Questo sito si sposta: bioinfoblog.it

Ho fatto un piccolo sforzo e ho comprato un dominio a parte per questo blog, per cui da ora in poi continuerò a scrivere su:

-> http://bioinfoblog.it

devo ancora decidere quale tema grafico utilizzare e finire di giocare con i plugins e personalizzazioni, ma in linea di massima il nuovo sito dovrebbe essere già pronto.

Certo che registrare un dominio .it é una fatica 🙂 tra la burocrazia e i fax da mandare, però il nuovo dominio mi piace.

Ci vediamo lì! 🙂

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I am moving this blog to: http://bioinfoblog.it

Please update your bookmarks and see you there!! 🙂

L’ultimo anno di specialistica é il migliore!

Stavo pensando che nel 2007 ho letto un sacco di libri! Potrei dire che sia l’anno in cui ho letto più libri in assoluto.

Io credo che l’ultimo anno della specialistica, quello in cui si fa il tirocinio, sia il migliore.
Infatti io mi ricordo di aver sgobbato come un pazzo negli anni precedenti, soprattutto alla triennale; invece, nella specialistica, con la scusa che avevo praticamente finito gli esami e che dovevo fare un po’ di pratica con l’inglese e lo spagnolo, ho avuto un sacco di tempo libero da dedicare ad una cosa che non facevo da tanto tempo, leggere!! 🙂

Ecco la lista dei libri che ho letto:

Felicidades!

Bene, ho trascurato il blog per un paio di settimane.. Ma tra tante cose, laurea (sì mi sono laureato.. tutto ok 🙂 ), viaggi di ritorno, feste, contratti di connessione a scatti di fastweb, non ho avuto tempo per aggiornarlo.

Però porta male non fare gli auguri… nemmeno con un po’ di ritardo 🙂 e quindi volevo dedicarvi alcune delle immagini più simpatiche che mi hanno inviato per fare gli auguri:

magari le potete riutilizzare l’anno prossimo. Inoltre, se volete un buon post di fine anno / riflessioni scientifiche vi into a leggere questo post su divulagazionescientifica.it. Tanti auguri!!

p.s. fonti delle immagini: [¹][²] [³]

Un blog contro la censura

Visto che in alcune occasioni su questo blog si e’ parlato di censura in determinati Paesi, riprendo dal blog di maestroalberto questa segnalazione su un blog contro la censura:

• http://advocacy.globalvoicesonline.org/

La censura e’ una bestia nera per chi, come noi bioinformatici, lavora con Internet e con tutte le risorse che sono raggiungibile tramite essa.

Pensate per esempio, che questo blog non e’ leggibile in turchia (naturalmente basta saper muoversi con proxy e tor per aggirare i controlli, ma non e’ questo il punto).

Come diceva anche fuliggians qualche tempo fa, io credo che, in quanto bioinformatici, abbiamo il dovere di controllare che l’informazione scientifica sia resa disponibile a tutti senza taboo e parzialita’: il fatto di poter essere liberi di fare ricerca in qualsiasi parte del mondo ci troviamo e senza costi eccessivi da sostenere, e’ un diritto da difendere nel nome di tutti.

E passo la notizia a Kijio che sicuramente scrivera’ un post sull’argomento :).

Aggiornato il Blogroll, finalmente!

Finalmente ho trovato il tempo per una cosa che volevo fare da tanto: aggiornare i link nel blogroll di questo sito.

Ho aggiunto 5 blog di bioinformatica in italiano: chiedo scusa agli autori per rompere così tanto le scatole :).

• http://bioinfusion.wordpress.com/
• http://filippom.altervista.org/blog/
• http://www.molecularlab.it/insidebioinfo/
• http://mattions.wordpress.com/
• http://daweonline.wordpress.com/

Ho anche creato un feed RSS con Yahoo-Pipes (é l’ultimo feed nel riquadro a sinistra) per tentare di aggregare i post di bioinformatica in italiano. Date un’occhiata al sorgente del Pipe se volete, non sono sicuro di averlo scritto correttamente.

Ho aggiunto un link a qualche blog di giornalisti scientifici che leggo, e ad ai blog del progetto di molecularlab.

Tra i link in inglese, vi ricordo che il sito migliore per entrare nella blogosfera bioinformatica inglese é nodalpoint, che tra l’altro ospita una lista di blog scientifici molto più estesa della mia. Un altro buon punto di partenza é Bio::Blogs, una rassegna dei migliori post sull’argomento pubblicata mensilmente.

Fatemi sapere se mi sono scordato qualcuno, o se preferite non ricevere il link. Sono sicuro di aver dimenticato qualcosa…

Scoperta la scimmia più piccola del mondo: 0.1 micrometri (metagenomica)

Volevo segnalare questo bel post pubblicato su suicyte, un blog di bioinformatica in inglese:

• http://suicyte.wordpress.com/2007/11/20/smallest-primate-ever-discovered

vi raccomando sia di aggiungere suicyte tra i vostri blog di bioinformatica preferiti, che di dare un’occhiata al post e ai suoi commenti, dove si parla di metagenomica e in generale dei problemi derivati dalle tecniche di sequenziamento di massa.

La metagenomica essenzialmente é una tecnologia che prevede analizzare contemporaneamente il genoma di tutti i micro-organismi presenti un in particolare ambiente, alla ricerca di nuove specie o per creare un profilo: forse avete sentito dell‘idea di Craig Venter di affittare uno Yacht e mandarlo in crociera nei mari tropicali per trovare nuove specie di microrganismi brevettabili. (beati a quei ricercatori)

Un repository di modelli per openoffice in italiano

Questa notizia ha solo marginalmente a che fare con la biologia, ma sulla mailing list di openoffice si sta discutendo della possibilità di creare un repository di modelli per openoffice in italiano:

• http://www.mail-archive.com/utenti@it.openoffice.org/msg09608.html

l’idea é molto interessante ma per il momento é ancora in fase di organizzazione, e probabilmente le discussioni continueranno sul wiki dedicato.

Creare un repository di modelli liberamente utilizzabili, per chi non lo sapesse, vuol dire creare un sito in cui sia possibile scaricare (e condividere) template per documenti riutilizzabili da tutti e rilasciati secondo una licenza libera, come la Gnu-GPL o una Creative Commons.

Poi vi ricordo che openoffice é anche un prodotto modulare che supporta l’aggiunta di estensioni (come firefox), che potete trovare elencate qui. Ne esiste persino una per zotero, ma é ancora in via di sviluppo e non sono mai riuscito a farla funzionare :(.

Come creare i ‘Sequence Logos’

I sequence logos sono un sistema inventato una decina di anni fa per rappresentare graficamente motivi e allineamenti di piccole sequenze di DNA o proteine; per esempio, potreste aver gia’ visto una figura del genere, che rappresenta i segnali di splicing piu’ conservati in uomo:

Posso confermare che questo tipo di rappresentazione torna molto utile in una varieta’ di situazioni in bioinformatica, dal dimostrare quali sono gli aminoacidi piu’ conservati in un dominio proteico, a quando si vogliono confrontare due motivi regolatori coinvoltiin un evento di regolazione o di trascrizione in due diversi organismi e capire quale e’ il piu’ conservato.

In questo post vi segnalo alcune delle risorse piu’ utili per creare e confrontare i vostri sequence logos.

Research Blogging Icon

Avete intenzione di utilizzare il vostro blog per commentare un articolo scientifico appena pubblicato, per scambiare impressioni e commenti su di esso con altri ricercatori via Internet? Oppure, state cercando un blog che parli in maniera seria del vostro argomento di ricerca preferito, come microbiologia, bioinformatica o predizione dello splicing alternativo nei basidiomycota?

Se é così, quella di ‘Research Bloggin Icon‘ é una iniziativa che vi tornerà molto utile.

Come funziona? E’ molto semplice: ogni volta che scrivete un post a proposito di un articolo scientifico, in italiano o in inglese, ricordatevi di inserire l’icona mostrata qui sotto copiando questo codice e seguendo queste linee guida.

In questo modo, i vostri lettori saranno in grado di capire immediatamente che state scrivendo un post serio e interessante; e cosa piu’ importante, sara’ piu’ facile trovare il vostro post, cercando su technorati o su un altro motore di ricerca e filtrando tutti i post che contengono un link a quella immagine.

L’idea che gli autori di bpr3.org si sono messi in testa e’ proprio quella di creare una collezione di tutti i post scritti per commentare articoli scientifici pubblicati su riviste peer-reviewed, e sicuramente si tratta di una invenzione interessante.

Il servizio al momento e’ ancora in fase di sviluppo, e non e’ ancora possibile navigare la lista dei blog se non utilizzando appunto la ricerca via technorati: intanto pero’, il mio consiglio e’ quello di iscriversi ai feeds del loro sito, e dare un’occhiata ad alcuni dei blog che hanno gia’ risposto all’iniziativa, come quelli descritti qui.

Ci sono gia’ un po’ di post scritti in lingua spagnola… quindi mi raccomando, datevi da fare per passare parola e per dare qualche piccolo contributo dalla blogosfera italiana 😛

Refactoremycode.com

L’altro giorno leggevo  un articolo su ossblog a proposito di refactoremycode.com, un ennesimo tool in stile web 2.0, in questo caso un servizio per aiutare i programmatori a ricevere feedback e commenti per migliorare il proprio codice.

Funziona così: se avete scritto uno programma o uno script del quale non siete convinti, e volete ricevere il giudizio di un programmatore più esperto, potete postare il codice su quel sito web 2.0 e sperare che qualcuno in gamba lo veda e vi dia dei suggerimenti, secondo lo spirito del free-software.

Si possono anche proporre pezzi di tutorial o template per aiutare gli altri a imparare, a me per esempio é piaciuto molto questo (un template che illustra come scrivere una classe e come usare pydoc, che io non ancora ho imparato).

Io credo che una idea del genere sarebbe molto comoda in bioinformatica, perché é un campo in cui ancora molta gente lavora con scripts e programmi corti e in cui ci sono molti biologi che cercano di imparare a programmare per conto proprio.
E’ qualcosa che si trova a metà strada tra un forum e una chat IRC o un progetto su sourceforge, e potrebbe essere molto utile, magari anche solo creandone una versione ristretta alla bioinformatica, o per utilizzarlo internamente ad un gruppo di ricerca in modo da aiutare i meno esperti a scrivere codice più correttamente.

Voi che ne pensate?
Buona notte!