Bioinfo Blog!

blog di bioinformatica e di esperienze di studio all’estero

Tavola periodica degli aminoacidi

Posted by dalloliogm su novembre 5, 2007

Vi segnalo una idea simpatica che e’ venuta in mente ad uno degli utenti di molecularlab (hola Domenico!): la tavola periodica degli aminoacidi.

Beh non credo ci sia molto da spiegare… e’ semplicemente una tavola periodica, adattata agli aminoacidi e alle loro cariche piuttosto che agli elementi.
Io rientro nel numero di quegli sciagurati bioinformatici che non e’ in grado di ricordarsi quali sono gli aa idrofobici e quelli idrofilici… mamma mia, se mi sentisse la mia prof :).

Cmq credo che questa tavola possa essere utile sia per fini didattici, e che sia una buona idea stamparsela e attaccarsela da qualche parte in laboratrio (o sulla vostra scrivania).

Sul forum di mb e’ nata una discussione a proposito, quindi se avete suggerimenti (annotazioni che vorreste aggiungere / colori che non vi piacciono / traduzioni che volete proporre / etc..) potete scrivere direttamente li’.

Ecco il link al topic corrispondente:

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anche l’Italia avrà una banca dati di DNA

Posted by dalloliogm su novembre 3, 2007

Da qualche giorno é apparsa la notizia che la polizia italiana, finalmente, avrà a disposizione un database genetico per aiutare le proprie indagini.

In base a quello che si legge in giro[1] non é molto chiaro in cosa consisterebbe esattamente il database: se ho capito bene si tratta di una banca dati di SNPs, scelti in regioni non-codificanti e non associati a nessuna malattia per rispetto alla privacy.

La notizia é apparsa su diversi siti di informazione e blog: io, l’ho raccolta da punto informatico e da autistici:

Sono contento che anche l’Italia abbia un database di marcatori genetici a disposizione della polizia: più che altro, perché il nostro Paese si allinea tecnologicamente al resto dell’Europa in un settore importante.

Certo che capisco i dubbi di tutti coloro che temono per la propria privacy: ma il fatto é che, visto che viviamo in un mondo in cui entro pochi anni chiunque potrà ottenere una mappa del proprio genoma personale in poco tempo, ci sarà da affrontare problemi per la privacy più gravi.

Un database di marcatori genetici é utile alla polizia per risolvere più velocemente i propri casi: e soprattutto, può evitare molte sentenze errate. Ho assistito una volta ad una conferenza del colonnello Luciano Garofano, e ci spiegava il caso di una violenza sessuale avvenuta a Bologna, in cui un presunto colpevole era stato scagionato dalla prova del DNA.

In ogni caso qualche dubbio ce l’ho anch’io; per esempio:

  • come implementeranno la sicurezza e l’accesso al database dei dati? Io per esempio, avrei paura che qualcuno rubasse alla polizia i dati a me corrispondenti, anche se non rappresentano regioni codificanti.
    Voi, vi fidereste? Il fatto é che nessuno attualmente ha idea di tutto quello che si potrebbe combinare con dei dati personali del genere: quindi, verrebbe da chiedersi quali prerogative daranno i RIS alla sua riservatezza.
  • gli SNPs vengono presi in regioni non codificanti, in modo da non essere associati a malattia.
    Ma come é possibile sapere a priori se una mutazione non é associata a nessun fenotipo particolare?
    Chiunque ha a che fare con lo studio dello splicing o con genomica o genetica sa bene che anche le mutazioni in zone non codificanti posso avere effetti negativi.
  • beh, ok, ho letto i libri di Kevin Mitnik :)… e se io vado a leggere nei verbali di un processo, posso in qualche modo ricavare informazioni sui polimorfismi degli individui processati?

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Liberiamo la ricerca & 1000 euro al mese

Posted by dalloliogm su ottobre 26, 2007

Volevo partecipare anche io a questa iniziativa che ho trovato su divulgazionescientifica.it, anche se a dire la verità, neppure io credo che possa essere efficace, ma che almeno é fatta con buone intenzioni:

L’idea é quella di sensibilizzare l’opinione pubblica italiana sulla situazione dei nostri centri di ricerca, perché in giro vi sono troppi luoghi comuni sbagliati (i ricercatori italiani sono troppi, la produzione scientifica é scarsa, i prodotti ogm sono il male e gli scienziati vogliono conquistare il mondo, etc..), a cui la gente comune finisce per credere.

Visto che sono in vena di segnalare petizioni, vi segnalo questa dell’ADI che si propone di chiedere una soglia minima di 1000 euro al mese per le borse di studio di dottorato italiane:

Purtroppo dubito che anche questa raccolta firme sia in grado di risolvere granché… però, la ragazza nel poster é carina e l’idea in ogni caso é simpatica.

Scusate per questo post di spam… ma mi sono sembrate due iniziative piuttosto affidabili.

