambiamenti nelle procedure per inviare nuove strutture e che il passaggio sarà gestito in maniera automatica.
E’ certo che il formato PDB ha da sempre sofferto di specificazioni poco precise, e che è fatto ben conosciuto che la banca dati RCSB è piena di strutture con errori di sintassi e di definizioni (cosa che il database wwPDB si propone appunto di correggere).

Purtroppo io mi occupo di un altro campo di ricerca bioinformatica, quindi non vi so dare molte altre informazioni a riguardo; quindi per maggiori dettagli vi lascio all’articolo del mio collega e alle tre referenze che ha indicato:

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