Venter e Watson: chi ha il genoma sequenziato meglio?

Ho scoperto che sulla stessa pagina dell’ftp di ncbi:

• ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/TraceDB/Personal_Genomics

si possono trovare i genomi di Craig Venter e di James Watson, i due protagonisti della corsa al sequenziamento del genoma umano nei primi anni di questo secolo.

La storia del sequenziamento del genoma umano ci insegna tante cose: sui dati prodotti da consorzi pubblici e resi disponibili gratuitamente, su chi ne approfitta per scopi commerciali, e su come si possa ragionare intelligentemente per arrivare alla stessa soluzione inventando una tecnica diversa.

Casomai foste all’oscuro di questa storia, e vi andasse di leggere un po’ su Internet, vi consiglio di cominciare dalla pagina di wikipedia:

• http://en.wikipedia.org/wiki/Human_Genome_Project
• http://it.wikipedia.org/wiki/Progetto_Genoma_Umano

Tra l’altro, la pagina in italiano avrebbe bisogno di qualche aggiunta, se qualcuno ha tempo 🙂

p.s. fonte di ispirazione: questo post qui.

Il mio avatar dei simpsons

Anche io sono caduto nella tentazione di partecipare ad un meme 😦

Il mio avatar dei simpsons é più o meno questo:

Anche se sono indeciso se sia meglio questo (sì lo so sono completamente differenti). Devo ancora imparare ad usare correttamente quella cosa che chiamano specchio :).

Il meme é partito dal blog di mastroalberto.it, su questo post, e il link al generatore é questo: http://www.simpsonsmovie.com/main.html?cid=it

A chi lo lancio? Beh penso che potrei affibbiarlo a Kijio (un giorno risponderò ai tuoi meme!), a fuliggians, e alla mia coinquilina spagnola, che anche lei si sta avventurando su wordpress.
Visto che ci sono provo ad affibbiarlo anche qui e qui.

Questo blog é in pausa (mentale)

hola,
ho deciso che di mettere questo blog in pausa per un po’, almeno fino a fine mese!

Ma non temete, perché la pausa riguarderà solo gli argomenti scientifici: ossia, non pubblicherò nessun post eccessivamente bioinformatico per due o tre settimane.

Nel frattempo continuerò a scrivere qualche articolo meno serio, e non ancora immaginate quanto io sia bravo in questo!

Ora via con le stupidaggini!! 😀

xkcd e qualche comics da leggere

Non c’entra nulla con il resto del blog e la bioinformatica, però volevo linkarvi questo fumetto che leggo da un po’:

Beh lo so é abbastanza surreale e nella metà delle vignette non ci si capisce un tubo.. però é carino ed é decisamente adatto ad un nerd.

Altro fumetto che sto leggendo da un po’ di tempo (stile fantasy – Dungeons and Dragons) é questo: http://www.giantitp.com/comics/oots.html.

Ok fine intervallo.. é che sono appena tornato da una partita di gioco di ruolo in vivo di due giorni e avevo voglia di scrivere qualche cavolata!

Aqui los investigadores nos lo pasamos muy bien! :)

Eheh in questi ultimi giorni ho rallentato il ritmo per quello che riguarda i post su questo blog.

I motivi per cui sto scrivendo di meno sono principalmente:

• mi tocca lavorare! 🙂
• fa un caldo da spaccare le pietre e l’istituto dove passo 8 ore e piu’ al giorno si trova a 10 metri dalla spiaggia 🙂
• qualche furbo mi ha rubato gli occhiali mentre giocavo a rugby in spiaggia;
• vengo fuori da un periodo di feste di laurea/S.Joan/feste di saluto/etc.. distruttivo;
• ho gia’ detto che fa caldo?
• ho gia’ detto che mi tocca lavorare con questo caldo? 🙂

