Un blog contro la censura

Visto che in alcune occasioni su questo blog si e’ parlato di censura in determinati Paesi, riprendo dal blog di maestroalberto questa segnalazione su un blog contro la censura:

• http://advocacy.globalvoicesonline.org/

La censura e’ una bestia nera per chi, come noi bioinformatici, lavora con Internet e con tutte le risorse che sono raggiungibile tramite essa.

Pensate per esempio, che questo blog non e’ leggibile in turchia (naturalmente basta saper muoversi con proxy e tor per aggirare i controlli, ma non e’ questo il punto).

Come diceva anche fuliggians qualche tempo fa, io credo che, in quanto bioinformatici, abbiamo il dovere di controllare che l’informazione scientifica sia resa disponibile a tutti senza taboo e parzialita’: il fatto di poter essere liberi di fare ricerca in qualsiasi parte del mondo ci troviamo e senza costi eccessivi da sostenere, e’ un diritto da difendere nel nome di tutti.

E passo la notizia a Kijio che sicuramente scrivera’ un post sull’argomento :).

Scoperta la scimmia più piccola del mondo: 0.1 micrometri (metagenomica)

Volevo segnalare questo bel post pubblicato su suicyte, un blog di bioinformatica in inglese:

• http://suicyte.wordpress.com/2007/11/20/smallest-primate-ever-discovered

vi raccomando sia di aggiungere suicyte tra i vostri blog di bioinformatica preferiti, che di dare un’occhiata al post e ai suoi commenti, dove si parla di metagenomica e in generale dei problemi derivati dalle tecniche di sequenziamento di massa.

La metagenomica essenzialmente é una tecnologia che prevede analizzare contemporaneamente il genoma di tutti i micro-organismi presenti un in particolare ambiente, alla ricerca di nuove specie o per creare un profilo: forse avete sentito dell‘idea di Craig Venter di affittare uno Yacht e mandarlo in crociera nei mari tropicali per trovare nuove specie di microrganismi brevettabili. (beati a quei ricercatori)

anche l’Italia avrà una banca dati di DNA

Da qualche giorno é apparsa la notizia che la polizia italiana, finalmente, avrà a disposizione un database genetico per aiutare le proprie indagini.

In base a quello che si legge in giro[1] non é molto chiaro in cosa consisterebbe esattamente il database: se ho capito bene si tratta di una banca dati di SNPs, scelti in regioni non-codificanti e non associati a nessuna malattia per rispetto alla privacy.

La notizia é apparsa su diversi siti di informazione e blog: io, l’ho raccolta da punto informatico e da autistici:

• http://punto-informatico.it/p.aspx?i=2104210
• http://cavallette.autistici.org/2007/10/1151

Sono contento che anche l’Italia abbia un database di marcatori genetici a disposizione della polizia: più che altro, perché il nostro Paese si allinea tecnologicamente al resto dell’Europa in un settore importante.

Certo che capisco i dubbi di tutti coloro che temono per la propria privacy: ma il fatto é che, visto che viviamo in un mondo in cui entro pochi anni chiunque potrà ottenere una mappa del proprio genoma personale in poco tempo, ci sarà da affrontare problemi per la privacy più gravi.

Un database di marcatori genetici é utile alla polizia per risolvere più velocemente i propri casi: e soprattutto, può evitare molte sentenze errate. Ho assistito una volta ad una conferenza del colonnello Luciano Garofano, e ci spiegava il caso di una violenza sessuale avvenuta a Bologna, in cui un presunto colpevole era stato scagionato dalla prova del DNA.

In ogni caso qualche dubbio ce l’ho anch’io; per esempio:

• come implementeranno la sicurezza e l’accesso al database dei dati? Io per esempio, avrei paura che qualcuno rubasse alla polizia i dati a me corrispondenti, anche se non rappresentano regioni codificanti.
  Voi, vi fidereste? Il fatto é che nessuno attualmente ha idea di tutto quello che si potrebbe combinare con dei dati personali del genere: quindi, verrebbe da chiedersi quali prerogative daranno i RIS alla sua riservatezza.
• gli SNPs vengono presi in regioni non codificanti, in modo da non essere associati a malattia.
  Ma come é possibile sapere a priori se una mutazione non é associata a nessun fenotipo particolare?
  Chiunque ha a che fare con lo studio dello splicing o con genomica o genetica sa bene che anche le mutazioni in zone non codificanti posso avere effetti negativi.
• beh, ok, ho letto i libri di Kevin Mitnik :)… e se io vado a leggere nei verbali di un processo, posso in qualche modo ricavare informazioni sui polimorfismi degli individui processati?

🙂

Liberiamo la ricerca & 1000 euro al mese

Volevo partecipare anche io a questa iniziativa che ho trovato su divulgazionescientifica.it, anche se a dire la verità, neppure io credo che possa essere efficace, ma che almeno é fatta con buone intenzioni:

• http://www.greedybrain.com/divulgazione/2007/10/liberiamo_la_ricerca.html

L’idea é quella di sensibilizzare l’opinione pubblica italiana sulla situazione dei nostri centri di ricerca, perché in giro vi sono troppi luoghi comuni sbagliati (i ricercatori italiani sono troppi, la produzione scientifica é scarsa, i prodotti ogm sono il male e gli scienziati vogliono conquistare il mondo, etc..), a cui la gente comune finisce per credere.

Visto che sono in vena di segnalare petizioni, vi segnalo questa dell’ADI che si propone di chiedere una soglia minima di 1000 euro al mese per le borse di studio di dottorato italiane:

• http://www.dottorato.it/milleeuro/

Purtroppo dubito che anche questa raccolta firme sia in grado di risolvere granché… però, la ragazza nel poster é carina e l’idea in ogni caso é simpatica.

Scusate per questo post di spam… ma mi sono sembrate due iniziative piuttosto affidabili.

openbiosource.org: progetto bioinformatico italiano

Diamo il benvenuto ad un altro progetto che si propone di creare un luogo di incontro e di discussione per i bioinformatici e biologi italiani: openbiosource.org.

Si tratta di un progetto decisamente innovativo e interessante, che mette a disposizione un forum e diversi link utili a chiunque abbia bisogno di discutere di problematiche relative all’uso dei computer per fare ricerca scientifica.

Il tutto condito da un perfetto spirito opensource: ovvero quello di condividere le proprie conoscenze e le proprie risorse, in modo da poter crescere e imparare più velocemente.

Un po’ di competizione per noi di molecularlab forse :)…. ma non é un problema, visto che contribuisce a migliorare al livello della ricerca nel nostro Paese e in generale.

In bocca al lupo! 🙂

Asimo, il robot!

Stamattina ho visto la presentazione di Asimo, il robot della Honda!!

Non c’entra molto con la bioinformatica, ma l’hanno presentato qua sotto, nel prbb.

Si é messo pure a ballare, come in questo video:

Beh, che dire, complimenti agli ingegneri della Honda!

Anche se il mio sogno segreto é quello di costruire un robot bioinformatico (cielo… ma che cavolo di sogni segreti ho?), devo ammettere che di meccanica non capisco un tubo.

Sono riuscito pure a capire la presentazione in catalano stretto.
Ho anche cercato di partecipare ad un workshop in cui si poteva giocare con i lego robot, ma stranamente non mi hanno fatto entrare (beh, effettivamente era per bambini da 6 a 12 anni).

Buona notte a tutti!

Cambiano le specificazioni del formato PDB, a partire da domani (1 agosto)

Attenzione a tutti i colleghi bioinformatici strutturali: ho appena appreso dal mio blog gemello spagnolo (su questo post) che a partire da domani verrà lanciata una nuova versione del formato PDB, quello utilizzato dalle banche dati wwPDB e RCSB per descrivere la struttura di una molecola ottenuta tramite cristallografia o predizione.

La notizia è importanteda segnalare perchè alcuni di questi cambiamenti non saranno compatibili con le versioni precedenti del formato.
Questo vuol dire che vi potrebbe capitare di non poter essere in grado di leggere correttamente i nuovi files con i software attuali, finchè questi non si adegueranno e voi non li aggiornerete (già mi immagino i casini nelle sale studio).

(il formato .pdb è quello che puó essere letto da programmi come rasmol o pymol
per dare queste belle rappresentazioni strutturali di proteine in 3D)

Per fortuna, dando un’occhiata alle FAQs (pdf), pare che non ci saranno grossi cambiamenti nelle procedure per inviare nuove strutture e che il passaggio sarà gestito in maniera automatica.
E’ certo che il formato PDB ha da sempre sofferto di specificazioni poco precise, e che è fatto ben conosciuto che la banca dati RCSB è piena di strutture con errori di sintassi e di definizioni (cosa che il database wwPDB si propone appunto di correggere).

Purtroppo io mi occupo di un altro campo di ricerca bioinformatica, quindi non vi so dare molte altre informazioni a riguardo; quindi per maggiori dettagli vi lascio all’articolo del mio collega e alle tre referenze che ha indicato:

• Remediation FAQ
• Software Resources for Remediated Data
• wwPDB

xkcd e qualche comics da leggere

Non c’entra nulla con il resto del blog e la bioinformatica, però volevo linkarvi questo fumetto che leggo da un po’:

Beh lo so é abbastanza surreale e nella metà delle vignette non ci si capisce un tubo.. però é carino ed é decisamente adatto ad un nerd.

Altro fumetto che sto leggendo da un po’ di tempo (stile fantasy – Dungeons and Dragons) é questo: http://www.giantitp.com/comics/oots.html.

Ok fine intervallo.. é che sono appena tornato da una partita di gioco di ruolo in vivo di due giorni e avevo voglia di scrivere qualche cavolata!

Foto di Lanciano

Sono capitato su questo blog: http://anxanum.splinder.com/, che é pieno di bellissime foto di Lanciano, il paese abruzzese da cui vengo 😀

Cliccate sulla foto in basso per andare nell’account Flickr di questo ragazzo, che devo dire fa delle foto proprio stupende!!! 🙂

per chi avesse problemi ad accedere all’immagine: http://www.flickr.com/photos/anxanum

The Synaptic Leap e il progetto di Tropicaldisease.org

Conoscete questo simbolo:

?

beh é piuttosto bruttino, però é il logo di the synaptic leap, una comunità di ricercatori che impegnano il loro tempo libero per sviluppare dati e possibili farmaci contro la malaria e altre malattie poco considerate dalle case farmaceutiche perché diffuse in aree del terzo mondo.