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blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Archive for the ‘Bioinf’ Category

Refactoremycode.com

Posted by dalloliogm su novembre 8, 2007

L’altro giorno leggevo  un articolo su ossblog a proposito di refactoremycode.com, un ennesimo tool in stile web 2.0, in questo caso un servizio per aiutare i programmatori a ricevere feedback e commenti per migliorare il proprio codice.

reactoremycode.com logo

Funziona così: se avete scritto uno programma o uno script del quale non siete convinti, e volete ricevere il giudizio di un programmatore più esperto, potete postare il codice su quel sito web 2.0 e sperare che qualcuno in gamba lo veda e vi dia dei suggerimenti, secondo lo spirito del free-software.

Si possono anche proporre pezzi di tutorial o template per aiutare gli altri a imparare, a me per esempio é piaciuto molto questo (un template che illustra come scrivere una classe e come usare pydoc, che io non ancora ho imparato).

Io credo che una idea del genere sarebbe molto comoda in bioinformatica, perché é un campo in cui ancora molta gente lavora con scripts e programmi corti e in cui ci sono molti biologi che cercano di imparare a programmare per conto proprio.
E’ qualcosa che si trova a metà strada tra un forum e una chat IRC o un progetto su sourceforge, e potrebbe essere molto utile, magari anche solo creandone una versione ristretta alla bioinformatica, o per utilizzarlo internamente ad un gruppo di ricerca in modo da aiutare i meno esperti a scrivere codice più correttamente.

Voi che ne pensate?
Buona notte!

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Posted in Bioinf, Bioinformatica, openscience, Programmazione, Web2.0 | 2 Comments »

anche l’Italia avrà una banca dati di DNA

Posted by dalloliogm su novembre 3, 2007

Da qualche giorno é apparsa la notizia che la polizia italiana, finalmente, avrà a disposizione un database genetico per aiutare le proprie indagini.

In base a quello che si legge in giro[1] non é molto chiaro in cosa consisterebbe esattamente il database: se ho capito bene si tratta di una banca dati di SNPs, scelti in regioni non-codificanti e non associati a nessuna malattia per rispetto alla privacy.

La notizia é apparsa su diversi siti di informazione e blog: io, l’ho raccolta da punto informatico e da autistici:

Sono contento che anche l’Italia abbia un database di marcatori genetici a disposizione della polizia: più che altro, perché il nostro Paese si allinea tecnologicamente al resto dell’Europa in un settore importante.

Certo che capisco i dubbi di tutti coloro che temono per la propria privacy: ma il fatto é che, visto che viviamo in un mondo in cui entro pochi anni chiunque potrà ottenere una mappa del proprio genoma personale in poco tempo, ci sarà da affrontare problemi per la privacy più gravi.

Un database di marcatori genetici é utile alla polizia per risolvere più velocemente i propri casi: e soprattutto, può evitare molte sentenze errate. Ho assistito una volta ad una conferenza del colonnello Luciano Garofano, e ci spiegava il caso di una violenza sessuale avvenuta a Bologna, in cui un presunto colpevole era stato scagionato dalla prova del DNA.

In ogni caso qualche dubbio ce l’ho anch’io; per esempio:

  • come implementeranno la sicurezza e l’accesso al database dei dati? Io per esempio, avrei paura che qualcuno rubasse alla polizia i dati a me corrispondenti, anche se non rappresentano regioni codificanti.
    Voi, vi fidereste? Il fatto é che nessuno attualmente ha idea di tutto quello che si potrebbe combinare con dei dati personali del genere: quindi, verrebbe da chiedersi quali prerogative daranno i RIS alla sua riservatezza.
  • gli SNPs vengono presi in regioni non codificanti, in modo da non essere associati a malattia.
    Ma come é possibile sapere a priori se una mutazione non é associata a nessun fenotipo particolare?
    Chiunque ha a che fare con lo studio dello splicing o con genomica o genetica sa bene che anche le mutazioni in zone non codificanti posso avere effetti negativi.
  • beh, ok, ho letto i libri di Kevin Mitnik :)… e se io vado a leggere nei verbali di un processo, posso in qualche modo ricavare informazioni sui polimorfismi degli individui processati?

🙂 Leggi il seguito di questo post »

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