Insomma si avvicina l’estate e come bioinformatico continuo a sudare davanti al computer.
Costa sempre di piu’ sedersi e mettersi a scrivere su un blog di cose serie, pero’ ogni tanto mi riprendo e mi rendo conto che ci sono un sacco di argomenti sui quali vorrei scrivere di bioinformatica: l’UML e le unita’ di test, l’extreme programming applicato alla bioinformatica, gli esperimenti di intelligenza artificiale per analizzare la letteratura automaticamente al computer (l’altro giorno ho assistito ad un seminario del mio idolo, Alfonso Valencia), i curatori manuali di database, l’universita’ di Bologna che censura l’accesso ad Internet senza informare gli studenti, hubmed e la nuova interfaccia di pubmed, le critiche che si potrebbero fare alla nuova interfaccia di Blast (ne avevo pensate alcune), l’edizione speciale di Bio::Blogs, i casini che vengono fuori nei siti di divulgazione scientifica e l’incapacita’ della nostra comunita’ di utilizzare Internet per comunicare con chi ha problemi di salute e con la gente comune, le comunita’ di OpenScience come Synaptic Leap e le persone che scrivono la loro tesina di triennale pubblicandola e discutendola su un blog..

Insomma, appena mi riprendo ricomincio a scrivere.

Ultima cosa: per l’estate pensavo di rimanere qui in Spagna e fare qualche giro turistico verso Madrid e Valencia: se per caso passate da queste parti in questi mesi, fatemi sapere!

Piccolo viaggio a Bologna!

Bene fra qualche giorno parto per Bologna, dove mi fermero’ per poco più di una settimana:

a dire la verità, a freddo le cose che mi vengono in mente pensando a Bologna dopo aver passato 5 mesi qui sono:

ovvero il clima torrido e gli autobus strapieni di gente, la mortadella e la pasta cucinata da mia nonna!
Può sembrare banale e strano, ma mi mancano queste cose!

Un’altra cosa che mi ricordo di Bologna é il fatto che lì possiedo un cavolo di contratto con Fastweb per internet a scatti di 20 minuti, con il quale ho sopravvissuto come un disperato per 4 anni, arrivando a progettare soluzioni contorte per poter navigare senza sprecare troppo, e che vuol dire che starò praticamente senza Internet!

Proverò a cavarmela infiltrandomi nelle varie sale studio e a casa di amici e parenti.. in ogni caso, aspettatevi meno post per un po’ di tempo!

Una guida agli RSS per scienziati – e una poesia

Sul blog di bioinformaticzen, un blog in inglese che si propone di dare consigli e suggerimenti per bioinformatici (a cui mi ispiro per alcuni degli articoli pubblicati qui), é apparsa da poco una buona guida all’uso degli RSS (uno strumento per rimanere informati sugli aggiornamenti su un sito o una risorsa web automaticamente) rivolta ai ricercatori che non li conoscono o non li usano.

Io ve la segnalo (ecco il link) perché mi sembra ben scritta e realizzata bene (c’è perfino un video in podcast 🙂 ).

Credo ci sia bisogno di smuovere le acque intorno a questi argomenti nella comunità scientifica italiana (e questa frase ormai inizia ad essere ripetitiva su questo blog). Al momento non mi vengono idee particolarmente efficaci, quindi l’unica cosa che mi passa per la testa é dedicarvi una poesia:

 

Caro biologo o ricercatore che passi per caso in queste pagine,
lo so che noi bioinformatici ti riempiamo la testa con queste parole strane sugli RSS e il web 2.0,
lo so che queste tecnologie potrebbero sembrare oscure e spaventose,
ma non devi avere paura;

prova a cliccare sul bottone arancione di questo blog o del tuo servizio di news preferito,
e ad aggregarlo a google/reader o ad un altro lettore di rss,
li puoi aggiungere perfino alla tua home page personalizzata di google se vuoi;
si può fare anche per gli articoli e per tenersi aggiornati sulle novità nel proprio campo di ricerca.

 

Bene, dopo di questo vi saluto a domani (pubblicherò le statistiche delle visite a questo blog, visto che é un mese che lo scrivo).

