Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Archive for the ‘Web2.0’ Category

Come creare i ‘Sequence Logos’

Posted by dalloliogm su novembre 15, 2007

I sequence logos sono un sistema inventato una decina di anni fa per rappresentare graficamente motivi e allineamenti di piccole sequenze di DNA o proteine; per esempio, potreste aver gia’ visto una figura del genere, che rappresenta i segnali di splicing piu’ conservati in uomo:

Posso confermare che questo tipo di rappresentazione torna molto utile in una varieta’ di situazioni in bioinformatica, dal dimostrare quali sono gli aminoacidi piu’ conservati in un dominio proteico, a quando si vogliono confrontare due motivi regolatori coinvoltiin un evento di regolazione o di trascrizione in due diversi organismi e capire quale e’ il piu’ conservato.

In questo post vi segnalo alcune delle risorse piu’ utili per creare e confrontare i vostri sequence logos.

Leggi il seguito di questo post »

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Research Blogging Icon

Posted by dalloliogm su novembre 11, 2007

Avete intenzione di utilizzare il vostro blog per commentare un articolo scientifico appena pubblicato, per scambiare impressioni e commenti su di esso con altri ricercatori via Internet? Oppure, state cercando un blog che parli in maniera seria del vostro argomento di ricerca preferito, come microbiologia, bioinformatica o predizione dello splicing alternativo nei basidiomycota?

Se é così, quella di ‘Research Bloggin Icon‘ é una iniziativa che vi tornerà molto utile.

Come funziona? E’ molto semplice: ogni volta che scrivete un post a proposito di un articolo scientifico, in italiano o in inglese, ricordatevi di inserire l’icona mostrata qui sotto copiando questo codice e seguendo queste linee guida.

In questo modo, i vostri lettori saranno in grado di capire immediatamente che state scrivendo un post serio e interessante; e cosa piu’ importante, sara’ piu’ facile trovare il vostro post, cercando su technorati o su un altro motore di ricerca e filtrando tutti i post che contengono un link a quella immagine.

L’idea che gli autori di bpr3.org si sono messi in testa e’ proprio quella di creare una collezione di tutti i post scritti per commentare articoli scientifici pubblicati su riviste peer-reviewed, e sicuramente si tratta di una invenzione interessante.

Il servizio al momento e’ ancora in fase di sviluppo, e non e’ ancora possibile navigare la lista dei blog se non utilizzando appunto la ricerca via technorati: intanto pero’, il mio consiglio e’ quello di iscriversi ai feeds del loro sito, e dare un’occhiata ad alcuni dei blog che hanno gia’ risposto all’iniziativa, come quelli descritti qui.

Ci sono gia’ un po’ di post scritti in lingua spagnola… quindi mi raccomando, datevi da fare per passare parola e per dare qualche piccolo contributo dalla blogosfera italiana 😛

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Refactoremycode.com

Posted by dalloliogm su novembre 8, 2007

L’altro giorno leggevo  un articolo su ossblog a proposito di refactoremycode.com, un ennesimo tool in stile web 2.0, in questo caso un servizio per aiutare i programmatori a ricevere feedback e commenti per migliorare il proprio codice.

reactoremycode.com logo

Funziona così: se avete scritto uno programma o uno script del quale non siete convinti, e volete ricevere il giudizio di un programmatore più esperto, potete postare il codice su quel sito web 2.0 e sperare che qualcuno in gamba lo veda e vi dia dei suggerimenti, secondo lo spirito del free-software.

Si possono anche proporre pezzi di tutorial o template per aiutare gli altri a imparare, a me per esempio é piaciuto molto questo (un template che illustra come scrivere una classe e come usare pydoc, che io non ancora ho imparato).

Io credo che una idea del genere sarebbe molto comoda in bioinformatica, perché é un campo in cui ancora molta gente lavora con scripts e programmi corti e in cui ci sono molti biologi che cercano di imparare a programmare per conto proprio.
E’ qualcosa che si trova a metà strada tra un forum e una chat IRC o un progetto su sourceforge, e potrebbe essere molto utile, magari anche solo creandone una versione ristretta alla bioinformatica, o per utilizzarlo internamente ad un gruppo di ricerca in modo da aiutare i meno esperti a scrivere codice più correttamente.

Voi che ne pensate?
Buona notte!

