Come creare i ‘Sequence Logos’

I sequence logos sono un sistema inventato una decina di anni fa per rappresentare graficamente motivi e allineamenti di piccole sequenze di DNA o proteine; per esempio, potreste aver gia’ visto una figura del genere, che rappresenta i segnali di splicing piu’ conservati in uomo:

Posso confermare che questo tipo di rappresentazione torna molto utile in una varieta’ di situazioni in bioinformatica, dal dimostrare quali sono gli aminoacidi piu’ conservati in un dominio proteico, a quando si vogliono confrontare due motivi regolatori coinvoltiin un evento di regolazione o di trascrizione in due diversi organismi e capire quale e’ il piu’ conservato.

In questo post vi segnalo alcune delle risorse piu’ utili per creare e confrontare i vostri sequence logos.

Un trucco per GREP – coloriamo i risultati

Devo ringraziare l’utente che sul portale di debianitalia.org ha postato questa guida:

• http://www.debianitalia.org/modules/wfsection/article.php?page=1&articleid=132

per il trucchetto che vi vado a presentare adesso, che ormai uso quasi tutti i giorni.

grep e’ un programma da linea di comando preinstallato praticamente in tutti i sistemi operativi Unix, e che e’ molto utilizzato sia dai programmatori che dai bioinformatici.

A che serve? Grep é un filtro, in due parole:

• Dato un file o un insieme di files, grep permette di identificare tutte le righe all’interno di questi che contengano un determinato termine o frase.

Per esempio immaginate di avere un file contenente tutti i termini nel dizionario italiano; potete utilizzarlo per sapere quali contengono una particolare parola al loro interno:

• grep scienza /usr/share/dict/italian
  • -> scienza
  • -> coscienza

Grep e’ molto utile anche in bioinformatica, perche’ si tratta di un campo molto spesso ci si trova a lavorare con parecchi file di testo (sequenze, annotazioni, strutture proteiche, etc.).

(nelle illustrazioni: funzionamento di grep prima e dopo aver applicato il trucchetto segnalato, e un file .pdb di esempio)

Un po’ di diapositive di Bioinformatica gratuite – 2!

Questo post e’ solo un piccolo aggiornamento rispetto a quello che ho scritto un paio di giorni fa.

Ricordate l’articolo ‘Un po’ di diapositive di Bioinformatica gratuite! e di Biologia!‘, in cui vi segnalavo dove trovare delle belle diapositive di bioinformatica?

Beh, mi sono appena accorto che e’ possibile inserire le diapositive caricate su quel servizio nei post di questo blog, che si basa sul template wordpress.

Ecco un esempio:

Non e’ male vero? Ho scelto una presentazione a caso tra quelle di bioinfo ;).

Credo che possa essere una cosa utile, specie sulla scia del post ‘Utilizzare un blog come diario di laboratorio – 1‘, in cui vi segnalavo l’esperimento che sto facendo di utilizzare un blog come diario di laboratorio.

Un po’ di diapositive di Bioinformatica gratuite! e di Biologia!

L’altro giorno su nodalpoint, un importante network di blog bioinformatici in inglese, é apparso questo post:

• http://nodalpoint.org/2007/04/22/slideshare_nodalpoint_tag

in cui si segnala un servizio per la condivisione di diapositive e slides sul web, nello stile ‘web 2.0’, come youtube ma con le presentazioni al posto dei video.

Personalmente non avevo mai sentito parlare di questo slideshare e non so come sia, però mi pare che le diapo di bioinformatica postate non siano niente male (i nomi degli autori corrispondono a dei pezzi grossi del settore 😉 ), e per questo ho pensato di segnalarvele.
Per comodità, ecco un paio di link diretti:

• http://www.slideshare.net/tag/bioinformatics
• http://www.slideshare.net/tag/nodalpoint

E per la biologia o qualche altra materia?
Anche in questo caso si trova qualcosa:

• http://www.slideshare.net/tag/biology
• http://www.slideshare.net/tag/chemistry

Alla prossima!