Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Archive for the ‘Guide’ Category

Un repository di modelli per openoffice in italiano

Posted by dalloliogm su dicembre 2, 2007

Questa notizia ha solo marginalmente a che fare con la biologia, ma sulla mailing list di openoffice si sta discutendo della possibilità di creare un repository di modelli per openoffice in italiano:

l’idea é molto interessante ma per il momento é ancora in fase di organizzazione, e probabilmente le discussioni continueranno sul wiki dedicato.

Creare un repository di modelli liberamente utilizzabili, per chi non lo sapesse, vuol dire creare un sito in cui sia possibile scaricare (e condividere) template per documenti riutilizzabili da tutti e rilasciati secondo una licenza libera, come la Gnu-GPL o una Creative Commons.

Poi vi ricordo che openoffice é anche un prodotto modulare che supporta l’aggiunta di estensioni (come firefox), che potete trovare elencate qui. Ne esiste persino una per zotero, ma é ancora in via di sviluppo e non sono mai riuscito a farla funzionare :(.

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Come creare i ‘Sequence Logos’

Posted by dalloliogm su novembre 15, 2007

I sequence logos sono un sistema inventato una decina di anni fa per rappresentare graficamente motivi e allineamenti di piccole sequenze di DNA o proteine; per esempio, potreste aver gia’ visto una figura del genere, che rappresenta i segnali di splicing piu’ conservati in uomo:

Posso confermare che questo tipo di rappresentazione torna molto utile in una varieta’ di situazioni in bioinformatica, dal dimostrare quali sono gli aminoacidi piu’ conservati in un dominio proteico, a quando si vogliono confrontare due motivi regolatori coinvoltiin un evento di regolazione o di trascrizione in due diversi organismi e capire quale e’ il piu’ conservato.

In questo post vi segnalo alcune delle risorse piu’ utili per creare e confrontare i vostri sequence logos.

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leggere sequenze con biopython (Bio.SeqIO)

Posted by dalloliogm su settembre 25, 2007

Questo è un piccolo trucco che mi è tornato comodo lavorando con biopython.
A dire la verità, è descritto tale e quale in inglese sul wiki del progetto… ma credo valga la pena segnalarlo.

Parliamo di SeqIO di BioPython e del suo metodo to_dict().

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Guida alla programmazione a oggetti in Python

Posted by dalloliogm su settembre 12, 2007

Questa è una piccola guida per spiegare come funziona la programmazione a oggetti in python.

E’ pensata per introdurre il concetto ad un biologo o a qualcuno con poca esperienza con la programmazione, come per esempio un aspirante bioinformatico.

Essendo una guida introduttiva, vi avviso che non troverete nemmeno una linea di codice: e per ciò in linea di principio, è un tutorial accessibile anche a chi è interessato ad altri linguaggi.

Per favore, a tutti coloro più esperti di me… correggetemi se scrivo eresie!! 🙂

geneobj3b.png

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UML e bioinformatica

Posted by dalloliogm su agosto 6, 2007

Dal primo momento in cui ho iniziato a esercitare un po’ di pratica in laboratorio, ossia da quando ‘provo a fare bioinformatica’ sul serio, ho sempre avuto l’impressione che nella mia preparazione ci fosse una grossa lacuna.

Per farla breve, mi é sempre mancato un sistema che mi permettesse di schematizzare e riassumere i passaggi di un esperimento e di avere una idea precisa di quello che stavo facendo.

Purtroppo é cosí, e credo che la stessa cosa valga per altri bioinformatici, e in fondo, anche per tutti i biologi e i ricercatori in generale.
Non so se sia colpa mia, ma di fatto sia nei curriculum di biotecnologie che in quelli di bioinformatica, e a dire la veritá anche nei laboratori dove sono stato, si lavora molto poco sulla progettazione mentre ci si focalizza sulle tecniche e le conoscenze teoriche che servono in laboratorio.

