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blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Archive for the ‘Programmazione’ Category

Refactoremycode.com

Posted by dalloliogm su novembre 8, 2007

L’altro giorno leggevo  un articolo su ossblog a proposito di refactoremycode.com, un ennesimo tool in stile web 2.0, in questo caso un servizio per aiutare i programmatori a ricevere feedback e commenti per migliorare il proprio codice.

reactoremycode.com logo

Funziona così: se avete scritto uno programma o uno script del quale non siete convinti, e volete ricevere il giudizio di un programmatore più esperto, potete postare il codice su quel sito web 2.0 e sperare che qualcuno in gamba lo veda e vi dia dei suggerimenti, secondo lo spirito del free-software.

Si possono anche proporre pezzi di tutorial o template per aiutare gli altri a imparare, a me per esempio é piaciuto molto questo (un template che illustra come scrivere una classe e come usare pydoc, che io non ancora ho imparato).

Io credo che una idea del genere sarebbe molto comoda in bioinformatica, perché é un campo in cui ancora molta gente lavora con scripts e programmi corti e in cui ci sono molti biologi che cercano di imparare a programmare per conto proprio.
E’ qualcosa che si trova a metà strada tra un forum e una chat IRC o un progetto su sourceforge, e potrebbe essere molto utile, magari anche solo creandone una versione ristretta alla bioinformatica, o per utilizzarlo internamente ad un gruppo di ricerca in modo da aiutare i meno esperti a scrivere codice più correttamente.

Voi che ne pensate?
Buona notte!

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Posted in Bioinf, Bioinformatica, openscience, Programmazione, Web2.0 | 2 Comments »

leggere sequenze con biopython (Bio.SeqIO)

Posted by dalloliogm su settembre 25, 2007

Questo è un piccolo trucco che mi è tornato comodo lavorando con biopython.
A dire la verità, è descritto tale e quale in inglese sul wiki del progetto… ma credo valga la pena segnalarlo.

Parliamo di SeqIO di BioPython e del suo metodo to_dict().

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Posted in Bioinformatica, Guide, Programmazione, Python | 8 Comments »

Guida alla programmazione a oggetti in Python

Posted by dalloliogm su settembre 12, 2007

Questa è una piccola guida per spiegare come funziona la programmazione a oggetti in python.

E’ pensata per introdurre il concetto ad un biologo o a qualcuno con poca esperienza con la programmazione, come per esempio un aspirante bioinformatico.

Essendo una guida introduttiva, vi avviso che non troverete nemmeno una linea di codice: e per ciò in linea di principio, è un tutorial accessibile anche a chi è interessato ad altri linguaggi.

Per favore, a tutti coloro più esperti di me… correggetemi se scrivo eresie!! 🙂

geneobj3b.png

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Posted in Bioinformatica, Guide, Programmazione, Python | 4 Comments »