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Come citare un blog su un articolo o una tesi

Posted by dalloliogm su ottobre 26, 2007

A quanto pare da ora in poi, se volete citare un post su un blog scientifico nella vostra tesi, vi sono delle linee guida su come farlo:

La notizia viene fuori da una discussione aperta su nodalpoint (e tra l’altro iniziata da un collega italiano 🙂 ), e, tra le risposte interessanti che sono state date, vi vorrei far notare quella in cui si citano le linee-guida dell’ncbi:

e la risposta di uno degli scienziati del network UsefulChem, un circuito di openscience che si occupa di ricerca su farmaci contro malattie tropicali:

Vi invito a dare un’occhiata a link postati in quest’ultimo commento, perché si cita la tesi di master scritta da una ragazza che ha utilizzato un wiki e un blog e molti altri strumenti moderni per aiutarsi nella scrittura.

Poi naturalmente, tra milioni di persone solo io potevo porre una domanda stupidissima… e i post scritti su un forum specializzato di biologia online, come si possono referenziare? 🙂

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Ancora su Video Scientifici per Ricercatori

Posted by dalloliogm su ottobre 26, 2007

Sul network nodalpoint é stato pubblicato un articolo simile al mio di qualche tempo fa sui video scientifici per ricercatori:

Lo riporto perché é un po’ più completo del mio e contiene qualche link e qualche discussione in più.

Il messaggio, comunque, in parole povere rimane lo stesso: usare dei video per illustrare i passaggi di un esperimento, per commentare articoli pubblicati o per illustrare un protocollo.

I siti che al momento mettono a disposizione questo servizio sono principalmente due: Jove, che é impostato come una vera rivista scientifica peer-reviewed, e Scivee, che é più simile a youtube e invita gli utenti a commentare articoli via video.

Vi lascio anche io con il video stupido di scienziati che é segnalato sul post di nodalpoint:

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Video scientifici per ricercatori

Posted by dalloliogm su settembre 4, 2007

Un video può essere un mezzo di comunicazione molto efficace per spiegare i dettagli di un esperimento scientifico.

Vi segnalo due servizi che, sulla scia di questo pensiero, sono stati proposti recentemente: Jove (Journal of Visualized Experiments), e Scivee (pubblicizzato come ‘lo Youtube della scienza’).


(clicca per aprire un video scelto a caso su Journal of Visualized Experiments)

Journal of Visualized Experiments si propone come una vera e propria rivista scientifica: i video inviati vengono sottoposti ad un processo di review (non è molto chiaro se si tratti di peer review o qualcos’altro) prima di essere accettati, vi sono degli editoriali, la pubblicazione avviene mensilmente, ed è possibile citare i video come fossero articoli di rivista.

Scivee invece è più simile a Youtube: è possibile inviare qualsiasi tipo di video, i contenuti sono più eterogenei, ma gli sviluppatori hanno avuto la grande idea di creare il concetto di ‘Video Pubcast’, ovvero un filmato che viene realizzato dagli autori di un articolo già pubblicato e che funge da materiale supplementare.

Mi piacciono molto questi due siti: certo è noioso sedersi ad ascoltare qualcuno che parla di un esperimento scientifico per mezz’ora, ma credo che si tratti di materiale didattico molto utile, specie per quelli che lavorano nella biologia classica (quella al bancone, per intenderci).

In particolare, mi sembrano molto utili le sezioni dei ‘protocolli’ di entrambi i siti: così uno può imparare autonomamente a realizzare una PCR o una elettroforesi (esperienza traumatica per i tirocinanti, in genere).

Links:

Articoli simili:

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Così scriverò la mia tesi con strumenti moderni

Posted by dalloliogm su agosto 13, 2007

Ecco come scriverò la mia tesina di specialistica con strumenti moderni.

  • Editor di Testi: per scrivere, utilizzerò uno tra google/docs e Zoho, ovvero utilizzerò un editor di testi collaborativo ad accesso gratuito.
    In questo modo, metterò i vari documenti in condivisione con il mio capo, che al momento è in vacanza, e potrà fare le sue correzioni anche da casa senza intreccicarci ed in tempo reale.
    Finora ho usato google/docs, ma mi sembra ancora molto grezzo: per esempio, si possono usare solo tre stili per gli header, e non ho capito come definirne altri; e non mi piace come viene gestita l’impaginazione.
    Sono venuto a conoscenza di questo zoho per caso e mi sembra uno strumento piú completo: credo che vi passerò definitivamente a meno di non trovare qualcosa di meglio o qualche buona estensione/script di greasemonkey per firefox.
    Per ora ho rimandato il mio primo appuntamento con LateX 😦
  • Gestione Bibliografia: al momento ho una doppia libreria, una su web su Connotea e un’altra in locale con zotero.
    Mi piacerebbe che questi due progetti iniziassero a parlarsi e a mettersi d’accordo per supportarsi a vicenda, ma temo che per questo si dovrà aspettare qualche anno.
    Intanto, la maggior parte del lavoro la faccio con zotero, che si integra facilmente sia con google/docs che con zoho (vedi questo video), e che è comodo perché mi permette di avere a portata di mano i .pdf.
  • ¿Que mas? Che altro? Beh come spiegato nei post precedenti, utilizzerò UML per descrivere i dettagli del mio esperimento.
    Credo sia tutto per ora..