Io per rimediare a questa mancanza ho vagato abbastanza… per un certo periodo di tempo ho provato a studiare taverna (http://taverna.sf.net), peró anche questo progetto rimane ancora un poco incompleto (e poi é in java, e richiede delle conoscenze di bioinformatica non indifferenti).

Per adesso invece sto provando a maneggiare l’UML, che é un linguaggio utilizzato in ingegneria informatica con lo scopo di organizzare grossi progetti software.

Devo dire che per il momento i risultati che sto ottenendo mi paiono piuttosto buoni.

 

1_overview.png
(il diagramma di attivitá UML che rappresenta a grandi linea il mio progetto di ricerca attuale. Leggi il resto dell’articolo per vedere gli altri diagrammi e gli altri tipi di diagrammi. Cmq, prima della discussione della tesi scriveró un articolo piú lungo per spiegare le specificazioni di UML che ho utilizzato).

Penso di scrivere buona parte delle cose scritte in questo post nella mia tesi di specialistica, quindi se mi potete dare qualche suggerimento su UML e questo genere di problemi, ve ne saró veramente riconoscente! 🙂
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I 7 peccati capitali commessi dai bioinformatici.

Posted by dalloliogm su luglio 27, 2007

Stavo leggendo questo post su nodalpoint, in cui si commentava un talk presentato all’ultimo Bioinformatic Open Source Conference (come mi piace questo nome) a Vienna, una settimana fa.

Si parla degli errori piu’ grandi commessi dalla comunita’ bioinformatica moderna, e onestamente, mi trovo d’accordo su molti punti.
Ecco le slides:

Vediamo un po’, di primo acchito io aggiungerei:

  • mancanza di organizzazione.
  • mancanza di comunicazione (incapacita’ di organizzarsi in un gruppo, di dialogare con gli altri colleghi, di presentare delle buone documentazioni, di studiare il lavoro degli altri, di comunicare via Internet – pensate a quanto pochi sono i bioinfi che partecipano a ML o a forum o a blogs scientifici).
  • ignoranza su molte questioni importanti legate alla programmazione: molti bioinformatici per esempio ignorano cosa sia lo Unit Testing, ovvero non testano i loro script prima di utilizzarli.
  • incapacita’ di riutilizzare il codice e le idee di altri colleghi: per esempio, pochi usano BioPython o BioPerl, preferendo scrivere tutto da soli; questo e’ quanto di peggio si possa fare se si vuole programmare bene.
  • incapacita’ di sedersi correttamente davanti al computer: in tutti i laboratori di bioinfo che ho visto, non ho mai trovato nessuno che si sedesse con la postura corretta davanti al monitor, spesso gli schermi erano troppo in basso, addirittura chi lavorava 8 ore al giorno davanti ad un portatile.

E qui mi fermo, va’.
Cmq, io credo che molti di questi difetti siano dovuti ad una mancanza di istruzione: le specialistiche in bioinfo e tutti i corsi associati non coprono per forza di cose tutti gli aspetti che dovrebbero seguire, e molti laboratori sono disorganizzati, con i responsabili che non si tengono aggiornati e spesso provengono da campi che sono solo collaterali alla bioinformatica.

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Piano di studi bioinformatici

Posted by dalloliogm su luglio 12, 2007

In questo post indicherò tutti gli argomenti che mi piacerebbe approfondire per migliorare le mie capacità di bioinformatico 🙂

Esistono diversi corsi per studiare bioinformatica: master, lauree specialistiche, triennali, dottorati; ma nonostante tutto non si esce mai dall’Universita’ completamente preparati e bisogna essere capaci di studiare e di approfondire altri argomenti al di fuori del corso di studi.

Magari se siete anche voi studenti bioinformatici o aspiranti tali, questo post vi potrà dare un’idea di cosa rimane da studiare dopo una specialistica. Si tratta di un programma molto personale, perché ogni individuo ha un suo percorso differente, e io in particolare mi concentro molto sulla programmazione in python e sull’uso di banche dati, mentre é possibilissimo essere bioinformatici senza dover saper programmare o in altri modi differenti.