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Come citare un blog su un articolo o una tesi

Posted by dalloliogm su ottobre 26, 2007

A quanto pare da ora in poi, se volete citare un post su un blog scientifico nella vostra tesi, vi sono delle linee guida su come farlo:

La notizia viene fuori da una discussione aperta su nodalpoint (e tra l’altro iniziata da un collega italiano 🙂 ), e, tra le risposte interessanti che sono state date, vi vorrei far notare quella in cui si citano le linee-guida dell’ncbi:

e la risposta di uno degli scienziati del network UsefulChem, un circuito di openscience che si occupa di ricerca su farmaci contro malattie tropicali:

Vi invito a dare un’occhiata a link postati in quest’ultimo commento, perché si cita la tesi di master scritta da una ragazza che ha utilizzato un wiki e un blog e molti altri strumenti moderni per aiutarsi nella scrittura.

Poi naturalmente, tra milioni di persone solo io potevo porre una domanda stupidissima… e i post scritti su un forum specializzato di biologia online, come si possono referenziare? 🙂

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Ancora su Video Scientifici per Ricercatori

Posted by dalloliogm su ottobre 26, 2007

Sul network nodalpoint é stato pubblicato un articolo simile al mio di qualche tempo fa sui video scientifici per ricercatori:

Lo riporto perché é un po’ più completo del mio e contiene qualche link e qualche discussione in più.

Il messaggio, comunque, in parole povere rimane lo stesso: usare dei video per illustrare i passaggi di un esperimento, per commentare articoli pubblicati o per illustrare un protocollo.

I siti che al momento mettono a disposizione questo servizio sono principalmente due: Jove, che é impostato come una vera rivista scientifica peer-reviewed, e Scivee, che é più simile a youtube e invita gli utenti a commentare articoli via video.

Vi lascio anche io con il video stupido di scienziati che é segnalato sul post di nodalpoint:

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openbiosource.org: progetto bioinformatico italiano

Posted by dalloliogm su ottobre 17, 2007

Diamo il benvenuto ad un altro progetto che si propone di creare un luogo di incontro e di discussione per i bioinformatici e biologi italiani: openbiosource.org.

Si tratta di un progetto decisamente innovativo e interessante, che mette a disposizione un forum e diversi link utili a chiunque abbia bisogno di discutere di problematiche relative all’uso dei computer per fare ricerca scientifica.

Il tutto condito da un perfetto spirito opensource: ovvero quello di condividere le proprie conoscenze e le proprie risorse, in modo da poter crescere e imparare più velocemente.

Un po’ di competizione per noi di molecularlab forse :)…. ma non é un problema, visto che contribuisce a migliorare al livello della ricerca nel nostro Paese e in generale.

In bocca al lupo! 🙂

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Emboss in Ubuntu & etch: ancora un po’..

Posted by dalloliogm su ottobre 17, 2007

Con un paio di messaggi sulla ml di emboss mi hanno spiegato il futuro di questo pacchetto su debian etch e ubuntu.

Per dirla in parole povere: emboss 5.0 non verrà mai supportato ufficialmente da debian etch, ma soltanto su sid e le distribuzioni successive; mentre su Ubuntu, al momento non é presente su Gutsy, ma ci si sta lavorando.

Ecco i due messaggi di riferimento:

Non é un problema difficile da risolvere.

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Bioclipse: Eclipse per bioinformatici

Posted by dalloliogm su ottobre 15, 2007

Ecco un progetto che mi ha incuriosito: Bioclipse, che si propone di essere l’equivalente di Eclipse per i bioinformatici.

-> http://bioclipse.net

Forse conoscerete gia’ eclipse, che e’ un ambiente di sviluppo (una specie di super editor di testo – debugger – con possibilita’ di importare plugins) per Java, rilasciato qualche tempo fa sotto licenza Gnu-GPL.

L’idea di creare qualcosa di equivalente per i bioinformatici e’ sicuramente interessante e merita un po’ di attenzione, anche se come me siete dei fanatici che si ostinano a programmare con vim o peggio, con emacs.

Io l’ho provato su una Fedora, e non mi e’ dispiaciuto anche se mi sembra che al momento sia orientato piu’ al lavoro di chemioinformatica (docking, modeling, etc..), che alla bioinformatica di analisi genomica.

Vi lascio tre link, al progetto principale, al download e al tutorial per iniziare:

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Asimo, il robot!

Posted by dalloliogm su settembre 28, 2007

Stamattina ho visto la presentazione di Asimo, il robot della Honda!!

Non c’entra molto con la bioinformatica, ma l’hanno presentato qua sotto, nel prbb.

Si é messo pure a ballare, come in questo video:

Beh, che dire, complimenti agli ingegneri della Honda!

Anche se il mio sogno segreto é quello di costruire un robot bioinformatico (cielo… ma che cavolo di sogni segreti ho?), devo ammettere che di meccanica non capisco un tubo.

Sono riuscito pure a capire la presentazione in catalano stretto.
Ho anche cercato di partecipare ad un workshop in cui si poteva giocare con i lego robot, ma stranamente non mi hanno fatto entrare (beh, effettivamente era per bambini da 6 a 12 anni).

Buona notte a tutti!

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leggere sequenze con biopython (Bio.SeqIO)

Posted by dalloliogm su settembre 25, 2007

Questo è un piccolo trucco che mi è tornato comodo lavorando con biopython.
A dire la verità, è descritto tale e quale in inglese sul wiki del progetto… ma credo valga la pena segnalarlo.

Parliamo di SeqIO di BioPython e del suo metodo to_dict().

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