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Come spiegare il web 2.0 alla mamma

Posted by dalloliogm su agosto 10, 2007

Troppo belli questi video che ho trovato sul blog di mastroalberto.it per non postarli.

Vi ricordate questo filmato, in cui si spiegava il significato di web 2.0 tramite delle animazioni molto chiare?
Ecco dei video simili, questa volta su del.icio.us (bookmarking sociale), sui wiki e sugli RSS:

Quando torno in Italia mostro questi video a mia nonna e vediamo se ci capisce qualcosa veramente 😉

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I 7 peccati capitali commessi dai bioinformatici.

Posted by dalloliogm su luglio 27, 2007

Stavo leggendo questo post su nodalpoint, in cui si commentava un talk presentato all’ultimo Bioinformatic Open Source Conference (come mi piace questo nome) a Vienna, una settimana fa.

Si parla degli errori piu’ grandi commessi dalla comunita’ bioinformatica moderna, e onestamente, mi trovo d’accordo su molti punti.
Ecco le slides:

Vediamo un po’, di primo acchito io aggiungerei:

  • mancanza di organizzazione.
  • mancanza di comunicazione (incapacita’ di organizzarsi in un gruppo, di dialogare con gli altri colleghi, di presentare delle buone documentazioni, di studiare il lavoro degli altri, di comunicare via Internet – pensate a quanto pochi sono i bioinfi che partecipano a ML o a forum o a blogs scientifici).
  • ignoranza su molte questioni importanti legate alla programmazione: molti bioinformatici per esempio ignorano cosa sia lo Unit Testing, ovvero non testano i loro script prima di utilizzarli.
  • incapacita’ di riutilizzare il codice e le idee di altri colleghi: per esempio, pochi usano BioPython o BioPerl, preferendo scrivere tutto da soli; questo e’ quanto di peggio si possa fare se si vuole programmare bene.
  • incapacita’ di sedersi correttamente davanti al computer: in tutti i laboratori di bioinfo che ho visto, non ho mai trovato nessuno che si sedesse con la postura corretta davanti al monitor, spesso gli schermi erano troppo in basso, addirittura chi lavorava 8 ore al giorno davanti ad un portatile.

E qui mi fermo, va’.
Cmq, io credo che molti di questi difetti siano dovuti ad una mancanza di istruzione: le specialistiche in bioinfo e tutti i corsi associati non coprono per forza di cose tutti gli aspetti che dovrebbero seguire, e molti laboratori sono disorganizzati, con i responsabili che non si tengono aggiornati e spesso provengono da campi che sono solo collaterali alla bioinformatica.

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Un database di database bioinformatici

Posted by dalloliogm su luglio 24, 2007

su bioinformatics.org e’ apparso un annuncio che pubblicava la nascita di questa directory:


Si tratta di un piccolo database che intende annotare tutti i database di interesse bioinformatico: proteine, sequenze, eventi di splicing alternativo, inteine, RNA interference, pesci, annotazioni, articoli, pathways metabolici, tabelle di utilizzo di codoni, geni coinvolti nel cancro, risultati di microarray, database di informazioni mediche, mutazioni puntiformi, blocchi di allineamento, polimorfismi nucleotidici, pesi di cervello di ratto, linee cellulari, retrovirus, RNA non codificanti, primers per RT-PCR, strutture di proteine, cluster di geni, informazioni filogenetiche, risorse sul web utili per un ricercatore, modelli di markov, cataloghi di reagenti, protocolli, batteri, farmaci, malattie, testi, modelli di interazione, siti di binding, proteine di membrana, coefficenti di velocità di reazione, etc…

Ecco l’annuncio originale:

Ed il link diretto (potete cliccare anche sull’immagine in questo post):

E’ una buona iniziativa, anche se al momento mi sembra ne manchino ancora alcuni sullo splicing (una volta avevo una lista di almeno 20 o 30 db solo sullo splicing alternativo).

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