Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Archive for the ‘Progetti’ Category

Un repository di modelli per openoffice in italiano

Posted by dalloliogm su dicembre 2, 2007

Questa notizia ha solo marginalmente a che fare con la biologia, ma sulla mailing list di openoffice si sta discutendo della possibilità di creare un repository di modelli per openoffice in italiano:

l’idea é molto interessante ma per il momento é ancora in fase di organizzazione, e probabilmente le discussioni continueranno sul wiki dedicato.

Creare un repository di modelli liberamente utilizzabili, per chi non lo sapesse, vuol dire creare un sito in cui sia possibile scaricare (e condividere) template per documenti riutilizzabili da tutti e rilasciati secondo una licenza libera, come la Gnu-GPL o una Creative Commons.

Poi vi ricordo che openoffice é anche un prodotto modulare che supporta l’aggiunta di estensioni (come firefox), che potete trovare elencate qui. Ne esiste persino una per zotero, ma é ancora in via di sviluppo e non sono mai riuscito a farla funzionare :(.

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PS3grid.net: utilizzare la PlayStation per eseguire calcoli scientifici

Posted by dalloliogm su agosto 24, 2007

Nella mia avventura qui a Barcelona mi sono imbattuto in PS3GRID.net, il progetto di un ricercatore italiano (Gianni De Fabritiis) , che sta investigando la possibilità di utilizzare il processore delle playstation al posto di quello dei PC per eseguire calcoli scientifici (specialmente modeling molecolare).

Secondo quanto afferma, infatti, e dimostrato in un articolo pubblicato sulla rivista ‘Computer Physics Communications’ (link all’articolo), il processore della PS3 può essere ottimizzato per eseguire i calcoli necessari fino a 16 volte più velocemente del PC.


(la playstation puo` essere fino a 16 volte più veloce di un pc per eseguire calcoli scientifici)

Io non ho una PS3 a casa purtroppo, ma, se volete verificare di persona, potete partecipare al progetto installando GNU/Linux sulla vostra consolle (istruzioni), e utilizzando il client BOINC che sono sicuro molti di voi conosceranno già.

Mi chiedo come girino giochi come tremolous e Unreal 2007 sulla PS3 con Linux :D, e se la diatriba tra Linus Torvalds e Con Kolivas tra l’SD e il CFS (referenza a caso) porterà ad ulteriori vantaggi su questo fronte.

Nel frattempo, mi hanno fatto sapere che stanno cercando traduttori italiani o stranieri per l’home page del progetto, in modo da aumentare il numero di partecipanti.
Se c’è qualcuno interessato seriamente, può scrivere a ps3grid at gmail.com.

Link al progetto: PS3GRID.net

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Piano di studi bioinformatici

Posted by dalloliogm su luglio 12, 2007

In questo post indicherò tutti gli argomenti che mi piacerebbe approfondire per migliorare le mie capacità di bioinformatico 🙂

Esistono diversi corsi per studiare bioinformatica: master, lauree specialistiche, triennali, dottorati; ma nonostante tutto non si esce mai dall’Universita’ completamente preparati e bisogna essere capaci di studiare e di approfondire altri argomenti al di fuori del corso di studi.

Magari se siete anche voi studenti bioinformatici o aspiranti tali, questo post vi potrà dare un’idea di cosa rimane da studiare dopo una specialistica. Si tratta di un programma molto personale, perché ogni individuo ha un suo percorso differente, e io in particolare mi concentro molto sulla programmazione in python e sull’uso di banche dati, mentre é possibilissimo essere bioinformatici senza dover saper programmare o in altri modi differenti.


(ecco il mio piano di studi per diventare un super-bioinformatico… per poi conquistare il mondo… per poi poter ridere ogni giorno così: BUWAHAHAHAAHAHAHA!!!!!)

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Datemi una mano su Synaptic Leap, per fare un po’ di ricerca nel tempo libero

Posted by dalloliogm su giugno 19, 2007

Qualche settimana fa mi sono iscritto su The Synaptic Leap, il network di openscience di cui parlavo nell’altro post.

Ho passato un po’ di tempo a studiarmi i vari progetti disponibili sul sito (qui maggiori informazioni su come iniziare) ma visto che non trovavo niente alla mia portata e compatibile con il mio tempo libero, ho pensato di aprire direttamente un topic per presentarmi e chiedere come potessi aiutare.

synaptic leap open science

Ecco qui il mio messaggio:

Allora vediamo brevemente, i due progetti a cui mi e’ stato proposto di partecipare sono:

  • aiutare nello sviluppo di un sistema ispirato a Flickr, grazie al quale la comunita’ di synaptic leap possa mettere in comune i propri dati e gestire i risultati e i task da portare avanti per ogni laboratorio/partecipante (maggiori informazioni)
  • partecipare a UsefulChem, un altro progetto di OpenScience correlato a Synaptic Leap, per svolgere alcuni task. In particolare la pagina dei progetti disponibili e’ questa. Su UsefulChem scrivero’ degli altri post perche’ e’ un progetto interessante sul quale si sono svolti altri esperimenti per l’integrazione tra web 2.0 e scienza (ossia, hanno utilizzato un wiki per coordinarsi ed una ragazza ha ricevuto feedback per la sua tesi descrivendola su un blog).

Il vero motivo per cui sto scrivendo questo post e’ per vedere se qualcuno e’ interessato a dare una mano… quindi coraggio, continuate a leggere sotto!

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The Synaptic Leap e il progetto di Tropicaldisease.org

Posted by dalloliogm su giugno 16, 2007

Conoscete questo simbolo:

?

beh é piuttosto bruttino, però é il logo di the synaptic leap, una comunità di ricercatori che impegnano il loro tempo libero per sviluppare dati e possibili farmaci contro la malaria e altre malattie poco considerate dalle case farmaceutiche perché diffuse in aree del terzo mondo.

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