Scoperta la scimmia più piccola del mondo: 0.1 micrometri (metagenomica)

Volevo segnalare questo bel post pubblicato su suicyte, un blog di bioinformatica in inglese:

• http://suicyte.wordpress.com/2007/11/20/smallest-primate-ever-discovered

vi raccomando sia di aggiungere suicyte tra i vostri blog di bioinformatica preferiti, che di dare un’occhiata al post e ai suoi commenti, dove si parla di metagenomica e in generale dei problemi derivati dalle tecniche di sequenziamento di massa.

La metagenomica essenzialmente é una tecnologia che prevede analizzare contemporaneamente il genoma di tutti i micro-organismi presenti un in particolare ambiente, alla ricerca di nuove specie o per creare un profilo: forse avete sentito dell‘idea di Craig Venter di affittare uno Yacht e mandarlo in crociera nei mari tropicali per trovare nuove specie di microrganismi brevettabili. (beati a quei ricercatori)

Come creare i ‘Sequence Logos’

I sequence logos sono un sistema inventato una decina di anni fa per rappresentare graficamente motivi e allineamenti di piccole sequenze di DNA o proteine; per esempio, potreste aver gia’ visto una figura del genere, che rappresenta i segnali di splicing piu’ conservati in uomo:

Posso confermare che questo tipo di rappresentazione torna molto utile in una varieta’ di situazioni in bioinformatica, dal dimostrare quali sono gli aminoacidi piu’ conservati in un dominio proteico, a quando si vogliono confrontare due motivi regolatori coinvoltiin un evento di regolazione o di trascrizione in due diversi organismi e capire quale e’ il piu’ conservato.

In questo post vi segnalo alcune delle risorse piu’ utili per creare e confrontare i vostri sequence logos.

Research Blogging Icon

Avete intenzione di utilizzare il vostro blog per commentare un articolo scientifico appena pubblicato, per scambiare impressioni e commenti su di esso con altri ricercatori via Internet? Oppure, state cercando un blog che parli in maniera seria del vostro argomento di ricerca preferito, come microbiologia, bioinformatica o predizione dello splicing alternativo nei basidiomycota?

Se é così, quella di ‘Research Bloggin Icon‘ é una iniziativa che vi tornerà molto utile.

Come funziona? E’ molto semplice: ogni volta che scrivete un post a proposito di un articolo scientifico, in italiano o in inglese, ricordatevi di inserire l’icona mostrata qui sotto copiando questo codice e seguendo queste linee guida.

In questo modo, i vostri lettori saranno in grado di capire immediatamente che state scrivendo un post serio e interessante; e cosa piu’ importante, sara’ piu’ facile trovare il vostro post, cercando su technorati o su un altro motore di ricerca e filtrando tutti i post che contengono un link a quella immagine.

L’idea che gli autori di bpr3.org si sono messi in testa e’ proprio quella di creare una collezione di tutti i post scritti per commentare articoli scientifici pubblicati su riviste peer-reviewed, e sicuramente si tratta di una invenzione interessante.

Il servizio al momento e’ ancora in fase di sviluppo, e non e’ ancora possibile navigare la lista dei blog se non utilizzando appunto la ricerca via technorati: intanto pero’, il mio consiglio e’ quello di iscriversi ai feeds del loro sito, e dare un’occhiata ad alcuni dei blog che hanno gia’ risposto all’iniziativa, come quelli descritti qui.

Ci sono gia’ un po’ di post scritti in lingua spagnola… quindi mi raccomando, datevi da fare per passare parola e per dare qualche piccolo contributo dalla blogosfera italiana 😛

Refactoremycode.com

L’altro giorno leggevo  un articolo su ossblog a proposito di refactoremycode.com, un ennesimo tool in stile web 2.0, in questo caso un servizio per aiutare i programmatori a ricevere feedback e commenti per migliorare il proprio codice.

Funziona così: se avete scritto uno programma o uno script del quale non siete convinti, e volete ricevere il giudizio di un programmatore più esperto, potete postare il codice su quel sito web 2.0 e sperare che qualcuno in gamba lo veda e vi dia dei suggerimenti, secondo lo spirito del free-software.