Ens vems! 🙂

Dove finiranno i gatti del PRBB?

In questi giorni sto lavorando abbastanza duramente, e a parte il tempo che perdo su questo blog e a curiosare su Internet, mi devo dare da fare su un bel po’ di ESTs.

Pero’ nonostante questo non riesco a togliermi dalla mente una domanda:

• Dove finiranno i gatti del PRBB?

Mi spiego: l’istituto in cui mi trovo adesso, il PRBB, e’ stato inaugurato da poco, e come tale alcune sezioni sono ancora in costruzione, e ci sono dei lavori specialmente al piano terra.

In particolare all’esterno dell’edificio, nel cortile che precede l’ingresso (quindi in un’area accessibile dal pubblico, turisti e barcellonesi), vi sono dei lavori per aggiustare il pavimento di legno, e i buchi che hanno aperto per ripararlo sono stati colonizzati da famiglie e famiglie di gatti.
E’ che li si vede dal posto in cui vado a fare pausa ogni giorno (quindi spesso): dormono tutto il giorno, non sembrano troppo furbi, sono contorniati da gattare che li nutrono, e quando ci sono casini si nascondono nelle fondamenta dell’edificio, sotto di noi.

Ma a me viene un dubbio: e quando finiranno i lavori e chiuderanno il buco, i gatti che fine faranno?
Saranno chiusi vivi all’interno delle fondamenta del PRBB? Vivremo per sempre con una societa’ di gatti clandestina nelle profondita’ del centro di ricerca?
E quello che non capisco… perche’ nessuno dice niente a proposito? Perche’ l’esercito delle gattare non reagisce? :).

Che devo fare, vado li’ e attacco un cartello:

• Please don’t bury the cats under the PRBB!

?

😉

(clicca sulla foto per altre immagini del PRBB)

Bioinformatici corridori! ;)

Signore e signori,

sono appena tornato dalla maratona (beh, 11 KM) del Corte Ingles per Barcelona!

Che dire… eh sono contento di essere ancora intero!
Dai dite la verità… quanti dei vostri spacciatori di bioinformatica preferiti possono dire di aver fatto una cosa del genere? 😛

ehi a parte gli scherzi… adesso sono distrutto! Posso ancora muovere le gambe e camminare, ma qualcosa mi dice che domani mattina non mi sveglierò altrettanto in forma! 😛

Il mio motto durante la corsa era ‘e perchè dovrei avere fretta?’ ;).
In totale per fare tutto il percorso ci ho messo circa 1h e 20m, ma non ho corso per tutto il tempo, anzi per buona parte ho camminato. E sì che potrei fare un po’ di allenamento in più visto che lavoro sul lungo mare della città! ;).

Il percorso prevedeva di partire alle 9.30 da Plaza Catalunia (in centro, alla fine della Rambla), passare per una parte del Pg de Gracia fino ad arrivare in Pl. Espanya, e poi (ugh!) salire su per tutto il Monte Juic, che sono stati circa 3 km di salita lenta e inesorabile ;).

Siamo passati dentro lo stadio Camp Nou, e durante il percorso ho visto i partecipanti più strani – un gruppo che spingeva un papero alto 3 metri (immagino stiano ancora correndo), finti infermieri che portavano un finto malato per tutto il percorso, un signore anziano trasportando il nipote in carrozzina per tutto il percorso… 🙂

Ok, adesso vado a farmi una bella doccia, e poi spero di sopravvivere fino a domani.

ciao!

Video di scienziati che hanno bevuto troppo

Ciao a tutti,

quando ho aperto questo blog mi sono fatto una promessa: quella di scrivere un blog serio e professionale, senza mettere video stupidi e altre cose da perdere tempo.
Beh, ho resistito poco 😉

Questo post é dedicato a quello che fanno gli scienziati quando bevono troppo o quando studiano troppo.

Il primo video é preso dal blog di divulgazionescientifica.it , ed é una rappresentazione artistica della mitosi: