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Archive for the ‘Motori di Ricerca’ Category

Un database di database bioinformatici

Posted by dalloliogm su luglio 24, 2007

su bioinformatics.org e’ apparso un annuncio che pubblicava la nascita di questa directory:


Si tratta di un piccolo database che intende annotare tutti i database di interesse bioinformatico: proteine, sequenze, eventi di splicing alternativo, inteine, RNA interference, pesci, annotazioni, articoli, pathways metabolici, tabelle di utilizzo di codoni, geni coinvolti nel cancro, risultati di microarray, database di informazioni mediche, mutazioni puntiformi, blocchi di allineamento, polimorfismi nucleotidici, pesi di cervello di ratto, linee cellulari, retrovirus, RNA non codificanti, primers per RT-PCR, strutture di proteine, cluster di geni, informazioni filogenetiche, risorse sul web utili per un ricercatore, modelli di markov, cataloghi di reagenti, protocolli, batteri, farmaci, malattie, testi, modelli di interazione, siti di binding, proteine di membrana, coefficenti di velocità di reazione, etc…

Ecco l’annuncio originale:

Ed il link diretto (potete cliccare anche sull’immagine in questo post):

E’ una buona iniziativa, anche se al momento mi sembra ne manchino ancora alcuni sullo splicing (una volta avevo una lista di almeno 20 o 30 db solo sullo splicing alternativo).

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Ampliato Harvester!

Posted by dalloliogm su aprile 27, 2007

Harvester e’ un motore di ricerca per trovare informazioni su geni, che permette di interrogare con una sola ricerca diversi database di annotazione, come Entrez Gene o OMIM, UNIPROT o STRING.
Con harvester, con una singola ricerca, potete scoprire quali proteine interagiscono con un vostro gene di interesse, se questo e’ collegato a malattie ereditarie o SNPs, il suo livello di espressione in vari tessuti, e altre cose.

harvester1.png

(Immagine tratta dal wiki di harvester)

Per essere piu’ precisi Harvester e’ un meta-motore di ricerca (metacrawler), ovvero un motore che, invece di eseguire le ricerche su un proprio database, interroga altri motori di ricerca e fornisce all’utente un riepilogo dei migliori risultati trovati.

Un po’ come dogpile o clusty (e giustamente, anche metacrawler) che permettono di lanciare contemporaneamente la stessa ricerca su google yahoo e amici, oppure come medlineplus.gov che raccoglie informazioni da diverse enciclopedie mediche e risorse per la salute in inglese; o come entrez per i database dell’NCBI.
Le tecnologie che stanno dietro ai meta-motori di ricerca sono molto interessanti perche’ utilizzano tecniche di intelligenza artificiale tutt’altro che banali: per esempio clusty, il mio preferito, e’ capace di organizzare automaticamente diverse pagine web in gruppi (cluster) in base alle parole chiave piu’ importanti per ognuna, senza bisogno di un intervento manuale da parte di utenti o amministratori (clusterizzazione non supervisionata).

(continua)
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