Si possono anche proporre pezzi di tutorial o template per aiutare gli altri a imparare, a me per esempio é piaciuto molto questo (un template che illustra come scrivere una classe e come usare pydoc, che io non ancora ho imparato).

Io credo che una idea del genere sarebbe molto comoda in bioinformatica, perché é un campo in cui ancora molta gente lavora con scripts e programmi corti e in cui ci sono molti biologi che cercano di imparare a programmare per conto proprio.
E’ qualcosa che si trova a metà strada tra un forum e una chat IRC o un progetto su sourceforge, e potrebbe essere molto utile, magari anche solo creandone una versione ristretta alla bioinformatica, o per utilizzarlo internamente ad un gruppo di ricerca in modo da aiutare i meno esperti a scrivere codice più correttamente.

Voi che ne pensate?
Buona notte!

Tavola periodica degli aminoacidi

Vi segnalo una idea simpatica che e’ venuta in mente ad uno degli utenti di molecularlab (hola Domenico!): la tavola periodica degli aminoacidi.

Beh non credo ci sia molto da spiegare… e’ semplicemente una tavola periodica, adattata agli aminoacidi e alle loro cariche piuttosto che agli elementi.
Io rientro nel numero di quegli sciagurati bioinformatici che non e’ in grado di ricordarsi quali sono gli aa idrofobici e quelli idrofilici… mamma mia, se mi sentisse la mia prof :).

Cmq credo che questa tavola possa essere utile sia per fini didattici, e che sia una buona idea stamparsela e attaccarsela da qualche parte in laboratrio (o sulla vostra scrivania).

Sul forum di mb e’ nata una discussione a proposito, quindi se avete suggerimenti (annotazioni che vorreste aggiungere / colori che non vi piacciono / traduzioni che volete proporre / etc..) potete scrivere direttamente li’.

Ecco il link al topic corrispondente:

• http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=5342

anche l’Italia avrà una banca dati di DNA

Da qualche giorno é apparsa la notizia che la polizia italiana, finalmente, avrà a disposizione un database genetico per aiutare le proprie indagini.

In base a quello che si legge in giro[1] non é molto chiaro in cosa consisterebbe esattamente il database: se ho capito bene si tratta di una banca dati di SNPs, scelti in regioni non-codificanti e non associati a nessuna malattia per rispetto alla privacy.

La notizia é apparsa su diversi siti di informazione e blog: io, l’ho raccolta da punto informatico e da autistici:

• http://punto-informatico.it/p.aspx?i=2104210
• http://cavallette.autistici.org/2007/10/1151

Sono contento che anche l’Italia abbia un database di marcatori genetici a disposizione della polizia: più che altro, perché il nostro Paese si allinea tecnologicamente al resto dell’Europa in un settore importante.

Certo che capisco i dubbi di tutti coloro che temono per la propria privacy: ma il fatto é che, visto che viviamo in un mondo in cui entro pochi anni chiunque potrà ottenere una mappa del proprio genoma personale in poco tempo, ci sarà da affrontare problemi per la privacy più gravi.

Un database di marcatori genetici é utile alla polizia per risolvere più velocemente i propri casi: e soprattutto, può evitare molte sentenze errate. Ho assistito una volta ad una conferenza del colonnello Luciano Garofano, e ci spiegava il caso di una violenza sessuale avvenuta a Bologna, in cui un presunto colpevole era stato scagionato dalla prova del DNA.

In ogni caso qualche dubbio ce l’ho anch’io; per esempio:

• come implementeranno la sicurezza e l’accesso al database dei dati? Io per esempio, avrei paura che qualcuno rubasse alla polizia i dati a me corrispondenti, anche se non rappresentano regioni codificanti.
  Voi, vi fidereste? Il fatto é che nessuno attualmente ha idea di tutto quello che si potrebbe combinare con dei dati personali del genere: quindi, verrebbe da chiedersi quali prerogative daranno i RIS alla sua riservatezza.
• gli SNPs vengono presi in regioni non codificanti, in modo da non essere associati a malattia.
  Ma come é possibile sapere a priori se una mutazione non é associata a nessun fenotipo particolare?
  Chiunque ha a che fare con lo studio dello splicing o con genomica o genetica sa bene che anche le mutazioni in zone non codificanti posso avere effetti negativi.
• beh, ok, ho letto i libri di Kevin Mitnik :)… e se io vado a leggere nei verbali di un processo, posso in qualche modo ricavare informazioni sui polimorfismi degli individui processati?