(ecco il mio piano di studi per diventare un super-bioinformatico… per poi conquistare il mondo… per poi poter ridere ogni giorno così: BUWAHAHAHAAHAHAHA!!!!!)

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Un consiglio su come assistere a seminari scientifici

Posted by dalloliogm su luglio 3, 2007

Se si e’ abbastanza fortunati da lavorare in una Universita’ o in un centro scientifico abbastanza grande, e’ molto probabile che vi offrino/obblighino ad assistere a molti seminari o a cicli di seminari (per esempio, qui ne abbiamo uno di bioinformatica ogni giovedi’).

Volevo dare un piccolo consiglio su questo proposito:

  • Se sapete in anticipo che vi tocchera’ assistere ad un seminario, leggetevi l’ultimo articolo o una review del presentatore per prepararvi.

I seminari possono sembrare lunghi e noiosi ma se assistete sistematicamente ad essi senza capirci mai niente diventano una grande perdita di tempo… cosi’ tanto vale prepararsi un poco in anticipo in modo da ricavarci qualcosa.

Provo a darvi un paio di consigli (abbastanza banali) su come prepararsi al meglio questa cosa.

una ricerca su hubmed per la query “Dayhoff M AND review[ptyp]”

(un esempio di ricerca sui migliori articoli di Margaret Dayhoff)

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IEEE Computer Society Magazine – n. speciale dedicato al python

Posted by dalloliogm su giugno 1, 2007

La rivista IEEE Computer Society Magazine, ovvero la rivista ufficiale della società IEEE (quella che mantiene e determina tutti gli standard utilizzati in ingegneria e in elettronica), ha appena dedicato un numero speciale al Python ed al suo utilizzo nel campo scientifico:

Questo post é quindi dedicato a tutti i fanatici del Python: mi scuso solo perché una buona parte di questi articoli é a pagamento, ma se la vostra Università o il vostro centro di ricerca possiede l’abbonamento alla rivista, é probabile che possiate leggerli da casa utilizzando un servizio di proxy oppure da una biblioteca.

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Una guida agli RSS per scienziati – e una poesia

Posted by dalloliogm su maggio 12, 2007

Sul blog di bioinformaticzen, un blog in inglese che si propone di dare consigli e suggerimenti per bioinformatici (a cui mi ispiro per alcuni degli articoli pubblicati qui), é apparsa da poco una buona guida all’uso degli RSS (uno strumento per rimanere informati sugli aggiornamenti su un sito o una risorsa web automaticamente) rivolta ai ricercatori che non li conoscono o non li usano.

Io ve la segnalo (ecco il link) perché mi sembra ben scritta e realizzata bene (c’è perfino un video in podcast 🙂 ).

Credo ci sia bisogno di smuovere le acque intorno a questi argomenti nella comunità scientifica italiana (e questa frase ormai inizia ad essere ripetitiva su questo blog). Al momento non mi vengono idee particolarmente efficaci, quindi l’unica cosa che mi passa per la testa é dedicarvi una poesia:

 

Caro biologo o ricercatore che passi per caso in queste pagine,
lo so che noi bioinformatici ti riempiamo la testa con queste parole strane sugli RSS e il web 2.0,
lo so che queste tecnologie potrebbero sembrare oscure e spaventose,
ma non devi avere paura;

prova a cliccare sul bottone arancione di questo blog o del tuo servizio di news preferito,
e ad aggregarlo a google/reader o ad un altro lettore di rss,
li puoi aggiungere perfino alla tua home page personalizzata di google se vuoi;
si può fare anche per gli articoli e per tenersi aggiornati sulle novità nel proprio campo di ricerca.

 

Bene, dopo di questo vi saluto a domani (pubblicherò le statistiche delle visite a questo blog, visto che é un mese che lo scrivo).

Ens vems! 🙂

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