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Archive for the ‘Python’ Category

Come creare i ‘Sequence Logos’

Posted by dalloliogm su novembre 15, 2007

I sequence logos sono un sistema inventato una decina di anni fa per rappresentare graficamente motivi e allineamenti di piccole sequenze di DNA o proteine; per esempio, potreste aver gia’ visto una figura del genere, che rappresenta i segnali di splicing piu’ conservati in uomo:

Posso confermare che questo tipo di rappresentazione torna molto utile in una varieta’ di situazioni in bioinformatica, dal dimostrare quali sono gli aminoacidi piu’ conservati in un dominio proteico, a quando si vogliono confrontare due motivi regolatori coinvoltiin un evento di regolazione o di trascrizione in due diversi organismi e capire quale e’ il piu’ conservato.

In questo post vi segnalo alcune delle risorse piu’ utili per creare e confrontare i vostri sequence logos.

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leggere sequenze con biopython (Bio.SeqIO)

Posted by dalloliogm su settembre 25, 2007

Questo è un piccolo trucco che mi è tornato comodo lavorando con biopython.
A dire la verità, è descritto tale e quale in inglese sul wiki del progetto… ma credo valga la pena segnalarlo.

Parliamo di SeqIO di BioPython e del suo metodo to_dict().

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Guida alla programmazione a oggetti in Python

Posted by dalloliogm su settembre 12, 2007

Questa è una piccola guida per spiegare come funziona la programmazione a oggetti in python.

E’ pensata per introdurre il concetto ad un biologo o a qualcuno con poca esperienza con la programmazione, come per esempio un aspirante bioinformatico.

Essendo una guida introduttiva, vi avviso che non troverete nemmeno una linea di codice: e per ciò in linea di principio, è un tutorial accessibile anche a chi è interessato ad altri linguaggi.

Per favore, a tutti coloro più esperti di me… correggetemi se scrivo eresie!! 🙂

geneobj3b.png

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