🙂

Come citare un blog su un articolo o una tesi

A quanto pare da ora in poi, se volete citare un post su un blog scientifico nella vostra tesi, vi sono delle linee guida su come farlo:

• http://nodalpoint.org/2007/10/03/referencing_blog_posts_in_a_thesis

La notizia viene fuori da una discussione aperta su nodalpoint (e tra l’altro iniziata da un collega italiano 🙂 ), e, tra le risposte interessanti che sono state date, vi vorrei far notare quella in cui si citano le linee-guida dell’ncbi:

• Linee guida dell’ NCBI per citare blog e post in un articolo

e la risposta di uno degli scienziati del network UsefulChem, un circuito di openscience che si occupa di ricerca su farmaci contro malattie tropicali:

• Risposta di uno scienziato di UsefulChem

Vi invito a dare un’occhiata a link postati in quest’ultimo commento, perché si cita la tesi di master scritta da una ragazza che ha utilizzato un wiki e un blog e molti altri strumenti moderni per aiutarsi nella scrittura.

Poi naturalmente, tra milioni di persone solo io potevo porre una domanda stupidissima… e i post scritti su un forum specializzato di biologia online, come si possono referenziare? 🙂

Ancora su Video Scientifici per Ricercatori

Sul network nodalpoint é stato pubblicato un articolo simile al mio di qualche tempo fa sui video scientifici per ricercatori:

• http://nodalpoint.org/2007/10/19/the_webolution_will_be_televised

Lo riporto perché é un po’ più completo del mio e contiene qualche link e qualche discussione in più.

Il messaggio, comunque, in parole povere rimane lo stesso: usare dei video per illustrare i passaggi di un esperimento, per commentare articoli pubblicati o per illustrare un protocollo.

I siti che al momento mettono a disposizione questo servizio sono principalmente due: Jove, che é impostato come una vera rivista scientifica peer-reviewed, e Scivee, che é più simile a youtube e invita gli utenti a commentare articoli via video.

Vi lascio anche io con il video stupido di scienziati che é segnalato sul post di nodalpoint:

openbiosource.org: progetto bioinformatico italiano

Diamo il benvenuto ad un altro progetto che si propone di creare un luogo di incontro e di discussione per i bioinformatici e biologi italiani: openbiosource.org.

Si tratta di un progetto decisamente innovativo e interessante, che mette a disposizione un forum e diversi link utili a chiunque abbia bisogno di discutere di problematiche relative all’uso dei computer per fare ricerca scientifica.

Il tutto condito da un perfetto spirito opensource: ovvero quello di condividere le proprie conoscenze e le proprie risorse, in modo da poter crescere e imparare più velocemente.

Un po’ di competizione per noi di molecularlab forse :)…. ma non é un problema, visto che contribuisce a migliorare al livello della ricerca nel nostro Paese e in generale.

In bocca al lupo! 🙂

Emboss in Ubuntu & etch: ancora un po’..

Con un paio di messaggi sulla ml di emboss mi hanno spiegato il futuro di questo pacchetto su debian etch e ubuntu.

Per dirla in parole povere: emboss 5.0 non verrà mai supportato ufficialmente da debian etch, ma soltanto su sid e le distribuzioni successive; mentre su Ubuntu, al momento non é presente su Gutsy, ma ci si sta lavorando.

Ecco i due messaggi di riferimento:

• http://lists.open-bio.org/pipermail/emboss/2007-October/003117.html
• http://lists.open-bio.org/pipermail/emboss/2007-October/003121.html

Non é un problema difficile da risolvere.